آلية استخدام Herba Cistanches-Epimedium Herb-Fortune’s Drynaria Rhizome في علاج هشاشة العظام على أساس علم الصيدلة الشبكي والالتحام الجزيئي

خلاصة:

الهدف لدراسة آلية هربا جإستنشس - عشبة الابيميديوم - جذمور دريناريا فورتشن على هشاشة العظامبواسطة شبكة الصيدلة.

طرق تم استخدام قاعدة بيانات علم الأدوية لأنظمة الطب الصيني التقليدي ومنصة التحليل (TCMSP) للعثور على المكونات الرئيسية والأهدافهربا سيستانشس-ابيميديومجذمور الجفاف في هيرب فورتشنوتم استخدام قاعدة بيانات Geen Cards للعثور على الجينات المستهدفة لهشاشة العظام. تم استخدام Venny2.1.0 لإجراء تقاطع الجينات، وتم استخدام قاعدة بيانات السلسلة لتفاعل البروتينتحليل الشبكة، تم استخدام Cytoscape لإنشاء مخطط شبكة هدف مكون النشاط، وتم استخدام قاعدة بيانات David لتحليل تخصيب GO، وتحليل مسار KEGG، وتم إجراء الالتحام الجزيئي.

النتائج كان هناك 46 مكونًا فعالًا في الأعشابci-stanches-epimediumهيرب فورتشن جذمور Drynaria و225 هدفًا مشتركًا معهشاشة العظام. سوشيلاكتون, كيرسيتين، وكانت اللوتولين، والكايمبفيرول، والإيريوديكتيول، والإيريوديكتول، والنارينجين هي المكونات الأساسية، وكانت AKT1، وERS2، وMMP-9، وAR، وmTOR هي الأهداف الأساسية. أظهر تخصيب GO 489 عملية بيولوجية (BP)، و53 مكونًا خلويًا (CC)، و100 وظيفة جزيئية (MF). أظهرت نتائج KEGG أنه تم الحصول على 149 مسارًا للسرطان، ومسارات إشارات PI3K-Akt، ومسارات إشارات الاستروجين، وما إلى ذلك. أظهرت نتائج الالتحام الجزيئي أن MMP -9 يمكن أن يرتبط بشكل جيد بالسوتشيلاكتون والكيرسيتين واللوتولين والكامبفيرول.

 HERBA CISTANCHE-EPIMEDIUM مواد خام للبيع

خاتمةأعشاب cistanches - عشبة الابيميديوم - فورتشنجذمور Drynaria له تأثير متعدد الأهداف علىهشاشة العظام. يمكن للمكونات الفعالة للدواء أن تنظمالأهداف المتعلقة بهشاشة العظاممن مسارات متعددة لعلاج هشاشة العظام.

الكلمات الرئيسية: هربا سيستانش; عشبة الابيميديوم; جذمور دريناريا فورتشن؛ صيدلة الشبكة؛ الالتحام الجزيئي؛ آلية العمل

هشاشة العظام (OP)هو أمرض العظام الأيضيتتميز بفقدان العظام النظامية وعدم التوازنبانيات العظموناقضات العظم.

المظاهر السريرية هيانخفاض كثافة العظام,زيادة هشاشة العظام، والكسور السهلة. يزداد حدوث OP بشكل ملحوظ مع تقدم العمر. أظهرت الدراسات أن معدل الإصابة بـ OP لدى الأشخاص الذين تقل أعمارهم عن 50 عامًا يتراوح من 15٪ إلى 50٪، بينما يزيد معدل الإصابة عند الأشخاص الذين تزيد أعمارهم عن 60 عامًا إلى أكثر من 56٪. أثرت الأعراض السريرية المختلفة الناجمة عن OP بشكل خطير على الحياة الصحية لكبار السن.

الطب الحديث لا يزال لديه بعض القيود فيعلاج OP، والمخدرات الاصطناعيةلديها أيضا معينةالسمية الكلوية. يلعب الطب الصيني التقليدي دورًا متزايد الأهمية في علاج أمراض مثل OP، بما في ذلك الإبيميديوم، والسيستانش، والأدوية العشبية الصينية الأخرى. من بينها، Rehmannia glutinosa له نشاط ناهض محدد لمستقبلات القنب من النوع 2 (CB2R) ويمكن تنظيمه من خلال CB2R. وظائف الخلايا العظمية والعظمية [1]. Epimedium وCistanche deserticola لهما تأثير توحيد الكلى وتجديد الجوهر وغالبًا ما يستخدمان مع أدوية عشبية أخرى لعلاج OP. تستخدم هذه الدراسةصيدلة الشبكةطرق استكشاف الأهداف المحتملةCistanche deserticola-Epimedium-Drynariaeلعلاج OP، ويوضح مساراته، ومساراته، وجزيئاته، وما إلى ذلك، التي تعمل على OP، بهدف مواصلة تطوير الأدوية العلاجية OP في العيادة. تقديم أفكار جديدة.

1 المواد والأساليب

1.1 مصادر البيانات

تتضمن قواعد بيانات شبكة الصيدلة والبرامج المشاركة في هذه الدراسة قاعدة بيانات TCMSP (https://old.tcmsp-e.com/)، وقاعدة بيانات Pubchem (https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov)، وقاعدة بيانات التنبؤ بالأهداف السويسرية. (http://swissstarget-prediction.ch/)، وVenny2 (https://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/index.html)، وMetascape (https://metascape.org)، وCytoscape v3 .9.0 برنامج (https://cytoscape.org/).

 HERBA CISTANCHE-EPIMEDIUM مواد خام للبيع

1.2 الطرق

1.2.1 فحص المكونات النشطة وأهداف الأدوية

تم استخدام قاعدة بيانات TCMSP الخاصة بقاعدة بيانات الصيدلة ومنصة التحليل لنظام الطب الصيني للبحث عن مكونات الدواء باستخدام الكلمات الرئيسية Drynaria وEpimedium وCistanche deserticola. تم فحص المكونات الرئيسية للأدوية بشروط التوافر الحيوي عن طريق الفم (OB) أكبر من أو يساوي 30% وقيمة خاصية الدواء المشابه للمركب (DL) أكبر من أو تساوي 0.18. تم العثور على الأهداف المقابلة لكل مكون بناءً على قاعدة بيانات PubChem وقاعدة بيانات التنبؤ بالأهداف السويسرية. تم استرجاع أهداف المرض بناءً على قاعدة بيانات Geen Cards مع هشاشة العظام ككلمة موضوعية.

1.2.2 بناء شبكة PPI وفحص الأهداف الأساسية

تم الحصول على جينات التقاطع لأهداف المرض وأهداف الأدوية باستخدام Venny2.1.0، وتم إنشاء مخطط شبكة PPI باستخدام برنامج String. تم استيراد مخطط شبكة PPI إلى Cytoscapev3.9.0 لفحص الأهداف الأساسية وإنشاء شبكة مكونة دوائية مستهدفة للأمراض. 1.2.3 تخصيب GO وتحليل مسار KEGG لاستكشاف دور Cistanche deserticola وEpimedium وDrynariae في علاج OP، تم إدخال الأهداف الأساسية في قاعدة بيانات David، واقتصرت الأنواع على "Homo sapiens" للجين GO التخصيب وتحليل مسار KEGG. تم فحص العناصر الأكثر إثراء مثل تكوين الخلية (CC)، والعملية البيولوجية (BP)، والوظيفة الجزيئية (MF)، وKEGG واستيرادها إلى معلومات علم الأحياء الدقيقة للتحليل البصري.

1.2.4 الالتحام الجزيئي تم تنزيل التركيب الكيميائي للهدف الأساسي بناءً على قاعدة بيانات PDB وحفظه بتنسيق PDB. تم تنزيل البنية ثلاثية الأبعاد للمكون الأساسي باستخدام قاعدة بيانات PubChem. تم استخدام برنامج Pymol لإزالة الماء والروابط الجزيئية الصغيرة. تم استخدام برنامج Autodock للالتحام الجزيئي وتم حساب طاقة الربط.

2 النتائج

2.1 المكونات الفعالة للدواء – الأهداف وأهداف المرض

تم الحصول على إجمالي 46 مكونًا نشطًا من خلال قاعدة بيانات TCMSP، بما في ذلك 22 مكونًا رئيسيًا من Epimedium، و18 مكونًا نشطًا من Drynaria Fortunei، و6 مكونات نشطة من Cistanche deserticola، كما هو موضح في الجدول 1.

2.2 تقاطع أهداف الدواء وأهداف المرض تقاطع الجينات التي تم الحصول عليها باستخدام برنامج فيني

يوجد إجمالي 225 جينًا، كما هو موضح في الشكل 1. من بينها، هناك 274 هدفًا دوائيًا و3093 هدفًا مرضيًا.

2.3 بناء شبكة PPI وتحليلها

تم إنشاء شبكة البروتين من خلال قاعدة بيانات السلسلة، وتم الحصول على الشبكة المستهدفة الأساسية عن طريق فحص الهدف الأساسي.

كما هو مبين في الشكل 2، تم الحصول على 51 عقدة و704 تفاعلات. أعلى 5 أهداف مرتبة حسب قيمة الدرجة هي MAPK3 وAKT1 وTNF وEGFR وSRC.

2.4 بناء شبكة الأمراض المكونة للمكونات الدوائية

تم استيراد هدف المرض المستهدف المكون للدواء إلى برنامج Cytoscape، وتم تحليل البيانات لإنشاء رسم تخطيطي للشبكة (انظر الشكل 3). من بينها، كان عدد العقد من المكونات الرئيسية مثل MOL005384 (سوشيلاكتون)، MOL000098 (كيرسيتين)، MOL000006 (لوتولين)، MOL000422 (كايمبفيرول)، MOL005190 (إريوديكتيول)، MOL002914 (إريوديكتيول)، و MOL004328 (نارينجينين) كان ملحوظًا بشكل كبير. أعلى من تلك المكونات الأخرى. الأهداف الرئيسية هي AKT1 وERS2 وMMP-9 وAR وmTOR وما إلى ذلك.

2.5 تحليل تخصيب GO وتحليل مسار KEGG

تم إجراء تحليل التخصيب GO على 51 هدفًا أساسيًا، وحصلت نتائج التحليل على 489 BP، و53 CC، و100 MFs. تم استخدام أول 15 عنصرًا من كل مقارنة لإنشاء خريطة تخصيب GO، والتي تضمنت العملية البيولوجية للتنظيم الإيجابي لنسخ مروج بوليميريز RNA II، والتنظيم السلبي لموت الخلايا المبرمج، ومكونات الخلايا المعقدة الجزيئية، ومكونات خلايا الميتوكوندريا، والوظائف الجزيئية المرتبطة ببروتين كيناز، وRNA بوليميريز II المروج الأساسي للوظائف الجزيئية المرتبطة بتسلسل الحمض النووي في المنطقة القريبة، كما هو مبين في الشكل 4.

أظهرت نتائج KEGG أنه تم الحصول على 149 مسارًا للإشارة، بما في ذلك مسار السرطان، ومسار إشارات PI3K-Akt، ومسار إشارات الاستروجين، ومسار إشارات HIF-1، وما إلى ذلك. وتم استخدام أفضل 20 مسارًا لإجراء تحليل KEGG (انظر الشكل 5).