تحدد التحليلات التلوية مثيلة الحمض النووي المرتبطة بوظيفة الكلى والأضرار

edmund.chen@wecistanche.com

مزمنمرض كلويهو عبء كبير على الصحة العامة. نسبة الألبومين البولية المرتفعة إلى الكرياتينين هي مقياستلف الكلى,وتستخدم لتشخيص ومرحلة المزمنةمرض كلوي. لتوسيع المعرفة حول الآليات التنظيمية ذات الصلةوظائف الكلىوالأمراض ، أجرينا دراسة ارتباط إبيجينوم على مستوى الدم لتقدير معدل الترشيح الكبيبي (ن=33 ، 605) ونسبة الألبومين البولية إلى الكرياتينين (ن=15 ، 068) واكتشفنا 69 وسبعة مواقع CpG حيث ارتبط مثيلة الحمض النووي بالسمة المعنية. أظهرت غالبية هذه النتائج ارتباطات متسقة اتجاهياً مع النتائج السريرية ذات الصلة للمزمنمرض كلويوزيادة معتدلة في البول الزلالي. ارتباطات مثيلة الحمض النووي معوظائف الكلى، مثل CpGs في JAZF1 و PELI1 و CHD2 فيأنسجة الكلى. أشارت الميثيل في PHRF1 و LDB2 و CSRNP1 و IRF5 إلى وجود آثار سببية علىوظائف الكلى. كشفت تحليلات التخصيب عن مسارات مرتبطة بالإرقاء وهجرة خلايا الدم لمعدل الترشيح الكبيبي المقدر ، وتنشيط الخلايا المناعية والاستجابة لمركبات CpGs المرتبطة بنسبة الألبومين إلى الكرياتينين.

الكلمات الدالة:مرض كلوي؛ تلف الكلى وظائف الكلى أنسجة الكلى هيكل الكلى

مزمنمرض كلوي(كد) هو عبء كبير على الصحة العامة. يصيب أكثر من 10 في المائة من البالغين في جميع أنحاء العالم وأكثر من 40 في المائة من الأشخاص الذين تتراوح أعمارهم بين 70 عامًا وما فوق 1،2. يعد مرض الكلى المزمن سببًا رئيسيًا للوفاة في جميع أنحاء العالم 3 ، وهو مساهم رئيسي في أمراض القلب والأوعية الدموية والوفيات 2،4،5. يُعرَّف مرض الكلى المزمن بأنه الوجود المستمر لتشوهاتالكلىالهيكل أو الوظيفة. الوظائف الكلىالمقاييس الأكثر شيوعًا هي معدل الترشيح الكبيبي ، وعادة ما يتم تقديره من تركيزات الكرياتينين في الدم (eGFR) ، ونسبة الألبومين البولية إلى الكرياتينين (UACR) 6. UACR المرتفع هو مقياستلف الكلى، يستخدم لتشخيص ومرحلة CKD7 ، ويرتبط بمرض السكري وارتفاع ضغط الدممرض كلوي8. حتى UACR المرتفع بشكل معتدل هو عامل خطر لأمراض القلب والأوعية الدموية ، بغض النظر عن غيرهاوظائف الكلى markers such as eGFR9. Familial aggregation studies of CKD and eGFR revealed a substantial heritable component of up to 54%9–11. Only a small part of this heritability is attributed to classical monogenic diseases. Rather, CKD susceptibility is influenced by DNA sequence variants in many genes, environmental factors, and their interactions. Genome-wide association studies (GWAS) have successfully identified common variants at >400 موقع وراثي مرتبط بـوظائف الكلى10 ، 12 ، 13. تشرح متغيرات المؤشر في المواقع المعروفة المرتبطة بـ eGFR ما يقدر بنسبة 8.9 في المائة من تباين eGFR.تحليل تلوي حديث لـ GWAS لمناطق كروماتين مفتوحة متكاملة لـ eGFR مع مجموعات صغيرة من تعدد أشكال النوكليوتيدات المفردة (SNPs) 10. تدعم نتائج هذه الدراسة أهمية تنظيم النسخ المتغير كآلية تساهم في CKD. للتحقيق في مثيلة الحمض النووي ، فيما يتعلقوظائف الكلى، تم إجراء دراسات الارتباط على مستوى الإبيجينوم (EWAS) لـ eGFR و CKD. كمنظم رئيسي للنسخ الذي يمكن تقييمه بطريقة فعالة من حيث التكلفة وعالية الإنتاجية ، تمت دراسة مثيلة الحمض النووي في مواقع CpG (CpGs) بدقة قاعدة واحدة. لقد أجرينا سابقًا EWAS بما في ذلك 4859 بالغًا من دراستين سكانية وحددنا 18 موقعًا تم التحقق من صحتها وميثليتها تفاضليًا في الدم الكامل المرتبط بـ eGFR. على الرغم من أن هذه الدراسة كشفت عن رؤى حول آليات تنظيم الجيناتالكلىوظيفة ، فإن CpGs المرتبطة أوضحت 1.2 بالمائة فقط من تباين eGFR. ركزت الدراسات السابقة الأخرى على مرضى CKD و / أو مرضى السكري أو المرضى المصابين بعدوى فيروس نقص المناعة البشرية ، أو كانت محدودة بسبب صغر حجم العينة ، أو عدم التكرار ، أو الضبط المفقود للمربكات المحتملة ، أو مزيج منها 14-19. ركزت دراسات أخرى على أنماط مثيلة الحمض النووي لمرضى السكريمرض كلوي(DKD) مرضى 20-22.

سيحسن القسطرة من أمراض الكلى / الكلى

هنا ، أجرينا EWAS لـوظائف الكلىالسمات لتحديد CpGs الإضافية المتعلقة بآليات تنظيم الجينات ذات الأهمية المحتملة لـ CKD. قمنا بتوسيع EWAS السابق لـ eGFR و CKD من خلال زيادة حجم العينة بشكل كبير إلى 33605 أفراد. علاوة على ذلك ، قمنا بتضمين UACR وزيادة معتدلة في البول الزلالي (بيلة الألبومين الزهيدة) كصفات إضافية. تم إجراء EWAS في دراسات سكانية في الغالب لضبط الجنس والعمر والسكري وارتفاع ضغط الدم ومؤشر كتلة الجسم (BMI) وحالة التدخين ونسب خلايا الدم البيضاء الأكثر وفرة. قمنا بتكرار نتائج EWAS الخاصة بنا في عينات منفصلة ، وربطنا مواقع CpG بمستويات التعبير الجيني في الأنسجة المختلفة ، وطبقنا النتائج على النتائج السريرية ، وقمنا بتقييم السببية بين مثيلة الحمض النووي ووظائف الكلى(الشكل التكميلي 1).

نتائج

دراسة خصائص العينة. في هذا التحقيق ، ساهمت 36 دراسة مع إجمالي 33605 مشاركًا في EWAS من eGFR و 15،068 في EWAS من UACR. يتم عرض خصائصها المجمعة في الجدول 1 ، ويتم توفير أوصاف الدراسة الفردية في البيانات التكميلية 1 و 2.

EWAS لـ eGFR و UACR.لقد حققنا في ارتباطالكلىالصفات مع مثيلة الحمض النووي في الدم تصل إلى 441،870 CpGs ، وتداخل CpGs التي تغطيها Illumina MethylationnEPIC BeadChip ومجموعة Illumina HumanMethylation450 BeadChip ، والتي تم استخدامها للقياس من قبل جميع الدراسات باستثناء واحدة (البيانات التكميلية 3). قامت جميع الدراسات بتنظيف بيانات المصفوفة وطبقت نصوصًا مطورة مركزيًا لإعداد ملفالكلىقيم السمات ، التي ارتبطت لاحقًا بميثيل الحمض النووي باستخدام نماذج الانحدار الخطي المعدلة بالمتغير المشترك مع قيم المثيلة كمتغير تابع يتبع بروتوكولات الدراسة المحددة مسبقًا (انظر الطرق). لاحظنا عدم وجود تضخم أو تضخم ضئيل في EWAS الخاص بالدراسة (eGFR يعني التضخم=1. 00 ، UACR يعني التضخم=1. 00 ، البيانات التكميلية 1 و 2). في EWAS متعدد المتغيرات المعدل عبر الإثنيات ، ارتبطت 69 CpGs بشكل كبير بـ eGFR وتم تكرارها (الشكل 1 أ ، البيانات التكميلية 4 ، انظر الطرق) ، بما في ذلك تلك التي تم الإبلاغ عنها سابقًا. أظهرت المواقع المنسوخة نمطًا واضحًا من مثيلة أقل (60 CpGs ، Pbinom=2. 2E − 10 ؛ الشكل 1A).

الشكل 1 نتائج EWAS لـ eGFR و UACR. مخططات شيكاغو لنتائج دراسة الارتباط على مستوى الإيبيجينوم (EWAS) لمعدل الترشيح الكبيبي المقدر (eGFR) (A) ونسبة الألبومين البولي إلى الكرياتينين (UACR) (B) باستخدام عينة الاكتشاف والتكرار معًا. يتم ترتيب المواقع حسب موقعها الكروموسومي على المحور السيني ، مع قيمة –log10 P الخاصة باختبار والد على المحور الصادي. يتم رسم CpGs المرتبطة إيجابًا بالسمة في الجزء العلوي ، والمواقع ذات الارتباط السلبي في الجزء السفلي. تمثل الخطوط الأفقية المنقطة مستوى الأهمية (قيمة P <1.1e −="" 7).="" تم="" تلوين="" مواقع="" النسخ="" المتماثلة="" الجديدة="" باللون="" البرتقالي="" ،="" والمواقع="" المكررة="" المعروفة="" ملونة="" باللون="" الفيروزي="" ،="" والمواقع="" التي="" ارتبطت="" بالإضافة="" إلى="" ذلك="" بالسمة="" الثنائية="" ذات="" الصلة="">مرض كلوي[كد] / بيلة الألبومين الزهيدة [MA]) معلمة بصليب.

في التحليل التلوي ، لوحظت أدنى قيم P لرابطات eGFR المعروفة بما في ذلك cg17944885 (ZNF788 ،=−1.75E − 04 ، قيمة P=8. 7E − 41) ، cg23597162 (JAZF1 و=−1.48E − 04 وقيمة P=3. 2E − 24) و cg06158227 (ZSCAN29 ،=−1.08E − 04 ، قيمة P=8 .7E − 20) 14 ، متبوعًا بجمع جديد في cg20777437 (CDCP2 ،=−8.28E − 05 ، قيمة P=1. 1E − 17). لقد أوضحت مجموعات CpGs المرتبطة بـ eGFR البالغ عددها 69 والتي تم تكرارها وحدها 15.7 في المائة من تباين eGFR في عينة دراسة منفصلة من 1888 مشاركًا (انظر الطرق). عند إضافة جميع المتغيرات المشتركة (الجنس ، والعمر ، والسكري ، وارتفاع ضغط الدم ، ومؤشر كتلة الجسم ، والتدخين ، ونسب خلايا الدم البيضاء) إلى نموذج الارتباط ، زادت النسبة الإجمالية للتباين الموضح في معدل الترشيح الكبيبي إلى 36.3 في المائة ، مع نسبة 2.4 في المائة تُعزى إلى 69 CpGs بشكل مستقل عن المتغيرات المشتركة الأخرى.

في التحليل العابر للعرق لـ UACR ، ارتبطت سبعة CpGs بشكل كبير وتكررت (الشكل 1 ب ، البيانات التكميلية 5 ، انظر الطرق). من النتائج ، cg181817 0 3 (SOCS3 ،=−2.58E − 03 ، قيمة P=2. 6E − 13) و cg02711608 (SLC1A5 ،=−1.63 E − 03 ، P-value=9. 9E − 13) كان لها أصغر قيم P مرتبطة بالتحليل التلوي. في ستة من سبعة CpGs ، ارتبط انخفاض المثيلة بارتفاع UACR. نظرًا لعدد المواقع المكررة ، كانت قوة الاختبار ذي الحدين محدودة (6 CpGs ، pbinom=0. 13 ؛ الشكل 1 ب). أوضحت CpGs المكررة 3.9 بالمائة والنموذج الكامل 14.6 بالمائة من التباين في مستويات UACR ، مع 0.07 بالمائة منسوبة إلى CpGs بشكل مستقل عن المتغيرات المشتركة الأخرى.

كان هناك تداخل منخفض بين EWAS المنسوخ ومواقع GWAS التي تم الإبلاغ عنها مسبقًا لكل من eGFR (تداخل=10 من أصل 69 ؛ البيانات التكميلية 4) و UACR (تداخل=1 من أصل 7 ؛ البيانات التكميلية 5). لم يكن هناك تداخل بين CpGs المكررة بين eGFR و UACR ، مما يشير إلى سمات مثيلة الحمض النووي الخاصة بالسمات في الدم. حتى من بين 967 و 270 ارتباطات موحية (قيمة P <1e −="" 05)="" للتحليل="" التلوي="" لعينة="" الاكتشاف="" والنسخ="" المتماثل="" لـ="" egfr="" و="" uacr="" ،="" على="" التوالي="" ،="" فقط="" 10="" مواقع="" متداخلة="" بين="" كلتا="" السمتين.="" يتم="" توفير="" النتائج="" التفصيلية="" من="" هذه="" التحليلات="" التلوية="" لجميع="" الارتباطات="" الموحية="" في="" البيانات="" التكميلية="" 6="" (egfr)="" و="" 7="">عدم تجانس النسب وقوة النتائج. لتقييم ما إذا كانت نتائج الارتباط على eGFR و UACR قد تكون مدفوعة بأصل معين ، أجرينا التحليل التلوي الطبقي EWAS من أصل أوروبي (EA) وعينات من أصل أفريقي أمريكي (AA) مع نتائج من دراسات متعددة تساهم في هذين الأمرين. الأعراق. مقارنة نتائج اقتران CpGs المنسوخة في عينات EA (Negar=23 ، 671 ؛ nUACR=9806) مع عينات AA (neGFR =

5019; nUACR = 1921) showed similar effect sizes (reGFR = 0.87, rUACR = 0.74). The effect directions of almost all replicated CpGs were concordant between the ancestries (Fig. 2, Supplementary Data 4 and 5). The only exception was the UACR association cg22304262 in SLC1A5 which, however, was not significant in AA (P-value = 0.39, Supplementary Fig. 2). This association, as well as the CpGs at JAZF1 and RPS10P7 for eGFR, showed significant heterogeneity (eGFR: P-value < 0.05/69, UACR: P-value < 0.05/7) between EA and AA association results (Fig. 2, Supplementary Data 4 and 5). The presence of common SNPs (minor allele frequency >{{0}. 05) في أو في غضون 50 نقطة أساس من 69 CpG مكررة لتقييم ما إذا كان وجود تعدد الأشكال يمكن أن يؤثر على ربط المسبار. تم وضع أربعة مجسات بالقرب من SNP مشترك (البيانات التكميلية 4 ؛ cg 10960375- rs113564504 ؛ cg 11544657- rs2083577 ؛ cg 01817897- rs142643977 ؛ cg 06930757- rs112223111) ، والتي ، مع ذلك ، لم تكن مرتبطة بأي سمة GWAS وفقًا لمورد PhenoScanner V2 (تم الوصول إليه في 02/12/2021 ، pGWAS <5e −="" 8="" ،="" بما="" في="" ذلك="" snps="" الوكيل="" مع="" eur="" r²=""> 0.8) 23. يشير هذا إلى أنه من غير المحتمل أن يتم الخلط بين نتائج EWAS بسبب سمة مشتركة معروفة تتعلق بهاوظائف الكلىعن طريق اختلاف تسلسل الحمض النووي القريب. تم العثور بشكل عام على SNPs الداخلي للمسبار والتي كانت أكثر من خمس قواعد من الطرف 3′ للمسبار ذات عواقب لا تذكر.

علاقته بـ CKD والبيلة الألبومينية الزهيدة.من بين 69 CpGs مرتبطة بـ eGFR ، تم ربط 53 أيضًا بـ CKD السائد في التحليل التلوي لـ 25،6 0 9 أفراد بما في ذلك 2376 حالة مع اتجاه تأثير ثابت (P-value <0. 0="" 5/69="" ؛="" البيانات="" التكميلية="" 4="" ،="" الشكل="" التكميلي="" 3="" أ).="" كان="" الارتباط="" بين="" تأثيرات="" egfr="" و="" ckd="" مرتفعًا="" (ص="−0.93" ؛="" الشكل="" 3="" أ).="" في="" مجموعة="" مستقلة="" مكونة="" من="" 551="" مريضًا="" من="" مرضى="" الكلى="" المزمن="" ،="" كانت="" 65="" cpgs="" متوافقة="" بشكل="" مباشر="" مع="" التحليل="" التلوي="" لـ="" egfr="" وخمسة="" مكررة="" (القيمة="" p=""><0.05 69="" ،="" r="0" .77="" ؛="" الشكل="" التكميلي="" 4="" ،="" البيانات="" التكميلية="" 4="" ،="" انظر="" الطرق).="" في="" نفس="" المجموعة="" ،="" ارتبطت="" egfr="" المرتبطة="" بـ="" cpgs="" cg18194850="" (قيمة="" p="1." 6e="" −="" 5)="" و="" cg07242931="" (قيمة="" p="2." 3e="" −="" 5)="" كانت="" مرتبطة="" أيضًا="">فشل كلويأو حادإصابة في الكلى(البيانات التكميلية 8 ، انظر الطرق). تم أيضًا ربط جميع CpGs السبعة المرتبطة بـ UACR بشكل كبير مع البيلة الألبومينية الدقيقة في عينة من 7279 فردًا بما في ذلك 1186 حالة مع نفس اتجاه التأثير كما في UACR (القيمة P <0. 05/7="" ،="" ص="" {{7}="" }="" .98="" ؛="" الشكل="" 3="" ب="" ،="" البيانات="" التكميلية="" 5="" ،="" الشكل="" التكميلي="" 3="">

الارتباط مع التعبير الجيني. للحصول على نظرة ثاقبة للآليات الوظيفية المحتملة لـ CpGs المرتبطة بـ eGFR و UACR ، قمنا باختبار الارتباط بين مستويات مثيلة الحمض النووي الخاصة بهم مع مستويات mRNA من الجينات المشفرة في رابطة الدول المستقلة في الدم الكامل وكذلك في حيدات الدم (انظر الطرق ، البيانات التكميلية 9 ). ارتبط cg17944885 المعروف المرتبط بـ eGFR على الكروموسوم 19 بالقرب من ZNF788 بالنسخة المشفرة بواسطة بروتين إصبع الزنك البعيد 240 كيلو بايت 439 (ZNF439 ، الجدول 2). بالإضافة إلى ذلك ، ارتبط مثيلة cg04864179 عند العامل التنظيمي للإنترفيرون 5 (IRF5) بكل من نسخ mRNA المشفرة بواسطة IRF5 والنقل القريب في 3 (TNPO3) (الشكل التكميلي 5A). من بين جمعيات UACR ، كشف اثنان من CpGs المكرر cg02711608 و cg22304262 في عائلة الناقل المذاب 1 عضو 5 (SLC1A5) عن ارتباطات مهمة مع مستويات SLC1A5 mRNA ، و cg23570810 في بروتين الغشاء الناجم عن الإنترفيرون 1 (IFITM1) مع نصوصه في رابطة الدول المستقلة (الجدول) 2). يتم توفير جميع نتائج تحليل التعبير الجيني في البيانات التكميلية 9.

التأثيرات في أنسجة الكلى.لتقييم ما إذا كانت تأثيرات المثيلة الملحوظة في الدم تترجم إلىأنسجة الكلى ،طبقنا نموذج الانحدار لاختبار ارتباطات CpGs المنسوخة من أجل (معدل الاكتشاف الخاطئ (FDR) <0. 05) والاتجاه المتسق مع eGFR والكلىتليف ، على التوالي ، في 506 تشريح مجهريأنسجة الكلىعينات. في هذه العينات ،الكلى- تم ربط مثيلة الحمض النووي المستند إلى الأنسجة لـ CpGs cg23597162 المرتبط بـ eGFR في JAZF1 و cg26099045 بالقرب من PELI1 و cg12644285 في CHD2 بشكل كبير مع eGFR بنفس اتجاه التأثير كما في الدم (الشكل التكميلي 6A ، الجدول 2 ، البيانات التكميلية 10) . علاوة على ذلك ، نفس CpG في PELI1 وستة إضافية

المواقع (cg20146909 في LRRC8D ، cg25767870 بالقرب من FAM46C ، cg16618493 في ZBTB7B ، cg10632966 بالقرب من RPEL1 ، cg01068906 في NOD2 ، و cg03297731 في GDPD3) مرتبطة بالتليف فيالكلىعينات الأنسجة مع اتجاهات تأثير متسقة (أي معكوس) (الشكل التكميلي 6 ب ، الجدول 2). من مواقع UACR المكررة ، مستويات مثيلة الحمض النووي فيالكلىارتبط نسيج cg00008629 في PTBP3 و cg24859433 بالقرب من IER3 بالتليف وأظهر نفس اتجاه التأثير (الشكل التكميلي 6 د ، الجدول 2). تمشيا مع نتائج EWAS ، لم يتم العثور على ارتباط كبير بين CpGs المرتبطة بـ UACR مع eGFR في المتبرعين بعينة الكلى (الشكل التكميلي 6C ، البيانات التكميلية 10).

الآثار السببية بين مثيلة الحمض النووي ووظائف الكلىسمات. لتقييم ما إذا كانوظائف الكلىتؤثر السمات سببيًا على مثيلة الحمض النووي أو العكس ، أجرينا تحليلًا عشوائيًا ثنائي الاتجاه لعينة مندلية (MR) من CpGs المرتبطة بشكل كبير. اقترح تحليل الاتجاه الأمامي MR أن CpGs cg 0 23 0 437 0 (PHRF1) ، cg 0 446 0 6 0 9 (LDB2) و cg00501876 (CSRNP1) و cg04864179 (IRF5) تؤثر سببيًا على مستويات eGFR (الجدول 3). تباينت تقديرات التوريث لهذه CpGs الأربعة بين مجموعات البيانات الثلاث من السكان من أصل أوروبي ، لكنها كانت أعلى باستمرار من متوسط ​​التوريث عبر جميع CpGs التي تم تقييمها في كل من الدراسات الثلاث: 0.34 (السببية eGFR CpGs) مقابل 0.16 (مجموعة HM450K) استنادًا إلى Hannon et al.25 و 0.55 مقابل 0.19 لـ Dongen et al.26 و 0.51 مقابل 0.19 لـ McRae et al. لم يتم تحديد أي ارتباطات سببية مهمة لأي CpGs المرتبطة بـ UACR. بالنسبة إلى MR العكسي ، كان التأثير المهم الوحيد هو تأثير eGFR على cg23597162 (JAZF1) عند استخدام طريقة التباين العكسي الأساسي. ومع ذلك ، لم يتم تحديد / ملاحظة أي آثار كبيرة في تحليلات حساسية MR العكسية المتعددة. لم تُظهر تحليلات عدم الخروج أي مؤشر على أن نتائج MR قد تكون مدفوعة بواسطة SNP واحد. علاوة على ذلك ، فإن استبعاد أشكال النيوكلوتايد (SNPs) التي ارتبطت بداء السكري من النوع 2 كونها عامل خطر رئيسي لـمرض كلويلم تسفر عن نتائج مختلفة. يتم عرض النتائج لجميع تحليلات MR الأولية والحساسية في البيانات التكميلية 11 و 12 والشكل التكميلي 7. تدعم تحليلات الحساسية النتائج الأولية لنتائج MR المهمة للأمام (FDR <0. 05="" ،="" انظر="" الطرق)="" باستخدام="" اتجاه="" تقديرات="" التأثير="" المتسقة="" ،="" مما="" يشير="" إلى="" العلاقات="" السببية="" المحتملة="" من="" مثيلة="" الحمض="" النووي="" إلى="" egfr="" ولكن="" ليس="">

تحليل ارتباط عامل النسخ وعلامة هيستون وإثراء المسار. أجرينا تحليلات موقع ارتباط عامل النسخ وعلامة هيستون وإثراء المسار بناءً على 967 CpGs التي أظهرت ارتباطًا موحياً بـ eGFR (Pvalue <1e −="" 05="" ؛="" البيانات="" التكميلية="" 6)="" و="" 270="" cpgs="" التي="" أظهرت="" ارتباطات="" موحية="" مع="" uacr="" (قيمة="" p="">< 1e="" −="" 5="" ؛="" البيانات="" التكميلية="" 7)="" في="" التحليل="" التلوي="" لتعظيم="" القوة="" الإحصائية="" لتحليلات="" الإثراء="" (انظر="" الطرق)="" 14="" أولاً="" ،="" قمنا="" بتقييم="" ما="" إذا="" كانت="" cpgs="" المرتبطة="" بـ="" egfr="" قد="" تم="" تعيينها="" بشكل="" تفضيلي="" لمواقع="" ربط="" 169="" عامل="" نسخ="" (tfs)="" بناءً="" على="" الكروماتين="" بيانات="" تسلسل="" الحمض="" النووي="" لهطول="" الأمطار="" (chip-seq)="" من="" مشروع="" encode="" الذي="" تم="" تجميعه="" من="" خلال="" مكالمات="" إجماع="" عبر="" 91="" نوعًا="" من="" الخلايا="" البشرية="" (161="" مسارًا="" tf)="" واستكملها="">الكلىالمسارات القائمة على الأنسجة (انظر الطرق). بعد تصحيح الاختبار المتعدد لـ 169 TFs ، أظهرت ثمانية TFs إثراءًا كبيرًا لـ CpGs المرتبطة بـ eGFR (FDR <{3}}. 05="" ؛="" الشكل="" 4="" أ="" ،="" البيانات="" التكميلية="" 13)="" ،="" بما="" في="" ذلك="" cebpb="" (القيمة="" p="1." 75e="" −="" 06="" ،="" مسار="" الأنسجة="" المتقاطعة)="" و="" ep300="" (قيمة="" p="7." 49e="" −="" 09="" ،="" مسار="" الأنسجة="" المتقاطعة).="" هذا="" يتوافق="" مع="" النتائج="" التي="" توصل="" إليها="" chu="" et="" al.="" 14="" في="" مجموعة="" فرعية="" أصغر="" من="" 4859="" مشاركًا="" من="" 33605="" مشاركًا="" تم="" تحليلهم="" هنا.="" تم="" إثراء="" cpgs="" المرتبطة="" بـ="" uacr="" في="" مواقع="" الربط="" لـ="" 56="" tfs="" (الشكل="" 4="" ب="" ،="" البيانات="" التكميلية="" 14)="" مع="" أقوى="" ارتباط="" لـ="" polr2a="" (قيمة="" p="6." 93e="" −="" 19)="" ،="" fos="" (قيمة="" p="" {{32)="" }}.="" 28e="" −="" 12)="" و="" ep300="" (قيمة="" p="1." 20e="" −="">

الكلى- تم إثراء CpGs المرتبطة بالوظيفة على نطاق واسع للعديد من علامات هيستون ، مع 82 من 195 مجموعة من أنواع خلايا علامة هيستون الهامة (FDR q <0. 05)="" لـ="" egfr="" (الشكل="" 4c="" ،="" البيانات="" التكميلية="" 15)="" و="" 79="" من="" 195="" لـ="" uacr="" (الشكل="" 4d="" ،="" البيانات="" التكميلية="" 16).="" تم="" إثراء="" تعديل="" هيستون="" h3k4me1="" ،="" وهو="" علامة="" مركزة="" في="" معززات="" نشطة="" ومعززة="" ،="" لجميع="" أنواع="" الخلايا="" لـ="" cpgs="" المرتبطة="" بـ="" uacr="" ،="" وتقريبًا="" جميع="" أنواع="" الخلايا="" لـ="" egfr="" المرتبطة="" بـ="" cpgs.="" في="" حين="" أظهرت="" cpgs="" المرتبطة="" بـ="" uacr="" إثراءً="" لعلامة="" المروج="" h3k4me3="" في="" 34="" نوعًا="" من="" الخلايا="" ،="" أربع="" خلايا="">

أظهرت أنواع الإثراء للمواقع المرتبطة بـ eGFR. على العكس من ذلك ، أظهرت العلامة المرتبطة بالجسم H3K36me3 إثراءًا أوسع بكثير لـ CpGs المرتبطة بـ eGFR (30 نوعًا من الخلايا) من CpGs المرتبطة بـ UACR (خمسة أنواع من الخلايا). على عكس H3K3me1 / 3 و H3K36me3 ، والتي تم ربطها جميعًا بالجينات النشطة (المعززات ، والمروجين النشط ، والنسخ النشط) ، لم يتم إثراء H3K9me3 و H3K27me3 ، اللذان يرتبطان عمومًا بالكروماتين التأسيسي والاختياري ، بشكل كبير لـ UACR- CpGs المرتبطة في أي نوع خلية تم اختباره (الشكل 4 د ، البيانات التكميلية 16). إثراء الجينات المتورط بهاوظائف الكلىتم تقييم CpGs المرتبطة في علم الوجود الجيني (GO) وموسوعة كيوتو للجينات والجينوم (KEGG) وقواعد بيانات Reactome (انظر الطرق) 32-35. لوحظ إثراء كبير لـ 27 مصطلحًا (25 GO ، واحد KEGG ، واحد Reactome ؛ البيانات التكميلية 17 ، الشكل 5A) لـ eGFR ، و 91 مصطلحًا (87 GO ، أربعة Reactome ؛ البيانات التكميلية 18 ، الشكل 5 ب) لـ UACR (الشكل 5 ب). . 5 ب). أظهرت المسارات المتعلقة بالهجرة الخاصة بنوع خلايا الدم البيضاء ، وترجمة الرنا المرسال ، والإرقاء والتخثر ، وكذلك استجابة الأنسولين إثراءًا كبيرًا لـ eGFRassociated CpGs (FDR <0. 05="" ؛="" الشكل="" 5="" أ).="" سيطر="" تنشيط="" الخلايا="" المناعية="" والاستجابة="" لها="" والمسارات="" المرتبطة="" بالإنترفيرون="" (الشكل="" 5="" ب)="" على="" المسارات="" التي="" تحتوي="" على="" أقل="" قيم="" p="" تخصيب="" للمواقع="" المرتبطة="" بـ="" uacr.="" تضمنت="" المسارات="" الإضافية="" التي="" تم="" إثرائها="" هجرة="" خلايا="" الدم="" البيضاء="" ،="" كما="" هو="" الحال="" بالنسبة="" لنتائج="" egfr="" (البيانات="" التكميلية="">

العلاقة بعلاقات EWAS المعروفة مع السمات الأخرى. بالنظر إلى الإثراء الملحوظ للمسارات المتعلقة بالاستجابة المناعية ، نتائج مثيلة الحمض النووي بما في ذلك CpGs بالقرب من جينات مسار الإنترفيرون ، وحقيقة أن حالة مثيلة الحمض النووي تم تقييمها في الغالب في الكريات البيض ، قمنا بتقييم ما إذا كانت نتائجنا قد تكون مدفوعة بآثار مربكة لـ الاستجابة المناعية أو حالة الالتهاب. وهكذا ، أجرينا بحثًا عن CpGs المنسوخة في EWAS كبير على مستويات بروتين سي التفاعلي عالي الحساسية (CRP). اثنين فقط من CpGs ، والتي ارتبطت أيضًا بمثيل الحمض النووي و eGFR فيأنسجة الكلى ،cg09610644 في BDH1 و cg12644285 عند CHD2 ، كانت من بين المواقع المرتبطة بـ CRP. وبالتالي ، فإن الخلط العام لنتائجنا من خلال الحالة الالتهابية كما هو مقدر بواسطة CRP يبدو غير محتمل.

قليلا من الوظائف الكلىترتبط CpGs المرتبطة التي تم تحديدها في هذه الدراسة بعدة سمات أخرى بناءً على EWAS المنشور. ارتبط واحد وعشرون موقعًا من مواقع eGFR بضغط الدم ، واستهلاك الكحول ، ومؤشر كتلة الجسم ، والجنس ، ومستقبل عامل نخر الورم القابل للذوبان 2 ، و / أو حالة التدخين ، وكانت خمسة مواقع UACR مرتبطة سابقًا باستهلاك الكحول ، وحالة التدخين ، ومؤشر كتلة الجسم ، والتحصيل التعليمي ، -جلوتاميل ترانسفيراز ، مستقبل عامل نخر الورم القابل للذوبان 2 ، داء السكري من النوع 2 ، و / أو العديد من نواتج المصل (الجدول 2 ، البيانات التكميلية 19). ارتبطت ثلاثة من CpGs (جميع مواقع UACR) بأكثر من سمتين ، وهما cg02711608 في SLC1A5 (مع -جلوتاميل ترانسفيراز ، -جلوتاميل ثريونين ، مؤشر كتلة الجسم ، استهلاك الكحول) ، cg18181703 في SOCS3 (مع داء السكري من النوع 2 ، حالة التدخين ، مؤشر كتلة الجسم ، ومستقبل عامل نخر الورم القابل للذوبان 2) ، و cg24859433 بالقرب من IER3 (مع حالة التدخين ، والتحصيل العلمي ، {4- فينيل فينول _ كبريتات). يمثل الشكل التكميلي 5 ب مثالاً على CpG ، cg26099045 ، الذي كان مرتبطًا بـ eGFR والتليف فيأنسجة الكلىفي تحليلنا ، بالإضافة إلى ارتباطه بالجنس والتدخين في EWAS السابق. أخيرًا ، ارتبط cg17944885 في ZNF788 أيضًا بـ eGFR في عينة من مرضى DKD.

مناقشة

في هذا EWAS منوظائف الكلى، قمنا بتحديد وتكرار مستويات مثيلة الحمض النووي في الدم لـ 69 CpGs المرتبطة بـ eGFR. من بين هذه المواقع ، لم يتم الإبلاغ سابقًا عن 60 موقعًا ، كما تم تحديد جميع CpGs السبعة بالاشتراك مع UACR. كانت غالبية CpGs المرتبطة بـ eGFR و UACR مرتبطة أيضًا بشكل كبير بنتائجها السريرية ، مثل CKD والبيلة الألبومينية الزهيدة ، وبالتالي قد يكون لديها إمكانية التقسيم الطبقي للأفراد المعرضين للخطر. كان التباين في eGFR المنسوب إلى هذه الـ 69 CpGs 2.4 في المائة - ضعف ما كان عليه في EWAS سابقًا ، ويمكن مقارنته بالتباين الذي أوضحه 29 SNPs التي اكتشفها GWAS والتي تضمنت حجم عينة أعلى بثلاثة أضعاف لاكتشاف الموقع. يشير هذا إلى أن مثيلة الحمض النووي التفاضلية في CpGs الفردية التي تم قياسها كمياً من الدم تفسر تباين eGFR أكثر من تباين SNPs الفردي المشترك في حجم عينة معين. بالنسبة لـ UACR ، يبدو أن أحجام العينات الأكبر مقارنةً بـ eGFR مطلوبة للكشف عن عدد مماثل من CpGs المرتبطة بالسمات. بالنظر إلى أن الألبومين والكرياتينين لحساب UACR يتم قياسهما في البول بدلاً من القياس الكمي للكرياتينين من مصل الدم لتقدير GFR ، فإن هذا الاختلاف ليس غير متوقع ، وهو يتماشى مع الملاحظات من GWAS لهذه السمات. علاوة على ذلك ، يبدو أن الاختلاف الجيني يؤثر علىوظائف الكلىالسمات عبر مسارات مختلفة عن التغييرات في مثيلة الحمض النووي. ويدعم ذلك التداخل المنخفض بين مواقع EWAS و GWAS المكررة لكل من eGFR و UACR.

تضمن هذا التحليل التلوي EWAS عينات من مجموعات سكانية وأعراق مختلفة. لاحظنا وجود ارتباط كبير بين تقديرات التأثير التي تم الحصول عليها من العينة الفرعية الكبيرة لأفراد EA مع التأثيرات المقدرة في أفراد AA (الشكل 2). على الرغم من إدراج البيانات من عدد كبير من الأفراد من أصل غير EA ، فإن النتائج الإجمالية لـ EWAS العابرة للعرق قد تكون مدفوعة ببيانات من أفراد من أصل EA ، والتي تمثل 70 بالمائة (eGFR) / 65 بالمائة (UACR) من دراستنا (البيانات التكميلية 3 و 4). لمعالجة هذا القيد ، هناك حاجة إلى التحليلات المستقبلية مع نسبة متزايدة من العينات غير EA لتقييم موثوق ومفصل بين عدم تجانس السلالة. تتضح إمكانية ترجمة الرؤى من EWAS للسمات الكمية في الدراسات التي تعتمد على السكان في الغالب إلى الأشخاص المصابين بالمرض من خلال حقيقة أن تقديرات التأثير عند 65 من أصل 69 من CpGs المرتبطة بـ eGFR قد لوحظت في نفس الاتجاه في مجموعة مكونة من 551 مريضًا بمرض الكلى المزمن ، تشير إلى آليات قابلة للتطبيق عبر نطاق واسع من مستويات eGFR (الشكل 3). علاوة على ذلك،

لم يكن cg07242931 في MAN1C1 و cg18194850 في SUCLG2 مرتبطًا فقط بـ eGFR ، ولكن الوقت المتوقع لـفشل كلويأو حادإصابة في الكلى(البيانات التكميلية 8). تم اقتراح دليل إضافي على تورط SUCLG2 ، الذي يشفر الوحدة الفرعية لمركب succinyl-CoA ، في أمراض الكلى من قبل GWAS على مرضى السكري.مرض كلويفي الهنود الأمريكيين (SNP=rs4453858، P-value=2 E − 6) 39. كان الاختلاف الجيني في هذا الجين مرتبطًا أيضًا بالمستويات البولية لسكسينيل كارنيتين (C4DC، SNP=rs115560420، P-value=7 E − 15) 40. C4DC هو منتج استقلابي من دورة حمض الكربوكسيل ، والذي يتم تحفيزه تحت تأثير إنزيم السكسينيل CoA ، ومستويات C4DC المرتفعة في الدم المرتبطة بانخفاض معدل eGFR41. ومع ذلك ، فإن البحث في نتائج مواقع السمات الكمية المثيلة (meQTL) لـ GoDMC (http://www.godmc.org.uk) 42 لم يكشف عن ارتباط كبير بين هذين النيوكلوتايد مع cg18194850 ، مما يشير إلى عدم وجود ارتباط مباشر بين هذه الأشكال المتعددة النيوكلوتايد. وموقع CpG.

نظرًا لأن مثيلة الحمض النووي هي منظم رئيسي للتعبير الجيني ، قمنا بتقييم الارتباط بين مواقع مثيلة الحمض النووي المرتبطة بالسمات ومستويات mRNA للجينات في رابطة الدول المستقلة. الجينات التي ترتبط مستويات الرنا المرسال بها ارتباطًا كبيرًاوظائف الكلىارتبطت مواقع مثيلة الحمض النووي المرتبطة بمسارات الإنترفيرون (لكل من eGFR و UACR). على الرغم من أن هذه النتائج تتفق مع نتائج إثراء المسار لـ UACR (الشكل 5 ب ، البيانات التكميلية 18) ، فإن عدد الارتباطات المهمة بين CpGs المرتبطة بـ UACR ومستويات النسخ منخفض جدًا. هذا ليس مفاجئًا بالنظر إلى حجم العينة الصغير نسبيًا لـ 1915 فردًا متاحًا لهذا التحليل والتغطية المحدودة لمورد النسخ. ومن المثير للاهتمام ، من بين النتائج المهمة لـ UACR ، ارتبط اثنان من CpGs في عائلة الناقل المذاب 1 عضو 5 (SLC1A5) بالتعبير الجيني التفاضلي وأيضًا بضغط الدم. يمكن أن تكون مثيلة الحمض النووي في SLC1A5 ، والتي تشفر ناقل حمض أميني محايد معتمد على الصوديوم ، عنصرًا إضافيًا يساهم في الارتباط المعروف بين UACR وضغط الدم.

لم يتم دائمًا ترميز النصوص الهامة المعبر عنها تفاضليًا بواسطة الجين الأقرب (cg17944885 بالقرب من ZNF788) ، أو تم ربط موقع CpG بجينات متعددة في رابطة الدول المستقلة (cg04864179 في IRF5). على وجه الخصوص ، فإن ارتباط مثيلة الحمض النووي عند cg04864179 مع مستويات نسخة IRF5 ملحوظ. بالنظر إلى نتيجة MR المهمة لهذا CpG مع eGFR ، فإن مثيلة الحمض النووي في IRF5 قد تؤثر سببيًا على eGFR بوساطة تعبيرها الجيني. مع الأخذ في الاعتبار تحويل السمات للارتباطات الجينية الأساسية (انظر الطرق) ، لاحظنا أن الزيادة في مثيلة الحمض النووي لعشرة انحرافات معيارية أدت إلى ارتفاع معدل eGFR بنسبة 3.2٪. على الرغم من أن هذا التأثير المقدر صغير جدًا ، إلا أن التأثير السببي لأنماط المثيلة في خلايا الدم على CKD كان مدعومًا أيضًا بالرنين المغناطيسي المستند إلى الملخص مع مجموعة بيانات meQTL مختلفة في دراسة حديثة ، حيث كان التأثير السببي متوافقًا بشكل مباشر مع نتائجنا. من خلال تطبيق كولوكلونشن متعدد السمات ، أظهروا أيضًا أن التأثيرات الجينية لهذا الموضع على eGFR تم توسطها عن طريق مثيلة IRF5 والتعبير الجيني في الدم. علاوة على ذلك ، تم عرض تحديد مكان التعبير الجيني IRF5 مع eGFR في كل من المقصورات الأنبوبية والكبيبية منالكلىالأنسجة 43. عند تفسير التأثير السببي الذي لوحظ في دراستنا ، يجب أن يوضع في الاعتبار أن تحليلات MR لـ CpG cg 0 4864179 أظهرت عدم تجانس كبير (p <0.05) بين="" الأدوات="" (البيانات="" التكميلية="" 11="" والشكل="" التكميلي="" 7.="">

يشفر IRF5 عضوًا من عائلة عامل تنظيم الإنترفيرون (IRF). تحتوي مجموعة أفراد عائلة IRF على عوامل نسخ ذات أدوار مختلفة ، مثل تعديل نشاط الجهاز المناعي ، والنمو والتمايز ، وكذلك التحكم في التعبير الجيني لاستجابة الإنترفيرون للعدوى الفيروسية. يمكن أن يؤثر IRF5 على استجابة الخلايا المناعية. تدعم دراسات متعددة أن التغييرات في مثيلة IRF5 قد تؤثروظائف الكلىعبر المسارات المناعية: ترتبط تعدد الأشكال في IRF5 بمرض الذئبة الحمراء عبر التغيرات في تعبير IRF5 في حيدات الدم. SLE هو أحد أمراض المناعة الذاتية يتميز بتنشيط مسار IFN الذي يمكن أن يؤثر علىالكلىمثل التهاب الكلية الذئبي 47. تثبيط فرط نشاط IRF5 في نموذج الفئران من مرض الذئبة الحمراء محمي من بداية التهاب الكلية الذئبي وشدته ، وتحسينوظائف الكلىوعلم الأمراض 48،49. على الرغم من أن EWAS الخاص بنا لم يركز على دراسة مرضى الذئبة الحمراء ، إلا أن التأثيرات الصغيرة لميثيل IRF5 على النتائج المتعلقة بالكلى ، بوساطة تعبيره جزئيًا على الأقل ومسارات IFN اللاحقة ، قد يتم اكتشافها كتأثيرات على معدل eGFR في عموم السكان.

سيحسن الكستانش من آلام الكلى / الكلى

العديد من CpGs المرتبطة بـ eGFR والتي تم قياس كمية مثيلة الحمض النووي من خلايا الدم لها كانت مرتبطة أيضًا بـ eGFR والكلىتليف عندما تم قياس كمية الحمض النووي من مثيلةالكلىالأنسجة ، على الرغم من أن حجم العينة كان أصغر بكثير مقارنة بمجموعة بيانات EWAS. يشير هذا إلى أنه على الأقل يمكن ترجمة بعض النتائج التي تم الحصول عليها من الدم إلى نسيج مستهدف إضافي خاص بالسمات. هنا الدم والكلىهما النسختان الرئيسيتان المستهدفتان من السمات المحددة ، منذوظيفةالتابعالكلىهو ترشيح الدم لإزالة الفضلات. تحليلات التخصيب لـوظائف الكلىأشارت CpGs المرتبطة بدور مركزي في تنظيم النسخ. وجدنا إثراءً واسع النطاق لـ H3K4me1 / 3 و H3K36me3. يرتبط H3K4me1 / 3 بمعززات معدة ونشطة بالإضافة إلى محفزات نشطة ويرتبط H3K36me3 ارتباطًا وثيقًا بالمناطق المنسوخة من الجينوم. يتم دعم دور تنظيم النسخ بشكل أكبر من خلال أقوى إشارة إثراء لعامل النسخ لـ CpGs المرتبطة بـ UACR ، وهي POLR2A ، أكبر وحدة فرعية من الإنزيم الرئيسي الذي يصنع الرنا المرسال في حقيقيات النوى.

تشمل القيود المحتملة المتعلقة بتحليلات MR أن الأدوات الصالحة لم تكن متاحة لجميع CpGs لـ MR إلى الأمام. بالنظر إلى أن جميع أدوات CpG تم اختيارها من مناطق رابطة الدول المستقلة ، أي من نفس المنطقة الجينية ، فمن المحتمل أن تكون جميع أدوات CpG إما صالحة أو غير صالحة ، مما يحد من عدد طرق MR المختلفة التي يمكن تطبيقها لاختبار متانة النتائج 51. كانت طاقة MR العكسية محدودة بسبب حجم العينة الصغير المتاح لتقدير جمعيات مثيلة SNP-DNA. لم تتمكن دراسات meQTL الأكبر مثل GoDMC من تخزين نتائج الارتباط لجميع SNPs (أي فوق ارتباط معين للقيمة P) نظرًا لأسباب فنية ، وبالتالي لم تكن قابلة للاستخدام لعكس MR المكون من عينتين. وبالتالي ، يجب تفسير النتائج غير الهامة بعناية. بالإضافة إلى ذلك ، من الصعب تفسير حجم التأثير السببي ، حيث يتم حساب الارتباطات الجينية الأساسية على مقياس الانحراف المعياري لمستويات مثيلة الحمض النووي. من القيود المحتملة الأخرى للدراسة أن eGFR و CKD و UACR هي أنماط ظاهرية مقدرة من معلمات أساسية مختلفة ولها تأثيرات متعددة العوامل. وبالتالي ، أجرينا العديد من التحليلات للتأكد من أن نتائج EWAS الخاصة بنا لم تكن مدفوعة بالعوامل المربكة المعروفة ، بما في ذلك مرض السكري من النوع 2 ، وهو عامل محتمل للعلاقة بين DNAm ووظائف الكلى. أولاً ، تم تعديل ارتباطات EWAS في كل مجموعة من أجل الإرباك لإزالة آثارها داخل مجموعة. ثانيًا ، تم إجراء EWAS في كل مجموعة على حدة ثم تم تحليلها تلويًا ، وهو ما يتوافق مع تعديل ، على سبيل المثال ، لانتشار مرض السكري عبر الأتراب. أخيرًا ، تحققنا من ارتباطات CpGs المنسوخة في دراسات EWAS المنشورة عن مرض السكري. من بين جميع جمعيات CpG المكررة ، أظهر CpG cg18181703 المرتبط بـ UACR في SOCS3 ارتباطًا بمرض السكري من النوع 2. ارتبط CpG أيضًا بحالة التدخين ، ومؤشر كتلة الجسم ، ومستويات الدم لمستقبل عامل نخر الورم القابل للذوبان 2. مع الأخذ في الاعتبار أنه تم تعديل EWAS أيضًا لحالة التدخين ومؤشر كتلة الجسم ، نفترض أن تأثيرات cg18181703 على UACR أقل استقلالية جزئيًا عن مرض السكري من النوع 2 ومؤشر كتلة الجسم وحالة التدخين. بينما قمنا بالتحكم في العديد من هذه العوامل المعروفة ، لا يمكن تعديل العوامل الأخرى مثل المتغيرات المشتركة غير المقاسة بشكل صريح في التحليلات وقد تؤثر على النتائج.

هناك حاجة إلى مزيد من دراسات EWAS مع أحجام العينات المتزايدة ومع مثيلة الحمض النووي الكمي من الأنسجة الإضافية بالإضافة إلى التحليلات الوظيفية لتوسيع معرفتنا بالآليات التنظيمية لـوظائف الكلى، وتحسين التنبؤ والعلاج في نهاية المطافالكلىمرض. ينطبق هذا على وجه التحديد على UACR ، بالنظر إلى انخفاض عدد ارتباطات CpG الهامة الملحوظة. باختصار ، أدى هذا التحليل التلوي واسع النطاق EWAS إلى زيادة كبيرة في عدد CpGs المرتبطة بشكل متكرر بـ eGFR و CKD وكشف عن سبع جمعيات لـ UACR وبيلة ​​الألبومين الدقيقة. أوضح مثيلة الحمض النووي في هذه المواقع نسبة كبيرة من تباين eGFR ، وأظهرت المثيلة التفاضلية في أربعة CpGs دليلًا على وجود علاقة سببية محتملة بـ eGFR. توصيف شامل لـ CpGs منسوخة بين مرضى CKD ، فيأنسجة الكلى ،للتعبير الجيني التفاضلي ، وللمسارات المخصبة والعلامات اللاجينية توفر رؤى حولوظائف الكلى- تنظيم النسخ.

طُرق

ملخص.أنشأنا تحليلًا تلويًا تعاونيًا يعتمد على نموذج بيانات التوزيع وإجراءات مراقبة الجودة. لتعظيم توحيد النمط الظاهري عبر الدراسات ، تم إنشاء خطة تحليل ونص سطر أوامر (https://github.com/ generic-Freiburg / Skagen-pheno / tree / ckdgen-ewas-pheno) وتم توفيرهما لجميع الدراسات المشاركة ( الدراسات السكانية في الغالب ؛ البيانات التكميلية 1 و 2). تم فحص ملفات التلخيص التي تم إنشاؤها تلقائيًا مركزيًا. بعد الموافقة على النمط الظاهري ، شغلت الدراسات EWAS وحمّلت النتائج ومعلومات مثيلة الحمض النووي المجمعة إلى خادم مركزي. تم إجراء مراقبة جودة EWAS باستخدام نصوص مخصصة لتقييم التضخم والضوابط الإيجابية وتوزيع تحقيقات CpG ومقارنة التوزيعات الإجمالية لأحجام التأثير والأخطاء المعيارية والقيم P. تمت الموافقة على جميع بروتوكولات الدراسة من قبل لجان الأخلاقيات المحلية المعنية. قدم جميع المشاركين في جميع الدراسات موافقة خطية مستنيرة.

سيحسن الكستانش الكلى / الكلى

تعريف النمط الظاهري.تمت معايرة قيم الكرياتينين التي تم الحصول عليها باستخدام مقايسة Jaffé قبل 2 0 09 بضربها في 0.9552. قدرت الدراسات GFR مع المزمنمرض كلويمعادلة التعاون الوبائي (CKD-EPI) 53. تم ترشيح eGFR عند 15 و 2 0 0 مل دقيقة − 1 لكل 1.73 م 2. تم تعريف CKD على أنه معدل eGFR أقل من 60 مل دقيقة لكل 1.73 م 2. قيم UACR المقاسة بالملغم / جم كانت محولة بشكل لوغاريتمي طبيعي قبل جميع التحليلات. تم تعريف البيلة الألبومينية الزهيدة على أنها 1 لـ UACR> 30 مجم / جم و 0 لقيم UACR <10 مجم="">

تحديد كمية مثيلة الحمض النووي ومراقبة الجودة.لتقدير مثيلة الحمض النووي ، تم استخراج الحمض النووي الجيني من الدم المحيطي. تم قياس مستويات مثيلة الحمض النووي باستخدام مجموعة Infinium Methylation EPIC BeadChip (EPIC) ، أو صفيف Illumina Infinium HumanMethylation450K BeadChip (HM450K) أو صفيف Illumina Infinium HumanMethylation27 BeadChip (HM27K). تم إجراء المعالجة المسبقة لبيانات مثيلة الحمض النووي وفقًا لبروتوكولات الدراسة الفردية بما في ذلك تصحيح الخلفية ، والتطبيع الكمي ، وتصفية المسبار ، وتصفية العينة ، ومطابقة SNP لمواقع مسبار التحكم في SNP ، والتصفية الخارجية وتصحيح نوع الفحص (البيانات التكميلية 3). تم تمثيل مستوى المثيلة في كل موقع وتحليله كـ -value. تم شرح تحقيقات CpG المتداخلة مع SNPs. تم حساب المتوسط ​​الحسابي والانحراف المعياري لكل دراسة لكل موقع من مواقع CpG وتمت مقارنة هذه الإحصائيات الموجزة بين الدراسات الخاصة بالاختلافات المنهجية عبر CpGs ومتابعتها مع محللي الدراسات الفردية

تقييم المتغير.تم قياس مثيلة الحمض النووي والمتغيرات المشتركة في نفس الزيارة / النقطة الزمنية. تم تعريف مرض السكري السائد على أنه جلوكوز بلازما الصيام أكبر من أو يساوي 126 مجم / ديسيلتر ، أو جلوكوز بلازما غير صائم أكبر من أو يساوي 200 مجم / ديسيلتر ، أو علاج لمرض السكري ، أو تقرير ذاتي عن تشخيص مرض السكري. تم تعريف ارتفاع ضغط الدم السائد على أنه ضغط الدم الانقباضي أكبر من أو يساوي 140 ملم زئبق ، وضغط الدم الانبساطي أكبر من أو يساوي 90 ملم زئبق ، أو علاج لارتفاع ضغط الدم. إذا لم يكن قياس ضغط الدم متاحًا ، فقد تم تحديد ارتفاع ضغط الدم من خلال الإبلاغ الذاتي. تم تحديد حالة التدخين الحالية باستخدام المعلومات المبلغ عنها ذاتيًا. تم حساب مؤشر كتلة الجسم (كجم / م 2) باستخدام قياسات الوزن والطول كما تم تقييمها في كل دراسة. تم تضمين العمر كقيمة مستمرة في نماذج الارتباط. تم تعديل التركيب السكاني في الدراسات غير العائلية من خلال المكونات الجينية الرئيسية (PC). تم تقدير نسب فصيلة خلايا الدم البيضاء بناءً على مثيلة الحمض النووي. تضمنت المتغيرات الفنية المشتركة الإضافية أجهزة كمبيوتر مسبار التحكم 55 ، ومركز الدراسة ، ودفعة المعالجة ، ومعرف سينريكس الصفيف ، وموضع الإرسال.

الأساليب الإحصائية والتحليل التلوي. لضمان قوة قابلة للمقارنة بين المواقع التي تم تحليلها ، تم تضمين CpGs الصبغية الجسدية المقاسة بواسطة كل من EPIC و HM450K ، في التحليلات. أجريت كل دراسة تحليلات الانحدار الخطي مفصولة بمجموعات السلالة. لتقييم قوة نتائج EWAS ، اقتصرت التحليلات على الدراسات والعينات الفرعية للأفراد من أصل أوروبي. تم تصميم قيم مثيلة الحمض النووي على أنها المتغيرات التابعة مع السمة إما أن تكون قيم eGFR أو UACR المستمرة أو CKD الثنائية أو متغيرات البيلة الألبومينية الدقيقة: مثيلة الحمض النووي ~ السمة بالإضافة إلى الجنس بالإضافة إلى العمر بالإضافة إلى أجهزة الكمبيوتر الجينية بالإضافة إلى نسب خلايا الدم البيضاء بالإضافة إلى المتغيرات المشتركة التقنية بالإضافة إلى السكري بالإضافة إلى ارتفاع ضغط الدم احتاج المشاركون في مؤشر كتلة الجسم بالإضافة إلى التدخين الحالي إلى معلومات كاملة عن جميع المتغيرات وإحصاءات ملخص الدراسة وتم تضمينهم فقط في حالة توفر ما لا يقل عن 50 مشاركًا في eGFR / UACR و 50 حالة / ضوابط لـ CKD / البيلة الألبومينية الدقيقة ، على التوالي. تم تعديل كل EWAS الخاص بالدراسة للتضخم قبل التحليل التلوي من خلال نهج BACON إذا كان تقدير التضخم أكبر أو يساوي واحدًا (الشكل التكميلي 8). تم تقسيم الدراسات إلى اكتشاف وتكرار حسب الترتيب الزمني للمساهمة في التحليل التلوي لاتحاد CKDGen (البيانات التكميلية 1 و 2). تم إجراء تحليل تلوي مرجح للتباين العكسي للتأثير الثابت كما تم تنفيذه في حزمة R "metafor" (الإصدار 2. 1-0) لدراسات الاكتشاف ودراسات النسخ المتماثل وتقديرات التأثير الناتج للاكتشاف والتكرار. تم استبعاد CpGs إذا كان أقل من نصف حجم العينة المعني متاحًا إما في الاكتشاف أو النسخ المتماثل أو إذا كان تقدير عدم التجانس I2 أكبر بنسبة 95 بالمائة. تم تعريف النسخ المتماثل الناجح لـ CpG المرتبط بأنه اتجاه ثابت لتقديرات التأثير بين الاكتشاف (قرص neGFR=22 ، 347 ، قرص nUACR=11 ، 458) والنسخ المتماثل (استبدال neGFR=11 ، 258 ، nUACR repl=3610) meta-analysis، وهو Bonferroni المعدل الدلالة للقيمة P للاكتشاف (pdisc)<1.1e−7 (#cpgs="" egfr="441,870," #cpgs="" uacr="441,854)," nominal="" significance="" of="" the="" replication="" p-value="" (prepl)=""><0.05, and="" a="" combined="" discovery="" and="" replication="" p-value="" (pcomb)=""><>

تحليلات التعبير الجينيآثاروظائف الكلىتم اختبار CpGs المرتبطة بالسمات للارتباطات مع التعبير الجيني في الدم باستخدام مجموعتي بيانات: (1) مستويات mRNA من الخلايا الوحيدة من 12 0 مشاركين في دراسة MESA ، و (2) مرنا للدم الكامل لـ 713 فردًا من دراسة KORA F4 57،58. كخطوة أولية ، تم إجراء بحث عن مستويات مثيلة CpG مع مستويات mRNA المتاحة في نتائج الارتباط من دراسة MESA. في هذا البحث ، كانت نتائج الاقتران بقيمة P <1e {{1="" 0}="" متاحة.="" تم="" وصف="" التحليل="" بالتفصيل="" في="" kennedy="" et="" al.="" 59.="" باختصار="" ،="" تم="" تقييم="" التعبير="" الجيني="" باستخدام="" illumina="" humanht="" -12="" v3.="" 0="" و="" v4.="" 0="" expression="" beadchips="" ،="" ومثيل="" الحمض="" النووي="" بواسطة="" مصفوفة="" illumina="" hm45="" 0="" k.="" تم="" تطبيع="" قيم="" التعبير="" باستخدام="" تحويل="" استقرار="" التباين.="" 13،933="" نسخة="" من="" مصفوفتي="" v3.0="" و="" v4.0="" ،="" والتي="" تم="" التعبير="" عنها="" بشكل="" كبير="" فوق="" مستويات="" الخلفية="" (الكشف="" عن="" قيمة="" p=""><0.01) في="" 5="" بالمائة="" على="" الأقل="" من="" الموضوعات.="" تم="" إجراء="" تحليلات="" الارتباط="" في="" mesa="" كنموذج="" مختلط="" خطي="" باستخدام="" قيم="" التعبير="" الجيني="" المحولة="" بالسجل="" كمتغير="" تابع="" ،="" وقيم="" بيتا="" مثيلة="" الحمض="" النووي="" كمتغير="" مستقل="" مع="" العمر="" والجنس="" والعرق="" ومركز="" الدراسة="" المضافة="" كمتغيرات="" مشتركة="" في="" النموذج.="" تم="" إجراء="" اختبار="" الارتباط="" الثاني="" في="" مجموعة="" بيانات="" kora="" f4.="" تم="" حساب="" ارتباط="" مستوى="" المثيلة="" في="" cpgs="" المنسوخة="" بمستويات="" التعبير="" الجيني="" للجينات="" في="" محيط="" ±="" 500="" كيلو="" بايت="" باستخدام="" مستويات="" mrna="" المحولة="" من="" السجل="" 2-="" التي="" تم="" الحصول="" عليها="" من="" مصفوفة="" التعبير="" الجيني="" illumina="" human="" ht="" -12="" v3.="" تم="" تراجع="" قيم="" التعبير="" الجيني="" على="" قيم="" بيتا="" مثيلة="" الحمض="" النووي="" المعدلة="" حسب="" الجنس="" والعمر.="" قبل="" التحليل="" ،="" تم="" تراجع="" العوامل="" الفنية="" ،="" وكذلك="" نسب="" نوع="" خلايا="" الدم="" ،="" من="" مستويات="" مثيلة="" الرنا="" المرسال="" والحمض="" النووي="" ،="" وأدرجت="" بقاياها="" في="" نموذج="" الارتباط="" النهائي.="" استندت="" التعليقات="" التوضيحية="" ومراقبة="" الجودة="" لتحقيقات="" التعبير="" الجيني="" إلى="" الجدول="" المقدم="" في="" schurmann="" et="" al.="" ارتباطات="" التعبير="" الجيني="" cpg="" في="" الدم="" التي="" كانت="" متوفرة="" في="" نتائج="" mesa="" ولها="" ارتباط="" بقيمة=""><0.05 in="" kora="" f4="" with="" consistent="" effect="" direction="" were="" considered="" as="" significant.="" all="" gene="" expression="" probes="" passed="" the="" annotation-based="" quality="" control="">

مثيلة الحمض النووي في أنسجة الكلى.التحليلات باستخدام مثيلة الحمض النووي فيأنسجة الكلىباستخدام eGFR والتليف باستخدام بيانات من 506 تشريح مجهريأنسجة الكلىعينات باستخدام Illumina EPIC BeadChip. تم جمع عينات أنسجة الكلى بشكل منفصل ، وهي مختلفة عن عينات الدم التي تم تحليلها في التحليل التلوي EWAS. تم جمع هذه العينات من الأجزاء غير المتأثرة من استئصال الكلية للورم وتم تحضيرها كما هو موضح سابقًا 61. باختصار ، تم استخدام برنامج SeSAMe لإجراء المعالجة المسبقة ومراقبة الجودة بما في ذلك الكشف على أساس الكثافة المنخفضة ، وتصحيح النزف في الطرح الخلفي ، وتصحيح انحياز الصبغة غير الخطية ، التحكم في تحويل بيسلفيت ، وحساب قيم بيتا ، وتقدير كسر الكريات البيض. تم استخراج قيم بيتا لـ CpGs المرتبطة بـ eGFR و UACR والمعلومات السريرية لتحليل الارتباط. تم تطبيق نموذج الانحدار لاختبار ارتباطات بيتا مثيلة الحمض النووي لـ CpGs النهائية كمتغيرات تابعة مع eGFR ومستويات التليف ، على التوالي ، كمتغيرات مستقلة معدلة حسب الجنس والعمر وأجهزة الكمبيوتر الجينية (1-5) وحالة السكري وحالة ارتفاع ضغط الدم ، مؤشر كتلة الجسم ، معرف صفيف ، موقف السنفرة ، والتحكم في تحويل بيسلفيت وكسر الكريات البيض المقدر.

التحقيقات المستهدفة لتحقيقات eGFR في مرضى CKD. الارتباط بـ 69 eGFR المرتبط والتحقق من صحة CpGs من عامة السكان مع eGFR في الألمانية المزمنةمرض كلوي (GCKD) study was evaluated after correcting for the number of evaluated sites, and statistical significance was defined as Pvalue < 7.2E−4 (0.05/69). The GCKD study is a prospective observational study of patients with CKD63. Briefly, 5217 adult patients under nephrological care provided written informed consent and were enrolled from 2010 to 2012. Inclusion criteria were eGFR between 30 and 60 ml min−1 per 1.73 m2 or an eGFR of >60 ml min−1 per 1.73 m2 with UACR > 300 mg g−1 (or a urinary protein–creatinine ratio of >500 مجم جم − 1). متابعة المرضى للنقاط النهائية السريرية لا تزال جارية. يتم تسجيل نقاط نهاية الدراسة باستمرار بطريقة موحدة بناءً على خطابات الخروج من المستشفى وشهادات الوفاة وتشمل الأحداث المتعلقة بالكلى بالإضافة إلى الوفاة. تم وصف تصميم الدراسة ومجموع الدراسة المعينين بمزيد من التفصيل في المنشورات السابقة. تمت الموافقة على دراسة GCKD من قبل لجان الأخلاقيات المحلية وتم تسجيلها في السجل الوطني للدراسات السريرية (DRKS 00003971). مجموعة فرعية من 559 مريضًا يعانون من مرض الكلى المزمن يعزى إلى الذئبة الحمامية الجهازية ، واعتلال الكلية الغشائي ، وتصلب الكبيبات القطاعي البؤري أو تعدد الكيسات الصبغي الجسدي السائدمرض كلويتم اختياره لتقدير كمية مثيلة الحمض النووي وقياسها باستخدام مجموعة Infinium Methylation EPIC BeadChip (EPIC). تم تقييم الارتباط مع eGFR بشكل مشابه للتحليل الرئيسي (انظر الأساليب الإحصائية والتحليل التلوي) ، بصرف النظر عن التعديل للتدخين الذي تم ترميزه 0 / 1/2 للمدخنين الحاليين / السابقين / مطلقًا. لتقييم ارتباط مثيلة الحمض النووي مع مرور الوقتفشل كلويمن دخول الدراسة ، تم تركيب نماذج انحدار كوكس لكل CpG ، وبشكل مشابه لنقطة نهاية مشتركة لـفشل كلويوحادةإصابة في الكلى.إلى جانب توقع مثيلة الحمض النووي ، تم تعديل النماذج حسب العمر والجنس ونوع CKD الفرعي. يوفر نموذج انحدار كوكس تقديرات لنسبة الخطر الخاصة بالسبب (HR) في ظل وجود الأحداث المتنافسة ، أي أي حالة وفاة أخرى باستثناء الموت المرتبط بالكلى. تم إجراء تحليلات مخاطر التوزيع الفرعي بالإضافة إلى ذلك من أجل تقييم الآثار غير المباشرة المحتملة عبر الحدث المتنافس. تم تقييم افتراض المخاطر النسبية بناءً على بقايا شوينفيلد المتدرجة. لم يكشف التقييم الرسومي لـ CpGs المرتبطين عن أي دليل على انتهاكات كبيرة (الشكل التكميلي 9).

مؤامرات الاتحاد الإقليمي والشرح. تم إنشاء المخططات الخاصة بالشكل التكميلي 5 باستخدام حزمتي 'Gviz' 65 و 'rtracklayer' 66 R. تم تضمين 40 موقعًا كحد أقصى في نطاق 50 ، 000 نقطة أساس قبل أو أسفل موقع CpG محل الاهتمام في المؤامرة. إذا احتوت الفترة الزمنية على أكثر من 40 موقعًا ، فسيتم تقليل المنطقة المخططة إلى مسافة أبعد موقع زائد 10 ، 000 نقطة أساس. يعتمد قسم جينات RefSeq على مسار UCSC NCBI RefSeq برموز جينية من حزمة 'org.Hs.eg.db' R ، ويستند قسم جزر CpG إلى مسار جزر UCSC CpG ، واستند قسم خريطة الطريق chromHMM إلى خرائط الطريق 15- نموذج chromHMM للجنينالكلىepigenome (معرف خارطة الطريق Epigenome: E086) 67 وقسم SNPs المشترك يعتمد على مسار UCSC Common SNPs (151). أخيرًا ، تستند مؤامرة ارتباط CpG في الجزء السفلي من الشكل إلى بيانات عينات مثيلة الحمض النووي الخاصة بدراسة KORA F4 باستخدام مجموعة Illumina HumanMethylation450 BeadChip ، حيث يتم تلوين المواقع المفقودة باللون الرمادي الفاتح.

يتم تفسير التباين عن طريق مثيلة الحمض النووي.تم تقدير النسبة المئوية للتباين الظاهري الموضح من خلال 69 CpGs مكررة المرتبطة بـ eGFR باستخدام بيانات من 1،888 مشاركًا من دراسة KORA FF4 ، وهي متابعة لمدة سبع سنوات لدراسة KORA F4. لم يكن KORA FF4 جزءًا من التحليل التلوي EWAS. ومع ذلك ، تداخل 988 فردًا مدرجًا في تحليل التباين الموضح مع مشاركي KORA F4 في EWAS. في مجموعة البيانات هذه ، تم تقدير التباين الذي أوضحه جميع CpGs بشكل مستقل عن المتغيرات المشتركة على أنه الفرق في R2 للنموذج الأساسي بما في ذلك CpGs والآخر بدونه. تم تعريف النموذج الأساسي على أنهالكلىالسمة ~ الجنس بالإضافة إلى العمر بالإضافة إلى نسب خلايا الدم البيضاء بالإضافة إلى مرض السكري وارتفاع ضغط الدم بالإضافة إلى مؤشر كتلة الجسم بالإضافة إلى التدخين الحاليالكلىسمة تمثل eGFR و UACR. بالنسبة إلى اثنين من CpGs المرتبطين بـ eGFR (cg06008406 ، cg20004659) ، لم تكن هناك بيانات متاحة في مجموعة بيانات KORA FF4.

تحليل العشوائية ثنائي الاتجاه مندل.في MR إلى الأمام ، باستخدام حزمة 'TwoSampleMR' R ، قمنا بالتحقيق في الآثار السببية المحتملة لميثيل الحمض النووي في CpGs المنسوخة على eGFR و UACR. يستخدم MR الأدوات الجينية لتقليل التحيز الناتج عن الخلط والسببية العكسية 7 0. كانت الأدوات الجينية لمثيلة الحمض النووي (meQTL) متاحة لـ 47 وخمسة CpGs لـ eGFR و UACR ، على التوالي ، كما تم تحديده مسبقًا بواسطة GoDMC في ما يصل إلى 27،75 0 فردًا. تم استخدام بيانات GWAS الملخصة للأصول الأوروبية على eGFR10 و UACR13 كبيانات النتائج ذات الصلة. تم تطبيق المرشحات لإدراج meQTL (pSNP <1e −="" 5="" مع="" مثيلة="" الحمض="" النووي="" في="" منطقة="" ±="" 500="" كيلو="" بايت="" رابطة="" الدول="" المستقلة="" ،="" اختلال="" التوازن="" r2=""><0.2 داخل="" منطقة="" 1="" ميجا="" بايت="" ،="" تصفية="" steiger="" ،="" maf=""> 0.05). لقد أجرينا MR مرجحًا بالتباين العكسي بالإضافة إلى تحليلات حساسية MR (الوضع البسيط ، والوضع الموزون ، والوسيط المرجح ، و MR Egger) ، أو التثليث عن طريق تقدير نسبة والد في حالة توفر أداة واحدة فقط لكل موقع CpG. تعتمد تقديرات التأثير التي تم الحصول عليها من MR على وحدات مجموعات البيانات الأساسية ، وفي هذه الحالة تتوافق مع تغيير لكل وحدة في انحراف معياري واحد لمستويات المثيلة على eGFR الطبيعي المحول بالسجل ، والانحراف المعياري لـ UACR الطبيعي المحول بالسجل ، على التوالى. في MR العكسي ، قمنا بفحص الآثار السببية المحتملة لـوظائف الكلىالسمات على مثيلة الحمض النووي ، باستخدام تعدد الأشكال الجيني على مستوى الجينوم من GWAS العابر للعرق على eGFR10 و UACR13 كأدوات وراثية لـ eGFR و UACR ، على التوالي. لزيادة القدرة على بيانات النتائج إلى أقصى حد ، أجرينا تحليلًا تلويًا لعلامة z لرابطات SNP-CpG من دراسات KORA F4 (n=1662) ​​و FHS (n {9}}). تم تقدير تقديرات التأثير المجمعة وأخطاءها المعيارية في meQTL المتضمنة في MR من حجم العينة وتواتر الأليل ودرجة z. تم تطبيق المرشحات لإدراج SNP (قيمة P <5e 8="">الكلىسمة ، قيمة P أحادية الجانب <0. 0="" 5="" مع="" نيتروجين="" اليوريا="" في="" الدم="" لأدوات="" egfr="" ،="" عدم="" تجانس="" السلالة="" p-="" القيمة="" أكبر="" من="" أو="" تساوي="" 0.="" 0="" 1="" ،="" steiger="" filter="" ،="" maf=""> 0. 05). أجرينا تباينًا عكسيًا مرجحًا بالرنين المغناطيسي بتأثيرات عشوائية مضاعفة (لأن عددًا كبيرًا بما فيه الكفاية من الأدوات من مواقع مختلفة كان متاحًا لكل سمة) تحليلات حساسية MR (الوضع البسيط ، الوضع المرجح ، المتوسط ​​المرجح ، MR Egger) 71-73. كتحليل إضافي للحساسية يعالج المتغيرات متعددة الاتجاهات ، استبعدنا ما مجموعه 35 أداة مرتبطة بمرض السكري من النوع 2 في GWAS75 حديثًا بما في ذلك 898130 فردًا: أحد عشر تعدد الأشكال التي لها ارتباط بقيمة P <5e −="" 8="" مع="" مرض="" السكري="" ،="" و="" 24="" إضافية="" الأدوات="" التي="" كانت="" في="" حالة="" اختلال="" توازن="" في="" الارتباط="" (r2=""> 0.2 ضمن لوحة مرجعية 1 ميجا بايت ، 1000 جم يورو) مع SNP المرتبط بمرض السكري. تم تقييم اختلال التوازن عبر LDlink. بالنسبة إلى MR العكسي ، توفر تقديرات التأثير التغيير لكل وحدة في eGFR الطبيعي المحول بالسجل ، والانحراف المعياري لـ UACR المحول بالسجل الطبيعي ، على التوالي ، على الانحراف المعياري لمستويات مثيلة الحمض النووي. تم تطبيق تعديل الاختبار المتعدد للقيمة P وفقًا لـ Benjamini-Hochberg FDR <0.05 لكل="" سمة="" كلية="" ،="" وللرنين="" المغناطيسي="" للأمام="" والخلف="" بشكل="" منفصل.="" تم="" الحصول="" على="" قيم="" عدم="" التجانس="" p="" من="" إحصائيات="">

تحليلات الإثراء.لإبلاغ التأثيرات الوظيفية المحتملة لـ CpGs المرتبطة ، قمنا بتقييم إثراء CpGs في مواقع DNase I أو تعديل هيستون (H3K4me1 ، H3K4me3 ، H3K9me3 ، H3K27me3) ، مجموعات الجينات على أساس شروط GO والمسارات في قواعد بيانات KEGG و Reactome –35. تم إجراء تحليلات تخصيب TFBS كما هو موضح سابقًا بالتفصيل. باختصار ، تم تقييم اختبار التخصيب باستخدام eForge78 باستخدام التقليب مع مطابقة الجينات وتوطين منطقة الجزيرة CpG عند أخذ العينات. تم الحصول على البيانات من مشاريع ENCODE (125 عينة) أو مشاريع Roadmap Epigenomics (299 عينة) التي تم إنشاؤها بواسطة طريقة Hotspot 67،79،8 0. تم استخدام CpGs التي ارتبطت بـ eGFR و UACR ، على التوالي ، عند قيمة P <1e -="" 0="" 5="" في="" التحليل="" التلوي="" كمدخلات="" (البيانات="" التكميلية="" 6="" و="" 7)="" ،="" و="" 10="" ،="" 000="" عمليات="" إعادة="" التشكيل="" ،="" عامل="" تصفية="" تقارب="" نشط="" واعتبر="" fdr=""><0.05 مهمًا="" (البيانات="" التكميلية="" 13="" و="" 14).="" تم="" إجراء="" تحليلات="" تخصيب="" علامة="" هيستون="" بشكل="" مشابه="" (البيانات="" التكميلية="" 15="" و="" 16).="" تم="" تقييم="" الإثراء="" في="" مجموعات="" الجينات="" أو="" المسارات="" باستخدام="" حزمة="" methylgsa="" و="" r="" الإصدار="" 3.6.181.="" كانت="" طريقة="" اختبار="" التخصيب="" هي="" methylglm="" بتنفيذ="" تعديل="" الانحدار="" اللوجستي="" لعدد="" المجسات="" لكل="" جين="" والخلفية="" الجسدية="" التي="" تتداخل="" مع="" مصفوفات="" 450k="" و="" epic.="" تم="" اختبار="" مجموعات="" الجينات="" أو="" المسارات="" مع="" 100-500="" جين="" (الإعداد="" الافتراضي).="" لقد="" اعتبرنا="" مجموعة="" الجينات="" أو="" المسار="" المخصب="" بشكل="" كبير="" عند="" تصحيح="" fdr=""><0.05 للاختبار="" المتعدد="" داخل="" كل="" قاعدة="" بيانات="" باستخدام="" طريقة="" benjamini="" و="" hochberg="" (البيانات="" التكميلية="" 17="" و="" 18)="">