ميثيل الحمض النووي والنسخ يحدد الجينات الرئيسية والمسارات المشاركة في تكوين قشر البيض المرقط في الدجاج البياض المسن

خلاصة

خلفية

ترتبط جودة قشر بيض الدواجن ارتباطًا وثيقًا بربحية إنتاج البيض. تعكس بقع قشر البيض سمة جودة مهمة تؤثر على مظهر البيض وتفضيلات العميل. ومع ذلك، فإن آلية تشكيل البقع لا تزال غير مفهومة بشكل جيد. في هذه الدراسة، قمنا بشكل منهجي بمقارنة مؤشرات المناعة ومضادات الأكسدة في مصل الدم للدجاج الذي يضع بيضًا مرقطًا وبيضًا طبيعيًا. تم استخدام تحليلات النسخ والميثيلوم لتوضيح آلية تكوين بقع قشر البيض.

فوائد سيستانش للرجال - تقوية جهاز المناعة

انقر هنا لعرض منتجات Cistanche Enhance Immunity

【اطلب المزيد】 البريد الإلكتروني: cindy.xue@wecistanche.com / تطبيق Whats: 0086 18599088692 / Wechat: 18599088692

نتائج

أظهرت النتائج أنه تم تحديد سبعة جينات معبر عنها تفاضليًا (DEGs) بين المجموعتين الطبيعية والبقعية. كشف تحليل إثراء مجموعة الجينات (GSEA) أن الجينات المعبر عنها تم إثراؤها بشكل رئيسي في مسار إشارات الكالسيوم، والالتصاق البؤري، ومسار إشارات MAPK. بالإضافة إلى ذلك، تم اكتشاف 282 جينًا ميثليًا تفاضليًا (DMGs)، منها 15 جينًا ارتبطت بالشيخوخة، بما في ذلك ARNTL وCAV1 وGCLC. أظهر تحليل المسار أن DMGs كانت مرتبطة بالمناعة التي تتوسطها الخلايا التائية، والاستجابة للإجهاد التأكسدي، والاستجابة الخلوية لتحفيز تلف الحمض النووي. حدد التحليل التكاملي لبيانات النسخ ومثيلة الحمض النووي BFSP2 باعتباره الجين المتداخل الوحيد، والذي تم التعبير عنه بمستويات منخفضة وناقص الميثيل في مجموعة البقع.

الاستنتاجات

بشكل عام، تشير هذه النتائج إلى أن الجينات والمسارات المرتبطة بالشيخوخة والمناعة تلعب دورًا حاسمًا في تكوين قشر البيض المرقط، مما يوفر معلومات مفيدة لتحسين جودة قشر البيض.

cistanche tubulosa-تحسين الجهاز المناعي

الكلمات الدالة

الدجاج البياض، البيض المرقط، النسخ، مثيلة الحمض النووي، المناعة

خلفية

يعتبر بيض الدواجن من أهم مصادر البروتين، كما أن تكلفته المنخفضة نسبياً تجعله يحظى بشعبية كبيرة بين المستهلكين. على مدى العقود الأربعة الماضية، تحسن إنتاج البيض بشكل كبير بسبب تطور سلالات البيض المتخصصة والاختيار الوراثي، بهدف "تغذية الدجاج البياض لمدة أسبوع 00 أسبوع لإنتاج 500 بيضة" [ 1، 2]. ومع ذلك، فإن تحقيق هذا الهدف كان محدودًا بسبب الانخفاض التدريجي في جودة قشر البيض وعلم وظائف الأعضاء المرتبط بشيخوخة الدجاجة، مما أدى إلى زيادة وزن قشر البيض، ولون قشر البيض الأفتح، وقشر البيض المرقط [3]. غالبًا ما تظهر البقع البنية المحمرّة، وهي سمة مهمة لجودة قشر البيض، على الطرف الحاد لقشر البيض البني، مما يؤثر بشكل كبير على مظهر البيض وتفضيلات العميل. يتم تقييم درجة بقع قشر البيض باستخدام طريقة التسجيل. يمكن تسجيل البقع وفقًا لكثافة الصباغ وتوزيعها وحجم البقع [4]. علاوة على ذلك، تتراوح نسبة وراثة قشر البيض المرقط من 0.15 إلى 0.2، مما يشير إلى التحديد الوراثي [5]. بالإضافة إلى ذلك، أشارت دراسة سابقة إلى أن الدجاج المسن لديه معدل أعلى من قشر البيض المرقط مقارنة بالدجاج الأصغر سنا، حيث يصل إلى 20٪ بعد 60 أسبوعا من العمر [6]. غدة قشر البيض هي عضو تكوين البيض الذي يلعب دورًا حاسمًا في بنية قشر البيض وتكوين اللون. أثناء تكوين البيض، ينتقل الصفار عبر القمع والماغنوم والبرزخ ويصل إلى غدة قشر البيض، التي تفرز كمية كبيرة من الكالسيوم والصبغ والبشرة ومواد أخرى، وتشكل بنية كاملة لقشر البيض وبشرة خارجية [7-9] ]. يؤثر أي تعديل أو تلف في غدة قشر البيض على تكوين بنية قشر البيض وتصبغه [10-12]. تعد مثيلة الحمض النووي واحدة من أقدم مسارات التعديل المعروفة وتتضمن نقل مجموعات الميثيل إلى موقع الكربون الخامس من السيتوزين لتكوين 5- ميثيل سيتوزين [13]. تلعب مثيلة الحمض النووي دورًا مهمًا في عملية شيخوخة الحيوانات، حيث تنظم التعبير الجيني المرتبط بالعمر ومسببات الأمراض العصبية والمناعية والتمثيل الغذائي [14-17]. بالإضافة إلى ذلك، يمكن أن تسبب مثيلة الحمض النووي مع العوامل البيئية أنماطًا ظاهرية مختلفة أثناء الشيخوخة [18]. تم ربط العديد من الأنماط الحيوانية المعقدة بميثيل الحمض النووي [19، 20]. في الآونة الأخيرة، كان تسلسل الحمض النووي الريبي (RNA-seq) مفيدًا في الكشف عن الجينات والمسارات الكامنة وراء السمات على المستوى النسخي [21-24]، مثل نمو العضلات الجنينية، وكفاءة التغذية، وحجم القمامة. أظهرت دراستنا السابقة أنه على الرغم من أن وجود قشر البيض المرقط لا يؤثر على أداء الدجاج البياض (بيانات غير منشورة)، إلا أن البقع يمكن أن تؤثر على مظهر البيض وتقلل من قيمته الاقتصادية إلى حد كبير. علاوة على ذلك، فإن الآليات الجزيئية لتكوين البيض المرقط غير مفهومة جيدًا. ولذلك، تهدف هذه الدراسة إلى توضيح آلية تكوين قشر البيض المرقط باستخدام تقنيات النسخ ومثيلة الحمض النووي. نظرًا لأن قشر البيض المرقط قابل للتوريث ومرتبط بالعمر، فقد استخدمنا مزيجًا من تحليلات مثيلة الحمض النووي والنسخية لاستكشاف الجينات والمسارات الرئيسية المشاركة في تكوين قشر البيض المرقط. ومن المتوقع أن تؤدي نتائج هذه الدراسة إلى تحسين فهم الآلية الجزيئية لتكوين سمات قشر البيض، الأمر الذي قد يكون مفيدًا لتربية الحيوانات.

الشكل 1: البيض العادي والمرقش من الدجاج البياض المسن. أ- بيضة عادية، ب- بيضة مرقطة

الجدول 1: المعلمات البيوكيميائية في الدم للمجموعات الطبيعية والبقع

نتائج

المعلمات البيوكيميائية في الدم

A typical egg and speckled egg are shown in Fig. 1. Serum antioxidant and immune indices were measured to determine the physiological status of the laying hens. Serum biochemical parameters are listed in Table 1. Serum levels of immunoglobulin G (IgG) and immunoglobulin A (IgA) are common indicators of humoral immune function. Birds in the normal group had a higher (p = 0.028) IgA content than those in the speckle group. Superoxide dismutase (SOD), catalase (CAT), total antioxidant capacity (T-AOC), glutathione (GSH), and glutathione peroxidase (GSH-PX) are important antioxidant enzymes in the body. MDA is one of the products formed by the reaction of lipids with oxygen radicals, and its content represents the degree of lipid peroxidation. These indices are important in evaluating the oxidative stress process. However, there were no differences (p >0.05) في معلمات مضادات الأكسدة بين المجموعتين الطبيعية والبقعية.

الملف النسخي لغدة قشر البيض

تم إنشاء ست مكتبات [كدنا] من المجموعات البقعية والعادية. بعد مراقبة الجودة، تم الحصول على إجمالي 615,170,158 قراءة أولية و604,275,600 قراءة نظيفة (98.22% من القراءات الأولية). بعد المحاذاة باستخدام برنامج HISAT2، كان معدل التعيين 90.75-93.18%، وكان معدل التعيين الفريد في جميع العينات أكبر من 73.47% (الجدول التكميلي S3). يتم توضيح مستويات التعبير الجيني باستخدام خريطة الحرارة العنقودية وتحليل المكونات الرئيسية (PCA). لم تكن هناك فروق ذات دلالة إحصائية في ملامح التعبير الجيني للعينات من المجموعات البقعية والعادية، حيث لم تشكل العينات مجموعات متميزة (الشكل 2A، B). تم تحديد ما مجموعه سبعة جينات معبر عنها تفاضليًا (DEGs) بين المجموعتين الطبيعية والبقعية (ص<0.05, |log2 Fold Change|>1)، بما في ذلك اثنين من الجينات المنتظمة وخمسة جينات منتظمة (الجدول 2). أظهر تحليل إثراء مجموعة الجينات (GSEA) أنه تم إثراء أربعة مسارات بشكل كبير بواسطة الجينات المعبر عنها (الجدول التكميلي S4). أشارت درجات التخصيب الطبيعية السلبية (NES) إلى انخفاض مستويات التعبير لبعض المسارات في المجموعة الطبيعية مقارنة بتلك الموجودة في مجموعة البقع، مع مسار إشارات الكالسيوم، وتفاعل مستقبلات الليجند العصبية، والالتصاق البؤري، ومسار إشارات MAPK كونها المسارات مع أدنى تعبير (الشكل 2C). تم التحقق من شجرة DEGs (BFSP2، IQSEC، TMOD4) التي تم تحديدها بواسطة RNA-seq باستخدام PCR الكمي في الوقت الحقيقي (qRT-PCR). كان هناك تعبير مماثل عن الجينات الثلاثة واضحًا باستخدام RNA-Seq وqRT-PCR، ووصل معامل التحديد (R2 ) إلى 0.93 (الشكل 2D)، مما يشير إلى أن بيانات RNA-seq كانت موثوقة.

الجدول 2: الجينات المعبر عنها تفاضليًا (DEGs) بين الدجاج الذي وضع البقع والبيض الطبيعي

الشكل 2: الملف النسخي لغدة قشر البيض. خريطة حرارية لمستويات التعبير الجيني، B تحليل المكون الرئيسي لجميع الجينات باستخدام قيم التعبير المعيارية DEseq2، C ثلاث مجموعات جينية تمثيلية من نتائج تحليل إثراء مجموعة الجينات، D نتائج التحقق qPCR للجينات المعبر عنها تفاضليًا

ملف مثيلة الحمض النووي لغدة قشر البيض

A total of 564,415,302 and 581,414,308 clean reads were obtained from the speckle and normal groups, respectively, after quality control (Supplementary Table S5), of which 73–78% were uniquely mapped to the converted chicken reference genome (GRCg6a). The cytosine (C) methylation rate of the six eggshell gland samples was approximately 3.4%, and the cytosine site methylation of CpG ranged from 55.5–to 63.9% in the two groups. The cytosine site methylation of CHH and CHG (H represents A, C, or T) was detected at a low proportion (0.3–0.4%) (Supplementary Table S5). Pearson correlation analysis of the CpG bases suggested that all samples were highly correlated (r>{{0}}.89) (الشكل 3A). أظهر PCA أن العينات من المجموعتين لم تكن مختلفة بشكل كبير، لأنها لم تشكل مجموعات منفصلة (الشكل 3B). لم تكن هناك فروق ذات دلالة إحصائية في مستويات مثيلة CG، CHG، وCHH بين المجموعتين (الشكل 3C). ومع ذلك، أظهرت مجموعة البقع مستوى مثيلة CG أعلى من المجموعة العادية. أظهرت مناطق التكرار والإكسون أعلى مستويات مثيلة CG، في حين أن منطقة 5 ′ UTR لديها أدنى مستويات مثيلة CG (الشكل ثلاثي الأبعاد). تم تحديد ما مجموعه 2788 منطقة ميثيلية تفاضلية (DMRs) بين المجموعتين الطبيعية والبقعية. تقع DMRs بشكل رئيسي في الإنترونات (47.45٪)، تليها المنطقة الجينية (36.05٪)، إكسون (8.29٪)، المروج (5.95٪)، 3′-UTR (1.18٪)، و 5′-UTR ( 0.97٪ مناطق (الشكل 4). بالإضافة إلى ذلك، تم تحديد 282 جينًا ميثليًا تفاضليًا (DMGs)، بما في ذلك 172 جينًا مفرط الميثيل و74 جينًا ناقص الميثيل في منطقة المروج. علاوة على ذلك، تم العثور على 36 DMGs في الجسم الجيني، بما في ذلك 30 جينًا مفرط الميثيل وستة جينات ناقصة الميثيل. قمنا بتحويل DMGs إلى أخصائيي تقويم بشريين وحصلنا على 158 رمزًا جينيًا تم تحميلها في Metascape للتعليق الوظيفي وعلم الجينات (GO) وتحليل المسار. تم إثراء الجينات في 176 عملية بيولوجية GO، بما في ذلك تنظيم الاستجابة الخلوية لتحفيز عامل النمو والمناعة التي تتوسطها الخلايا التائية، والاستجابة للإجهاد التأكسدي، والاستجابة الخلوية لتحفيز تلف الحمض النووي.

الشكل 3: مستويات المثيلة الإجمالية في الدجاج البياض والبيض الطبيعي. تحليل الارتباط لمستويات المثيلة بين عينات من المجموعتين. ب تحليل المكون الرئيسي لمستوى المثيلة لجميع العينات. C رسم بياني لمستوى مثيلة موقع السيتوزين في المجموعتين. مخطط خطي لمستويات المثيلة في المناطق الجينومية المختلفة. تم تقسيم المناطق الجينومية لكل جين إلى 20 سلة؛ تم بعد ذلك حساب متوسط ​​مستوى مثيلة موقع السيتوزين في المناطق الوظيفية المقابلة لجميع الجينات.

الشكل 4. رسم بياني لشرح المناطق الميثيلية التفاضلية (DMRs) في المناطق الوظيفية الجينومية

الشكل 5: شروط GO الخاصة بـ DMGs. ب العلاقة بين التعبير الجيني ومستويات مثيلة الحمض النووي في مجموعة البقع. C العلاقة بين التعبير الجيني ومستويات مثيلة الحمض النووي في المجموعة الطبيعية. مخطط D Venn للجينات المتداخلة بين DEGs و DMGs

أظهر تحليل المسار أنه تم إثراء الجينات في 19 مسارًا في موسوعة كيوتو للجينات والجينوم (KEGG)، بما في ذلك تحلل الحمض النووي الريبي (RNA)، وتنظيم الوسيط الالتهابي لقنوات TRP، ومسار إشارات TNF. علاوة على ذلك، تم اكتشاف 25 مجموعة جينية، بما في ذلك الإشارة بواسطة Rho GTPases، ودورة RHO GTPase، ودورة CDC42 GTPase. يظهر الشكل 5A أفضل 20 مجموعة أنطولوجية مخصبة. من بين 158 جينًا بشريًا متماثلًا، كان 15 منها مرتبطًا بالشيخوخة أو طول العمر (الجدول التكميلي S6). تم إجراء تحليل تكاملي لتسلسل ثنائي كبريتيت الجينوم الكامل (WGBS) وبيانات RNA-seq لتحديد العلاقة بين مثيلة الحمض النووي ومستويات التعبير الجيني (الشكل 5B وC). كان هناك ارتباط سلبي بين مثيلة الحمض النووي ومستويات التعبير الجيني في أعلى موقع بدء النسخ (TSS) وفي موقع إنهاء النسخ (TTS)؛ ومع ذلك، لم يكن هناك ارتباط بين مثيلة الحمض النووي ومستويات التعبير الجيني في الجسم الجيني. أظهر مخطط فين أن BFSP2 كان الجين الوحيد المتداخل بين DMGs وDEGs (الشكل 5D).

مناقشة

أظهرت الدراسات التي أجريت على مدار عدة سنوات أن تكون البقع على قشر البيض أمر وراثي، وأن الدجاج البياض المسن ينتج معدلًا أعلى من قشر البيض المرقط مقارنة بالدجاج الأصغر سنًا [6]. غالبًا ما يكون شيخوخة الدجاج البياض مصحوبًا بالتهاب مزمن وإجهاد مؤكسد [25، 26]. تعكس مؤشرات الدم للحيوانات حالتها الفسيولوجية والتغذوية. SOD، GSH-PX، GSH، CAT، وT-AOC هي مكونات نظام الدفاع المضاد للأكسدة. تشير نتائج الدراسة الحالية إلى أنه لم يكن هناك اختلاف كبير في قدرة مضادات الأكسدة لدى الدجاج المسن بين المجموعات الرقطية والمجموعات الطبيعية، وهو ما يتعارض مع نتائج مورينو وأوسورنو [27]. أفاد مورينو أن الطيور التي تضع بيضًا بأصداف مرقطة قد تعاني من إجهاد فسيولوجي بسبب الوظيفة المؤكسدة لمكون البقع الرئيسي ولديها قدرة أعلى على تحمل الإجهاد التأكسدي [28]. يمكن أن تعزى الاختلافات في النتائج إلى الأنواع المختلفة المستخدمة في الدراسات.

cistanche tubulosa-تحسين الجهاز المناعي

الجلوبيولين المناعي عبارة عن بروتينات تشارك في العمليات المضادة للالتهابات وتلعب أدوارًا تنظيمية في التفاعلات الالتهابية [29]. أظهرت دراسة سابقة أن طيور الحلمة الزرقاء التي تضع بيضًا مرقطًا تظهر مستويات منخفضة من الجلوبيولين المناعي [30]. وبالمثل، أظهرت نتائج الدراسة الحالية أن الطيور في مجموعة البقع كانت لديها مستويات IgA أقل بكثير في المصل مقارنة بتلك الموجودة في المجموعة الطبيعية، مما يشير إلى أن الدجاج في مجموعة البقع قد يكون لديه قدرة أقل مضادة للالتهابات، وهو ما يتوافق مع نتائج مارتينيز وميرينو [30]. IgA، باعتباره أحد المؤشرات المهمة في تقييم وظيفة المناعة الخلطية للدواجن، له وظائف مضادة للفيروسات ومضاد للبكتيريا ومضاد للسموم [31]. أظهرت الدراسات أن المكملات الغذائية من خميرة جلوكان يمكن أن تزيد من محتوى IgA في الدم. زيادة محتوى IgA يمكن أن يزيد من قدرة الفرد على الحفاظ على التوازن المناعي، مما يؤدي إلى فوائد صحية محتملة [32]. وقد أظهرت الدراسات أيضًا أنه مع تقدم عمر الدجاج البياض، تنخفض مقاومته لمسببات الأمراض الخارجية [33]. عندما تدخل مسببات الأمراض إلى جسم الدجاج البياض المسن، قد يتضرر نظام الدفاع المخاطي لأنسجة قناة البيض بسبب الانخفاض المصاحب في المناعة [34]. ومع ذلك، فإن المستوى الأعلى من IgA قد يزيد من قدرة الجسم على الحفاظ على التوازن المناعي، مما يمنع غزو مسببات الأمراض إلى الأنسجة تحت المخاطية لقناة البيض، وبالتالي الحفاظ على جودة قشر البيض. علاوة على ذلك، حدد تحليل RNA-seq سبعة DEGs بين البقع والمجموعات الطبيعية، بما في ذلك IQSEC3، وBFSP2، وTMOD4، وLOC112530987، وGABRA2، وTRQK، والجين الكاذب. IQSEC3، عضو في عائلة عوامل تبادل النوكليوتيدات (GEFs) المقاومة لـ brefeldin A [35، 36]، يعزز تطوير المشابك العصبية المثبطة عن طريق الارتباط بالجيفيرين [37]. يعد IQSEC3 مهمًا وظيفيًا للحفاظ على نشاط الشبكة في الجسم الحي. ضربة قاضية IQSEC3 في التلفيف المسنن الحصين في القوارض تقلل من كثافة المشابك العصبية GABAergic وتزيد من التعرض للنوبات الشديدة [38]. ومع ذلك، لا توجد دراسات حول وظيفة IQSEC3 في الدواجن.

حمض جاما أمينوبوتيريك (GABA) هو الناقل العصبي المثبط الرئيسي في الجهاز العصبي المركزي للفقاريات [39] ويمكنه تغيير بنية المستقبل ونفاذية الأيونات للمستقبل المقابل [40]. يمكن أن يعمل GABA مباشرة على خلايا العضلات الملساء الأنبوبية من خلال GABAA-R أو GABAB-R، والتي تقع على جدار قناة فالوب وتشارك من خلال تنظيم الانقباض الأنبوبي في الأرانب [39]، والبشر [41]، والجرذان [42]. أظهرت الدراسات أن GABRA1 يلعب دورًا مهمًا في إنتاج البيض. يمكن أن تمنع مستويات التعبير العالية لـ GABRA1 تكاثر الخلايا الحبيبية، وتعزز موت الخلايا المبرمج، وتمنع تخليق وإفراز البروجسترون، مما يؤدي إلى انخفاض إنتاج البيض [43-45]. إيقاع وضع البيض للدجاج البياض هو عملية تعديل عصبي [46، 47]. بناءً على هذه النتائج، نتوقع وجود علاقة دقيقة بين تكوين بقع قشر البيض والجهاز العصبي، على الرغم من أن الارتباط الدقيق يتطلب مزيدًا من البحث.

يتم التعبير عن TMOD4، وهو عضو في عائلة البروتينات التي تغطي الأطراف المدببة لخيوط الأكتين [48]، في العضلات الهيكلية والقلب [49، 50]. أفادت الدراسات أن TMOD4 موجود في عدسات الدجاج البالغة وخلايا الدم الحمراء وألياف العضلات الهيكلية سريعة الارتعاش [51]. تم العثور على TMOD4 للمشاركة في تجميع الليفي العضلي وتقلص العضلات والتمايز [52-54]. يؤدي تقلص عضلة قناة البيض إلى دوران البويضة في الرحم، مما يسمح بترسيب الصبغة بالتساوي على سطح قشر البيض. نعتقد أن تكوين البيض المرقط قد يكون مرتبطًا بتقلص عضلات قناة البيض، ولكن هناك حاجة إلى مزيد من البحث. تم استخدام GSEA لتحليل الوظيفة البيولوجية لجميع الجينات المعبر عنها لتجنب فقدان بعض مجموعات الجينات المثيرة للاهتمام من خلال استراتيجية خالية من القطع. تم إثراء الجينات المعبر عنها بشكل أساسي في مسار إشارات الكالسيوم، والالتصاق البؤري، ومسار إشارات MAPK، والتفاعل بين مستقبلات يجند العصبية. تم الإبلاغ عن أنه في عملية تمعدن قشر البيض، تشارك الجينات المرتبطة بمسار إشارات الكالسيوم في امتصاص أيونات الكالسيوم والكربونات من الدم ويتم نقلها إلى سائل الرحم عبر الخلايا الظهارية لقناة البيض للمشاركة في قشر البيض. التمعدن [46، 55]. عندما تستمر أيونات الكالسيوم والكربونات في التمعدن في قشر البيض، تدور البويضة بشكل مستمر في الرحم، ويمكن ترسب صبغة قشر البيض، بروتوبرفيرين-IX، بشكل موحد على سطح قشر البيض [56]. ونتوقع أن الاختلاف في إمداد أيونات الكربونات والكالسيوم بين المجموعتين ربما أدى إلى التوزيع غير المتساوي للصباغ في عملية الترسيب على سطح قشر البيض، مما تسبب في ظهور بقع على قشر البيض.

cistanche tubulosa-تحسين الجهاز المناعي

الالتصاقات البؤرية هي هياكل جزيئية كبيرة تشكل روابط ميكانيكية بين الهيكل الخلوي للأكتين داخل الخلايا ومكونات المصفوفة خارج الخلية [57]. لقد ثبت أن الالتصاقات البؤرية تلعب دورًا حيويًا في الحفاظ على شكل ووظيفة قناة البيض في الضفادع البنية الصينية [58]، بينما شاركت الالتصاقات البؤرية أيضًا في آلية اختلافات إنتاج البيض في دجاج جينغهاي الأصفر وناندان ياو. الدجاج المنزلي [59، 60]. في الدراسة الحالية، شاركت الالتصاقات البؤرية في تكوين بقع قشر البيض، لكن الآلية التشاركية المحددة لا تزال بحاجة إلى مزيد من البحث. يحتوي مسار MAPK على ثلاثة أعضاء بارزين: البروتين كيناز المنشط للميتوجين p38 (p38 MAPK)، كيناز Jun N-terminal (JNK)، وكيناز الاستجابة خارج الخلية (ERK)، والتي تنظم معًا نمو الخلايا، والتمايز، وموت الخلايا المبرمج، والالتهابات، وغيرها. الاستجابات الفسيولوجية الهامة [61]. لقد ثبت أن مسار ERK 1/2 MAPK يلعب دورًا مهمًا في نمو وتطور وتمايز قناة البيض والرحم [62]. وانغ وآخرون. استخدم الفاناديوم للحث على نمو الخلايا الظهارية لقناة البيض ووجد أنه تم تنشيط أفراد عائلة MAPK، مما أدى إلى الإجهاد التأكسدي لقناة البيض، وانخفاض نشاط الخلية، وموت الخلايا المبرمج [63]. في الدراسة الحالية، وجدنا أن مسار إشارة MAPK في المجموعة المرقطة تم إثراؤه بشكل كبير، وبالتالي نتوقع أن الدجاجات التي تضع بيضًا مرقطًا ربما تعرضت لبعض الضغط، مع بعض التأثير على قناة البيض. ترتبط تفاعلات مستقبلات الربيطة العصبية النشطة بتخليق هرمون الستيرويد في الغدد التناسلية. أنها تلعب دورا أساسيا في تنظيم إنتاج البيض ووظيفة المبيض في الدواجن [59، 64]. ينتمي الجين المعبر عنه تفاضليًا، GABRA2، أيضًا إلى مسار التفاعل بين مستقبلات الترابط العصبي. نظرًا لأن بقع قشر البيض تظهر نتيجة لإنتاج البيض، وإنتاج البيض هو عملية إيقاعية، فإن الإثراء الكبير لتفاعلات مستقبلات الترابط العصبي في المجموعة المرقطة يقودنا إلى التكهن بأنه قد تكون هناك اختلافات في أداء إنتاج البيض بين الدجاجات التي تضع بيضًا مرقطًا والدجاج يضع بيضًا طبيعيًا، لكن هذا يتطلب المزيد من الاستكشاف.

يمكن أن تؤثر العوامل البيئية على التعبير الجيني عن طريق التعديلات اللاجينية. يمكن أن يكون الجمع بين التعديلات الجينية والجينية مفيدًا في شرح آلية تكوين السمات المعقدة [19، 65]. تمت دراسة العلاقة بين مثيلة الحمض النووي على مستوى الجينوم والتعبير الجيني لسنوات [66، 67]. بشكل عام، مثيلة الحمض النووي تمنع التعبير الجيني [68]. تتوافق نتائج الدراسة الحالية مع النتائج السابقة في أن مستويات التعبير الجيني المرتفعة ترتبط بانخفاض مثيلة الحمض النووي في منطقة المروج [67، 68]. ومع ذلك، لم يلاحظ أي اتجاه واضح في منطقة الجسم الجيني، والذي قد يكون بسبب أن أنماط التعبير الجيني يتم تنظيمها أيضًا بواسطة عوامل أخرى [69، 70]. كشف تحليل التخصيب الوظيفي أن DMGs تم إثراءها بشكل أساسي في المناعة التي تتوسطها الخلايا التائية، والاستجابة للإجهاد التأكسدي، والاستجابة الخلوية لمحفزات تلف الحمض النووي، وترتبط معظم المسارات بالشيخوخة [71-73]. تم أيضًا تحديد الجينات الأخرى المرتبطة بالشيخوخة، بما في ذلك GCLC [74]، وCAV1 [75]، وLYN [76]. أظهر مزيج من بيانات النسخ ومثيلة الحمض النووي أن BFSP2 كان الجين المتداخل الوحيد وتم التعبير عنه بشكل كبير في كل من مثيلة الحمض النووي ومستويات النسخ. تم نقص ميثيل BFSP2 وكانت مستويات التعبير عنه منخفضة في مجموعة البقع، مما يشير إلى أن التعبير الجيني يتم تنظيمه بواسطة عوامل النسخ الأخرى بالإضافة إلى تعديل المثيلة. علاوة على ذلك، تم تحديد BFSP2 كجينة مرشحة في إعتام عدسة العين الخلقي المسيطر [77] ومرض إعتام عدسة العين التقدمي [78]. على الرغم من أنه ثبت أن BFSP2 يرتبط بتطور العين في الدجاج [79]، إلا أن الدراسات حول الوظائف الأخرى في الدجاج محدودة. لذلك، من الضروري إجراء المزيد من الدراسات لتوضيح دورها في تكوين قشر البيض المرقط.

فوائد سيستانش للرجال - تقوية جهاز المناعة

الاستنتاجات

في الختام، تشير مؤشرات المناعة في الدم إلى أن محتوى IgA في المجموعة المرقطة كان أقل بكثير من ذلك في المجموعة الطبيعية، ونتوقع أن انخفاض وظيفة المناعة يرتبط ارتباطًا وثيقًا بتكوين بقع قشر البيض. اكتشف تحليل النسخ سبعة DEGs بين المجموعتين المرقطة والعادية، والتي تم تحديد IQSEC3 وGABRA2 وBFSP2 منها على أنها جينات مهمة محتملة مرتبطة بتكوين البيض المرقط. حدد تحليل مثيلة الحمض النووي DMGs المرتبطة بالمناعة التي تتوسطها الخلايا التائية، والاستجابة للإجهاد التأكسدي، والاستجابة الخلوية لتحفيز تلف الحمض النووي. ومن بين 282 ضررًا تم تحديدها، ارتبط 15 منها بالشيخوخة. كشف التحليل التكاملي للترانسكربتوم ومثيلة الحمض النووي أن الجين الوحيد المتداخل هو BFSP2، والذي بالكاد تمت دراسته في الدجاج. تشير البيانات المقدمة هنا إلى أن مسارات المناعة والشيخوخة لدى الدجاج البياض قد تساهم في تكوين قشر البيض المرقط، مما يحسن فهمنا لآلية توليد بقع قشر البيض.

مراجع

1. باين إم إم، نيس واي، دان آي سي. زيادة الثبات في وضع البيض وتثبيت جودة البيض في دورات وضع أطول. ما هي التحديات؟ بر بولت العلوم. 2016;57(3):330–8.

2. Pottgüter R. تغذية الدجاج البياض حتى عمر 100 أسبوع. لوهمان المشاة. 2016;50:18–21.

3. Molnar A، Maertens L، Ampe B، Buyse J، Kempen I، Zoons J، Delezie E. التغيرات في سمات جودة البيض خلال المرحلة الأخيرة من الإنتاج: هل هناك إمكانية لدورة وضع ممتدة؟ بر بولت العلوم. 2016;57(6):842–7.

4. جوسلر إيه جي، هيغام جي بي، جيمس رينولدز إس. لماذا يكون بيض الطيور مرقطًا؟ إيكول ليت. 2005;8(10):1105–13.

5. Arango J، Settar P، Arthur J، O'Sullivan N. العلاقة بين لون القشرة وحدوث البقع في خطوط البيض البني. في: بروك المؤتمر الأوروبي الثاني عشر للدواجن: 2006. 2006. ص. 10-4.

6. Cheng X، Fan C، Ning Z. جودة بيض النمش والعوامل المؤثرة عليه. العلوم الصينية بولت. 2019;41(19):6–9 (باللغة الصينية).

7. هينك إم تي، نيس واي، جاوترون جي، مان كيه، رودريجيز نافارو إيه بي، ماكي إم دي. قشر البيض: الهيكل والتكوين والتمعدن. الجبهة Biosci (إد لاندمارك). 2012;17(4):1266–80.

8. سامي الله إس، روبرتس جي آر، شوسالكار ك. لون قشر البيض في الدجاج البياض ذو اللون البني - مراجعة. علوم بولت. 2015;94(10):2566–75.

9. ويلسون بي دبليو، سوثر سي إس، باين إم إم، إيكن دبليو، جونز إيه، كوينلان-بلاك إف، أولوري في، جاوترون جيه، دان آي سي. فهم تكوين بشرة بيض الطيور في قناة البيض: دراسة أصلها وترسبها. بيول ريبرود. 2017;97(1):39–49.

10 Zhu M، Li H، Miao L، Li L، Dong X، Zou X. كلوريد الكادميوم الغذائي يضعف التمعدن الحيوي للقشرة عن طريق تعطيل عملية التمثيل الغذائي لغدة قشر البيض في الدجاج البياض. ي أنيم العلوم. 2020;98(2):skaa025.

11. Qi X، Tan D، Wu C، Tang C، Li T، Han X، Wang J، Liu C، Li R، Wang J. تدهور جودة قشر البيض في الدجاج البياض المصاب تجريبيًا بفيروس أنفلونزا الطيور H9N2. الدقة البيطرية. 2016;47:35.

12. Wang J، Yuan Z، Zhang K، Ding X، Bai S، Zeng Q، Peng H، Celi P. Epigallocatechin -3- غالاتي يحمي تصبغ قشر البيض الناجم عن الفاناديوم عبر P38MAPK-Nrf2/HO -1 مسار الإشارات في الدجاج البياض. علوم بولت. 2018;97(9):3109–18.

13. Avery OT، Macleod CM، McCarty M. دراسات على الطبيعة الكيميائية للمادة المسببة للتحول في أنواع المكورات الرئوية: تحريض التحول بواسطة جزء من حمض الديوكسي ريبونوكلييك المعزول من المكورات الرئوية من النوع الثالث. J إكسب ميد. 194؛79(2):137–58.

14. كوشمانسكي جيه، مارشلويتز إي إتش، كافالكانتي آر جي، سارتور إم إيه، دولينوي دي سي. مثيلة الحمض النووي على مستوى الجينوم المرتبط بالعمر وهيدروكسي ميثيل في دم الفأر الطولي. علم الوراثة اللاجينية. 2018;13(7):779-92.

15. تشانغ إكس، هو إم، ليو إكس، لي سي، ثاننيكال في جيه، ساندرز واي واي. ينظم مثيل الحمض النووي التعبير الجيني في تليف الأعضاء. Biochim Biophys Acta Mol Basis Dis. 2017;1863(9):2389–97.

16. إرليخ م. فرط ميثيل الحمض النووي في المرض: الآليات والأهمية السريرية. علم الوراثة اللاجينية. 2019;14(12):1141–63.

17. لينغ سي، رون تي. علم الوراثة اللاجينية في السمنة البشرية ومرض السكري من النوع الثاني. خلية ميتاب. 2019;29(5):1028–44.

18. Kaminen-Ahola N، Ahola A، Maga M، Mallett KA، Fahey P، Cox TC، Whitelaw E، Chong S. استهلاك الإيثانول الأمومي يغير النمط الجيني والنمط الظاهري للذرية في نموذج الفأر. بلوس جينيت. 2010;6(1):e1000811.

19 Tan X، Liu R، Xing S، Zhang Y، Li Q، Zheng M، Zhao G، Wen J. الكشف على نطاق الجينوم عن الجينات الرئيسية والعلامات اللاجينية لكبد الدجاج الدهني. إنت J مول العلوم. 2020;21(5):1800.

20. هوانج جيه ​​إتش، آن إس إم، كوون إس، بارك دي إتش، كيم تي دبليو، كانغ دي جي، يو جي إي، كيم آي إس، بارك إتش سي، ها جي، وآخرون. أنماط مثيلة الحمض النووي والتعبير الجيني المرتبط بحجم القمامة في مشيمة خنزير بيركشاير. بلوس واحد. 2017;12(9):e0184539.

21. يو سي، تشيو إم، تشانغ زي، سونغ إكس، دو إتش، بينغ إتش، لي كيو، يانغ إل، شيونغ إكس، شيا بي، وآخرون. يكشف تسلسل النسخ عن الجينات المشاركة في الإجهاد التأكسدي الناجم عن الكادميوم في قلب الدجاج. علوم بولت. 2021;100(3):100932. 22. بو سي، تان إس دبليو، أليثين إن بي، هو سي إل، عمر آر، ييب إس كيه. تحليل النسخ للخلايا القاتلة الطبيعية للخلايا اللمفاوية داخل الظهارة في الدجاج المصابة بفيروس مرض الجرابي المعدي الشديد العدوى. ممثل العلوم. 2020;10(1):18348.

23. Ren L، Liu A، Wang Q، Wang H، Dong D، Liu L. تحليل النسخ لتطور العضلات الجنينية في دجاج جبل تشنغكو. علم الجينوم BMC. 2021;22(1):431.

24. يانغ سي، هان إل، لي بي، دينغ واي، تشو واي، هوانغ زي، دان إكس، شي واي، كانغ إكس. التوصيف وتحليل نسخة الاثني عشر للماشية الصينية ذات كفاءة الأعلاف المتباينة باستخدام RNA-Seq. جينيت الأمامي. 2021;12:741878.

25. وانغ جي، جيا آر، غونغ إتش، سيلي بي، تشو واي، دينغ إكس، باي إس، تسنغ كيو، يين إتش، شو إس، وآخرون. تأثير الإجهاد التأكسدي على مبيض الدجاج: إشراك الكائنات الحية الدقيقة وتدخلات الميلاتونين. مضادات الأكسدة (بازل). 2021;10(9):1422.

26. عطية يا، الحارثي م.أ، أبو المعاطي جلالة. مستويات الكالسيوم وكولي كالسيفيرول في الدجاج البياض في المرحلة المتأخرة: التأثيرات على الصفات الإنتاجية وجودة البيض والكيمياء الحيوية للدم والاستجابات المناعية. العلوم البيطرية الأمامية. 2020;7:389.

27. مورينو جيه، أوسورنو جيه إل. لون بيض الطيور والاختيار الجنسي: هل يعكس تصبغ قشر البيض حالة الأنثى وجودتها الوراثية؟ إيكول ليت. 2003;6(9):803–6.

28. أفونسو إس، فانور جي، باتل أ. بروتوبورفيرين التاسع والإجهاد التأكسدي. الدقة الراديكالية الحرة. 199;31(3):161–70.

29. Schwartz-Albiez R، Monteiro RC، Rodriguez M، Binder CJ، Shoenfeld Y. الأجسام المضادة الطبيعية، الجلوبيولين المناعي الوريدي ودورها في المناعة الذاتية والسرطان والالتهابات. كلين إكسب إيمونول. 200؛ 158 (ملحق 1): 43-50.

30. Martínez-de la Puente J، Merino S، Moreno J، Tomás G، Morales J، Lobato E، García-Fraile S، Martínez J. هل بقع قشر البيض ومؤشرات اللون للصحة والحالة في الثدي الأزرق Cyanistes caeruleus؟ ي افيان بيول. 2007;38(3):377–84.

31. Fagarasan S، Honjo T. تخليق IgA المعوي: تنظيم دفاعات الجسم في الخطوط الأمامية. نات القس إيمونول. 2003;3(1):63–72.

32. Zhen W، Shao Y، Wu Y، Li L، Pham VH، عباس W، Wan Z، Guo Y، Wang Z. تعمل مكملات بيتا جلوكان الخميرة الغذائية على تحسين لون قشر البيض وقابلية فقس البيض الخصب بالإضافة إلى تعزيز وظائف المناعة لدى المربي. الدجاج البياض. إنت J بيول ماكرومول. 2020;159:607–21.

33. Elhamouly M، Nii T، Isobe N، Yoshimura Y. التعديل المرتبط بالعمر لنظام الدفاع المناعي الفطري البرزخي والرحمي في الدجاج البياض. علوم بولت. 2019;98(7):3022–8.

34. لي جي، تشين كيو، لي واي إكس، لينغ إكس إف، وو واي جي. يؤدي التعرض لفوسفات ثلاثي أورثو-كريسيل إلى انخفاض إنتاج البيض وضعف جودة قشر البيض عن طريق تعطيل نمو الجريبات ووظيفة الغدة الصدفية في الدجاج البياض. السمية البيئية البيئة SAF. 2021;225:112771.

35. فوكايا إم، كاماتا أ، هارا واي، تاماكي إتش، كاتسوماتا أو، إيتو إن، تاكيدا إس، هاتا واي، سوزوكي تي، واتانابي إم، وآخرون. SynArfGEF هو عامل تبادل نيوكليوتيدات الجوانين لـ Arf6 ويتم توطينه بشكل تفضيلي في تخصصات ما بعد التشابك العصبي للمشابك المثبطة. نيوروشيم ي. 2011;116(6):1122–37.

36. أم جي دبليو. الوظائف المتشابكة لعائلة IQSEC لعوامل تبادل النوكليوتيدات ADP-ribosylation. الدقة العصبية. 2017;116:54–9.

37. أم جي دبليو، تشوي جي، بارك دي، كيم دي، جيون إس، كانغ إتش، موري تي، بابادوبولوس تي، يو تي، لي واي، وآخرون. يتفاعل بروتين IQ Motif وSEC7 المحتوي على المجال 3 (IQSEC3) مع Gephyrin لتعزيز تكوين المشبك المثبط. ي بيول كيم. 2016;291(19):10119–30.

38. كيم إس، كيم إتش، بارك دي، كيم جيه، هونغ جيه، كيم جي إس، جونغ إتش، كيم دي، تشيونغ إي، كو جي، وآخرون. يؤدي فقدان IQSEC3 إلى تعطيل صيانة المشبك العصبي GABAergic ويقلل من تعبير السوماتوستاتين في الحصين. مندوب الخلية. 2020;30(6):1995-2005 e1995.

39. Erdö SL، Riesz M، Kárpáti E، Szporny L. GABAB التحفيز بوساطة مستقبلات انقباض قناة بيض الأرانب المعزولة. يورو J فارماكول. 1984;99(4):333–6. 40. Roth FC، Draguhn A. GABA التمثيل الغذائي والنقل: التأثيرات على فعالية التشابك العصبي. نيور بلاست. 2012;2012:805830.

41. Erdő SL، László Á، Szporny L، Zsolnai B. كثافة عالية لمواقع ربط GABA محددة في قناة فالوب البشرية. نيوروسكي ليت. 198؛42(2):155-60.

42. Erdo SL، Rosdy B، Szporny L. تركيزات أعلى من GABA في قناة فالوب مقارنة بدماغ الفئران. نيوروشيم ي. 1982;38(4):1174–6.

43. Sun X، Chen X، Zhao J، Ma C، Yan C، Liswaniso S، Xu R، Qin N. يكشف التحليل المقارن لبصيلات المبيض عن الجينات الرئيسية ومسارات الإشارة المتورطة في إنتاج بيض الدجاج. علم الجينوم BMC. 2021;22(1):899.

44. تشن إكس، صن إكس، تشيمباكا آي إم، تشين إن، شو إكس، ليسوانيسو إس، شو آر، غونزاليس جي إم. يكشف تحليل النسخ لبصيلات المبيض عن الجينات المحورية المحتملة المرتبطة بزيادة وانخفاض معدلات إنتاج بيض الدجاج. جينيت الأمامي. 2021;12:622751.

45. Luan X، Liu D، Cao Z، Luo L، Liu M، Gao M، Zhang X. يحدد التنميط Transcriptome الجينات المعبر عنها تفاضليًا في مبيض أوزة Huoyan بين فترة وضع البيض وفترة التوقف. بلوس واحد. 2014;9(11):e113211.

46. ​​كوي زي، تشانغ زي، أميفور إف كيه، دو إكس، لي إل، تيان واي، كانغ إكس، شو جي، تشو كيو، وانغ واي، وآخرون. ينظم الساعة البيولوجية miR -449 c -5 p نقل الرحم Ca (2+) أثناء تكلس قشر البيض في الدجاج. علم الجينوم BMC. 2021;22(1):764.

47. ميشرا إس كيه، تشن بي، تشو كيو، شو زي، نينغ سي، يين إتش، وانغ واي، تشاو إكس، فان إكس، يانغ إم، وآخرون. يكشف تحليل النسخ عن الجينات المعبر عنها تفاضليًا والمرتبطة بمعدلات عالية لإنتاج البيض في محور الغدة النخامية والمبيض في الدجاج. ممثل العلوم. 2020;10(1):5976.

48. كوكس بي آر، صديق تي، زغبي إتش واي. التنظيم الجينومي لـ Tropomodulins 2 و 4 والربط غير المعتاد بين الجينات وداخل الجسم لـ YL -1 و Tropomodulin 4. BMC Genomics. 2001;2:7.

49. كوكس بي آر، زغبي إتش واي. التسلسل، وتحليل التعبير، ورسم الخرائط لثلاثة جينات فريدة من نوعها للتروبومودولين البشري وأخصائيي تقويم الفئران. علم الجينوم. 2000;63(1):97-107.

50. ياماشيرو إس، جوكين دي إس، كيمورا إس، نواك آر بي، فاولر في إم. التروبومودولين: بروتينات ذات نهاية مدببة تنظم بنية خيوط الأكتين في أنواع الخلايا المتنوعة. الهيكل الخلوي (هوبوكين). 2012;69(6):337-70.

51. ألمينار-كيرالت أ، لي أ، كونلي سي إيه، ريباس دي بوبلانا إل، فاولر في إم. تحديد شكل إسوي تروبومودولين جديد، تروبومودولين هيكلي، يغطي أطراف خيوط الأكتين المدببة في العضلات الهيكلية السريعة. ي بيول كيم. 199;274(40):28466–75.

52. Ren T، Li Z، Zhou Y، Liu X، Han R، Wang Y، Yan F، Sun G، Li H، Kang X. تسلسل وتوصيف lncRNAs في عضلة الثدي لدجاج Gushi و Arbor Acres. الجينوم. 2018;61(5):337–47.

53. شو إل، تشاو إف، رين إتش، لي إل، لو جي، ليو جي، تشانغ إس، ليو جي إي، سونغ جي، تشانغ إل، وآخرون. تحليل التعبير المشترك للجينات المرتبطة بوزن الجنين في العضلات الهيكلية للأغنام خلال مراحل نمو الجنين المتوسطة والمتأخرة. إنت J بيول العلوم. 2014;10(9):1039–50.

54. Wu Y، Wang Y، Yin D، Mahmood T، Yuan J. يكشف تحليل Transcriptome عن فهم جزيئي للنيكوتيناميد وزبدات الصوديوم على جودة اللحوم في دجاج التسمين تحت كثافة تخزين عالية. علم الجينوم BMC. 2020;21(1):412.

55. تشانغ إف، يين زد تي، تشانغ جي إف، تشو إف، هينكي إم، يانغ إن، هو زد سي. دمج بيانات النسخ والبروتينات وQTL لاكتشاف الجينات المهمة وظيفيًا لتكوين قشر بيض البط وتكوين الزلال. علم الجينوم. 2020;112(5):3687–95.

56. نيس واي، جاوترون جي، جارسيا رويز جيه إم، هينكي إم تي. تمعدن قشر بيض الطيور: التوصيف البيوكيميائي والوظيفي لبروتينات المصفوفة. سي آر باليفول. 2004;3(6–7):549–62.

57. تشين سي إس، ألونسو جيه إل، أوستوني إي، وايتسايدز جي إم، إنجبر دي. يوفر شكل الخلية تحكمًا عالميًا في مجموعة الالتصاق البؤري. الكيمياء الحيوية Biophys الدقة المشتركة. 2003;307(2):355–61.

58 Su H، Zhang H، Wei X، Pan D، Jing L، Zhao D، Zhao Y، Qi B. التحليل البروتيني المقارن لقناة البيض Rana chensinensis. الجزيئات. 2018;23(6):1384.

59. Zhang T، Chen L، Han K، Zhang X، Zhang G، Dai G، Wang J، Xie K. تحليل النسخ للمبيض في بيضة أكبر وأقل إنتاجًا لدجاج Jinghai Yellow Chicken. أنيم ريبرود العلوم. 2019;208:106114.

60. Sun T، Xiao C، Deng J، Yang Z، Zou L، Du W، Li S، Huo X، Zeng L، Yang X. يكشف تحليل Transcriptome عن الجينات والمسارات الرئيسية المرتبطة بإنتاج البيض في دجاج Nandan-Yao المحلي. شركات الكيمياء الحيوية فيزيول الجزء د علم الجينوم والبروتينات. 2021;40:100889.

61. Peter AT، Dhanasekaran N. موت الخلايا المبرمج للخلايا الحبيبية: مراجعة لدور وحدات إشارات MAPK. Reprod Domest أنيم. 2003;38(3):209–13.

62. يتم التوسط في Jeong W، وKim J، وAhn SE، وLee SI، وBazer FW، وHan JY، وSong G. AHCYL1 بواسطة إشارات خلية ERK1/2 MAPK المستحثة بالإستروجين وتنظيم microRNA للتأثير على الجوانب الوظيفية لقناة بيض الطيور. بلوس واحد. 2012;7(11):e49204.

63. Wang J، Huang X، Zhang K، Mao X، Ding X، Zeng Q، Bai S، Xuan Y، Peng H. تتوسط تأثيرات Vanadate المؤكسدة وموت الخلايا المبرمج بواسطة مسار MAPK-Nrf2 في الخلايا الظهارية لطبقة قناة البيض. علم المعادن. 2017;9(11):1562–75.

64. Tao Z، Song W، Zhu C، Xu W، Liu H، Zhang S، Huifang L. التحليل النسخي المقارن لمبيض البط المرتفع والمنخفض إنتاج البيض. علوم بولت. 2017;96(12):4378–88.

65. Shioda K، Odajima J، Kobayashi M، Kobayashi M، Cordazzo B، Isselbacher KJ، Shioda T. الحفاظ على النسخ والوراثة اللاجينية للهوية الجنسية الجينية في الغدد التناسلية الجنينية للدجاج الذكور المؤنثة بالإستروجين. الغدد الصماء. 2021;162(1):بقاع208.

66. هوانغ YZ، صن جيه جيه، تشانغ إل زد، لي سي جيه، ووماك جي إي، لي زي جيه، لان إكس واي، لي تشيكوسلوفاكيا، تشانغ سي إل، تشاو إكس، وآخرون. ملامح مثيلة الحمض النووي على مستوى الجينوم وعلاقاتها مع mRNA ونسخة microRNA في الأنسجة العضلية البقرية (Bos taurine). ممثل العلوم. 201؛4:6546.

67. Tan X، Liu R، Zhang Y، Wang X، Wang J، Wang H، Zhao G، Zheng M، Wen J. تحليل متكامل للميثيلوم والنسخ من الدجاج المصاب بمتلازمة نزف الكبد الدهني. علم الجينوم BMC. 2021;22(1):8.

68. فو واي، لي جي، تانغ كيو، زو سي، شين إل، جين إل، لي سي، فانغ سي، ليو آر، لي إم، وآخرون. التحليل المتكامل للميثيلوم والنسخة والميرننوم لثلاث سلالات من الخنازير. علم الجينوم. 2018;10(5):597–612.

69. Lawrence M، Daujat S، Schneider R. التفكير الجانبي: كيف تنظم تعديلات هيستون التعبير الجيني. اتجاهات جينيت. 2016;32(1):42–56.

70. Zhao BS، Roundtree IA، He C. تنظيم الجينات بعد النسخ عن طريق تعديلات mRNA. نات ريف مول خلية بيول. 2017;18(1):31–42.

71. تشاكرافارتي ب، أبراهام جي إن. الشيخوخة والمناعة بوساطة الخلايا التائية. تطوير الشيخوخة الميكانيكية. 199؛108(3):183-206.

72. Camougrand N، Rigoulet M. الشيخوخة والإجهاد التأكسدي: دراسات على بعض الجينات المشاركة في الشيخوخة والاستجابة للإجهاد التأكسدي. ريسبير فيسيول. 2001;128(3):393–401.

73. Ribezzo F، Shiloh Y، Schumacher B. استجابات تلف الحمض النووي الجهازي في الشيخوخة والأمراض. سيمين سرطان بيول. 2016;37–38:26–35.

74. Orr WC، Radyuk SN، Prabhudesai L، Toroser D، Benes JJ، Luchak JM، Mockett RJ، Rebrin I، Hubbard JG، Sohal RS. يؤدي الإفراط في التعبير عن ليجاز الغلوتامات-السيستين إلى إطالة عمر ذبابة الفاكهة السوداء. ي بيول كيم. 2005;280(45):37331–8.

75. بارك دي إس، كوهين إيه دبليو، فرانك بي جي، رازاني بي، لي إتش، ويليامز تي إم، تشاندرا إم، شيراني جيه، دي سوزا إيه بي، تانغ بي، وآخرون. تظهر الفئران Caveolin-1 الفارغة (-/-) انخفاضًا كبيرًا في متوسط ​​العمر. الكيمياء الحيوية. 200;42(51):15124–31.

76. بارك جي دبليو، جي يي، تشوي واي إتش، كانغ ماي، جونغ إي، تشو سي، تشو هاي، كانغ بي كيه، جونغ يس، كيم دي إتش، وآخرون. ترتبط تعدد الأشكال الجينية المرشحة لمرض السكري وأمراض القلب والأوعية الدموية والسرطان بطول العمر لدى الكوريين. إكسب مول ميد. 200;41(11):772–81.

77. Jakobs PM، Hess JF، FitzGerald PG، Kramer P، Weleber RG، Litt M. إعتام عدسة العين الخلقي السائد المرتبط بطفرة الحذف في جين بروتين الخيوط البشرية المزخرف BFSP2. أنا J هوم جينيت. 2000;66(4):1432–6.

78. كونلي YP، إرتورك D، Keverline A، Mah TS، Keravala A، Barnes LR، Bruchis A، Hess JF، FitzGerald PG، Weeks DE، وآخرون. يرتبط موضع الساد التقدمي في مرحلة الأحداث على الكروموسوم 3q21-q22 بطفرة مغلوطة في البروتين الهيكلي المزخرف بالخرز -2. أنا J هوم جينيت. 2000;66(4):1426–31.

79. Kumar P، Kasiviswanathan D، Sundaresan L، Kathirvel P، Veeriah V، Dutta P، Sankaranarayanan K، Gupta R، Chatterjee S. حصاد القرائن من تحليل النسخ على نطاق الجينوم لاستكشاف الحالات الشاذة للثاليدومايد في تطور عين جنين الفرخ: النيتريك يقوم الأكسيد بتصحيح الحالات الشاذة للثاليدومايد عن طريق إرجاع النظام إلى نمط النسخ الطبيعي. الكيمياء الحيوية. 2016;121:253–67.

80. Chen S، Zhou Y، Chen Y، Gu J. fastp: معالج مسبق سريع للغاية FASTQ. المعلوماتية الحيوية. 2018;34(17):i884–90.

81. كيم د، باجي جي إم، بارك سي، بينيت سي، سالزبيرج إس إل. محاذاة الجينوم على أساس الرسم البياني والتنميط الجيني مع HISAT2 والنمط الجيني HISAT. نات للتكنولوجيا الحيوية. 2019;37(8):907–15.

82. Li H، Handsaker B، Wysoker A، Fennell T، Ruan J، Homer N، Marth G، Abecasis G، Durbin R، Genome Project Data Processing S. تنسيق محاذاة التسلسل/الخريطة وSAMtools. المعلوماتية الحيوية. 2009;25(16):2078–9.

83. Liao Y، Smyth GK، Shi W. featureCounts: برنامج فعال للأغراض العامة لتعيين قراءات التسلسل للميزات الجينومية. المعلوماتية الحيوية. 2014;30(7):923–30.

84. Love MI، Huber W، Anders S. تقدير معتدل لتغير الطية والتشتت لبيانات RNA-seq باستخدام DESeq2. الجينوم بيول. 2014;15(12):550.

85. سوبرامانيان أ، تامايو بي، موثا في كيه، موخيرجي إس، إيبرت بي إل، جيليت إم إيه، بولوفيتش إيه، بوميروي إس إل، جولوب تي آر، لاندر إس، وآخرون. تحليل إثراء مجموعة الجينات: نهج قائم على المعرفة لتفسير ملفات تعريف التعبير على مستوى الجينوم. Proc Natl Acad Sci US A. 200;102(43):15545–50.

86. كروجر F, أندروز ريال. بسمارك: مصفف مرن ومتصل بالميثيل لتطبيقات Bisulfte-Seq. المعلوماتية الحيوية. 2011;27(11):1571–2.

87. جونز بنسلفانيا. وظائف مثيلة الحمض النووي: الجزر، ومواقع البداية، والأجسام الجينية، وما بعدها. نات القس جينيت. 2012;13(7):484–92.

88. أكالين أ، كورماكسون إم، لي إس، جاريت باكلمان إف إي، فيغيروا إم إي، ميلنيك إيه، ماسون سي. methylKit: حزمة R شاملة لتحليل عمليات مثيلة الحمض النووي على مستوى الجينوم. الجينوم بيول. 2012;13(10):R87.

89. تشو واي، تشو بي، باتشي إل، تشانغ إم، خوداباخشي أه، تانسيشوك أو، بينر سي، تشاندا إس كيه. يوفر Metascape موردًا موجهًا نحو علماء الأحياء لتحليل مجموعات البيانات على مستوى الأنظمة. نات كومون. 2019;10(1):1523.