الجزء 2: التواقيع الجينية المميزة للمناطق القشرية وتحت القشرية المرتبطة بذاكرة الإنسان
Mar 21, 2022
جهة الاتصال: Audrey Hu Whatsapp / hp: 0086 13880143964 البريد الإلكتروني:audrey.hu@wecistanche.com
مراجعة أدبيات التواقيع الجينية
لتحديد عدد "مرات" الجينات المرشحة لـذاكرةالتحليل ، أجرينا مراجعة الأدبيات لكل قائمة جينات CL وحساب عدد الجينات-ذاكرة(أي الإيجابيات الحقيقية) أو ارتباطات الوظيفة الحركية الجينية (أي الإيجابيات الكاذبة ، الشكل 1 و). تم ذلك من خلال مراجعة الأدبيات التجريبية على الباحث العلمي من Google ، عبر استعلام بحث: ["اسم الجين" AND ("الذاكرة" أو "فقدان الذاكرة" أو "الزهايمر" أو "الخرف")] و ["اسم الجين" AND ("المحرك وظيفة "أو" التنسيق الحركي "أو" الحركة الحركية "أو" الرنح "أو" التعلم الحركي "أو" باركنسون "أو" هنتنغتون ")] ، على التوالي. تم تكرار نفس الشيء بالنسبة للتحليل الحركي للإيجابيات الحقيقية والإيجابية الخاطئة. تم اختيار الاضطرابات للبحث عن الكلمات الرئيسية لأنها تتميز بشكل بارز بأوجه القصور في أداء الذاكرة والحركة. تضمنت الأدلة القوية الدراسات التي استخدمت في التلاعب بالجينات في الجسم الحي ، والطفرات والتدخلات الدوائية ، في حين تضمنت الأدلة الضعيفة جمعيات الجينات الحسابية ، والدراسات في المختبر ، ودراسات التعبير الجيني التفاضلي ودراسات الحالة البشرية. تُحسب الأدلة الأدبية كتحقق فقط إذا كانت تتعلق بمنطقة الدماغ المقابلة ، أي القشرية أو تحت القشرية. على هذا النحو ، لم يتم احتساب الدليل على دور جين معين فقط في منطقة الدماغ غير المحللة. على سبيل المثال ، إذا أظهرت ورقة بحثية أن إخراج الجين A في القشرة الفرعية فقط يؤدي إلى عجز في الذاكرة ، فلن يتم اعتباره دليلاً على تحليل الذاكرة القشرية.
اختلاف الارتباط في تحليلات الذاكرة والحركية
إذا كانت الطريقة صحيحة ، فيجب أن يكون لجينات الذاكرة قيمة ارتباط متوسطة أعلى منذاكرةالتحليل مقارنة بالتحليل الحركي ، والعكس صحيح للجينات الحركية وقيمة التحليل الحركي r. لكل جين ، تم حساب ذلك عن طريق طرح قيمة وظيفته الحركية r من قيمة الذاكرة r ، مع حساب فرق إيجابي نحو فعالية الطريقة (الشكل 1G). لاحظ أنه بالنسبة لقيم الذاكرة r من قوائم الجينات السالبة (على سبيل المثال ، الذاكرة القشرية -) ، نقوم بضرب فرق القيمة r بـ –1 للتعبير عن هذا الاختلاف كقيمة موجبة ، بما يتوافق مع قوائم الجينات الموجبة للذاكرة. ثم نأخذ متوسط جميع الجينات لكل مجموعة S تفي بـ FDR q 0. 0 5 (نفس حد تصور خريطة الإثراء) للحصول على سبع قيم من هذا القبيل. نظرًا لاختلاف عدد الجينات لكل مجموعة S ، قمنا بتمهيد عدد قيم فرق الارتباط المستخدمة لحساب متوسط قيمة فرق الارتباط لكل مجموعة. تم إجراء ذلك بشكل منفصل لتحليلات الذاكرة والمحركات عن طريق أخذ عينات فرعية بشكل متكرر من فروق الارتباط (10 ، 000 تكرارات) إلى الحد الأدنى لعدد الجينات في الذاكرة (ن 231) ومجموعات المحرك (ن 146) ، على التوالي. لقد تصورنا هذا على أنه مربع لكل مجموعة من المجموعات السبع ، مع متوسط التمهيد و 95 بالمائة (شعيرات) لتحليلات الذاكرة والمحركات. إذا كان خط الأساس لا يقع ضمن التوزيع المئوي 95 (أي أن الشعيرات لا تتداخل مع خط الأساس للصفر) ، فإن الدرجة تعتبر مختلفة بشكل كبير عن خط الأساس (ص 0.05).
تقييم فعالية الطريقة في تحديد الجينات المرشحة
قمنا بتحديد فعالية الطريقة على أساس مراجعة الأدبيات السابقة (الشكل 1G). للقيام بذلك ، قمنا بحساب احتمال فرصة الحصول على Nذاكرةالجينات لكل قائمة الجينات. يتم ذلك عن طريق اختيار Nذاكرةالجينات (بدون استبدال) من مجموعة الذاكرة المعروفة أوذاكرة- جينات الاضطراب ذات الصلة (ن 644) من بين جميع الجينات الـ 15،625 التي تم تحليلها. على سبيل المثال ، إذا كانت 10 من أصل 10 جينات في قائمة الجينات عبارة عن جينات ذاكرة ، فإن احتمال حدوث ذلك هو 1. 32 10 14. تم القيام بنفس الشيء وفقًا للوظيفة الحركية وجينات الوظيفة الحركية (ن 104). هؤلاءذاكرةتم تجميع الجينات من ثلاثة مصادر: (1) مراجعة الأدبيات أعلاه ؛ (2) يحدد جين الوظيفة البيولوجية "GO: 0007611 التعلم أو الذاكرة" من قاعدة البيانات AmiGO2 (Carbon et al. ، 2009 ؛ الإصدار 2.4.26 ، تاريخ الإصدار 2016-08) ؛ و (3) van Cauwenberghe et al. (2016). تم الحصول على الجينات المرتبطة بالحركة (الاضطراب الحركي أو الحركي) من (1) مراجعة الأدبيات أعلاه ، (2) مجموعات جين الوظيفة البيولوجية "GO: 0061743 التعلم الحركي" و "GO: 0061744 السلوك الحركي" من قاعدة بيانات AmiGO2 (كاربون وآخرون ، 2009) ، و (3) لين وفارير (2014).
درجة الدقة لتحليلات الذاكرة والحركة
سألنا ، من معطىذاكرةقائمة الجينات مع الجينات المسمىذاكرةالجينات ، كم عدد هذه المرتبطة بالفعلذاكرة. حددنا هذا من خلال حساب درجة الدقة (الشكل 1G). حددنا أولاً الإيجابيات الحقيقية (أي الجينات المرتبطة بالذاكرة من مراجعة الأدبيات) والإيجابيات الكاذبة (أي الجينات المرتبطة بالوظيفة الحركية). تم ترجيح الأدلة الأدبية بحيث تلقت الأدلة القوية والأدلة الضعيفة (المحددة أعلاه) نقطة كاملة ونصف نقطة على التوالي بالنسبة للإيجابيات الحقيقية. لكل قائمة جينات ، حددنا درجة دقة الطريقة بقسمة "الإيجابيات الحقيقية" على مجموع الإيجابيات الحقيقية والإيجابيات الزائفة (المعادلات 1 ، 2). إذا كانت الطريقة دقيقة ، لتحليل الذاكرة ، يجب أن تكون درجات دقة الذاكرة أعلى من 0. 5 ودرجة المحرك أقل من 0 .5 والعكس صحيح. لقد رسمنا نتائج دقة الذاكرة والحركة لكل قائمة جينات (تتراوح من 0 إلى 1) ، والفرق بين هذه الدرجات (تتراوح من -1 إلى 1). من الناحية المثالية ، يجب أن يكون الفرق أكبر من الصفر. في المعادلات التالية ، ذكريات عدد الجينات مع أدلة قوية على ارتباطها بالذاكرة ؛ عدد ذاكرة الجينات ذات الأدلة الضعيفة لارتباطها بالذاكرة ؛ عدد المحركات من الجينات مع وجود دليل قوي على ارتباطها بالوظيفة الحركية ؛ وعدد الجينات ذات الأدلة الضعيفة لارتباطها بالوظيفة الحركية.
بيان توافر البيانات
جميع البيانات الجينية والتصوير العصبي المستخدمة متاحة من AHBA (https://human.brain-map.org) و Neu-rosynth (https://www.neurosynth.org). النصوص الخاصة بالمعالجة المسبقة للنسخة متاحة على https: // github.com/BMHLab/AHBAprocessing. تتوفر نصوص الارتباط وبيانات الإدخال للاستخدام غير التجاري في البيانات الموسعة 1 وفي https: //github.com/PK-HQ/ geneCognitionDiscovery.
نتائج
خرائط AHBA و Neurosynth
لتحديد دماغ الإنسان البالغذاكرةالجينات ، احتجنا أولاً إلى إجراء تحليل الارتباط المكاني بين التصوير العصبي عالي الدقة ثلاثي الأبعاد وخرائط النسخ للدماغ البشري البالغ. على هذا النحو ، استخدمنا نسخة AHBA عالية الكثافة للدماغ البشري ، و Neurosynthذاكرةخريطة ارتباط ارتباط كل فوكسل بالذاكرة بشكل عام كمجموعات بيانات إدخال (Yarkoni et al. ، 2011).
تم اشتقاق AHBA من ستة أدمغة من متبرعين ويحتوي على تعبير جيني للدماغ البشري كامل الجينوم في المناطق القشرية وتحت القشرية اليسرى (N 6 ؛ الشكل 1A ؛ انظر مثال التصور في Extended Data Fig. 1-1 ؛ Hawrylycz et al. ، 2012). نيوروسينثذاكرةخريطة الارتباط هي خريطة دراسة وصفية (N 2744) والتي تمثل أهمية كل فوكسل في الدماغذاكرة(على عكس الوظائف المعرفية الأخرى) ، التي تحددها درجات z الإيجابية (الشكل 1 أ ؛ انظر التصور لخرائط الذاكرة والوظائف الحركية في Extended Data Fig. 1-2 ؛ Yarkoni et al. ، 2011). لاحظ أن استخدامذاكرةتشير هنا إلى الذاكرة بشكل عام ، حيث تم إنشاء الخريطة من دراسات التصوير العصبي المتعلقة بالذاكرة والتي تستخدم أنواعًا متعددة من مهام الذاكرة (Yarkoni et al. ، 2011). اشتركنا في تسجيل كلتا الخريطتين في مساحة MNI152 مشتركة. تم استخدام مناطق الذاكرة في خريطة ارتباط الذاكرة لتحديد عينات AHBA القابلة للاستخدام لتحليل الارتباط المكاني اللاحق.
تحليل التشابه المكاني
باستخدام مجموعات البيانات هذه ، سعينا لعزل الجينات ذات قيم الارتباط المكاني العالية بين تعبيرها الجيني وذاكرةخرائط المصطلحات لخطوات التحليل اللاحقة ، لأنها على الأرجح مرتبطة بالذاكرة (Fox et al. ، 2014). أجرينا تحليل التشابه المكاني بين AHBA وخرائط جمعية Neurosynth بشكل منفصل للمناطق القشرية وتحت القشرية بسبب الاختلافات الملحوظة بينهما (انظر المقدمة ؛ قائمة المناطق القشرية وتحت القشرية متوفرة في Extended DataFig. 1-3) ، وللحصول على الذاكرة والوظيفة الحركية (انظر مثالاً للارتباط المكاني في الشكل 2). أسفر كل تحليل عن قائمة L ، والتي تحتوي على قيم الارتباط المتوسطة لـ 15،625 جينًا المستخدمة للترتيب اللاحق (الشكل 1 ب).
قمنا بعد ذلك بتصنيف كل قائمة L. يشير الارتباط الإيجابي إلى تعبير جيني أعلى في المناطق ذات الصلةذاكرة، والارتباط السلبي يعني تعبيرًا أقل في المناطق ذات الصلة بالذاكرة. يتم عرض أعلى -10 الجينات المرتبطة إيجابًا وسلبًا لتحليلات الذاكرة القشرية وتحت القشرية في الجدول 1 (انظر قيمة الارتباط المكاني لجميع الجينات في جدول البيانات الموسعة 1-1). كانت هناك جينات مرتبطة سلبًا أكثر من الجينات المرتبطة إيجابًا لكل من تحليلات الذاكرة القشرية وتحت القشرية (جدول البيانات الموسعة 1-1). وجدنا 8383 موجبًا و 7243 جينًا مرتبطًا سلبيًا للمناطق القشرية ، و 7642 جينًا إيجابيًا و 7984 جينًا سلبيًا للمناطق تحت القشرية.
ملامح التعبير الجيني المميزة المرتبطة بالذاكرة القشرية وتحت القشرية
بعد تحليلات الارتباط المكاني ، نهدف إلى تحديد ملفات تعريف التعبير الجيني المتعلقة بالقشرية وتحت القشريةذاكرةبطريقة شاملة. لتحديد وتمييز مجموعات الجينات التي تعمل نحو وظيفة بيولوجية مشتركة (أي مجموعات الجينات) ، قمنا بتحليل كل من القوائم القشرية وتحت القشرية L مع GSEA مرتبة مسبقًا (الشكل 1C). وقد أسفر هذا عن تسجيل مجموعات الجينات الإيجابية والسلبية ، المشتقة من الجينات المرتبطة إيجابًا وسلبًا لـ L ، على التوالي. تم بعد ذلك تجميع مجموعات الجينات هذه في مجموعات مرتبطة وظيفيًا وتم شرحها تلقائيًا بموضوعات بيولوجية (Cline et al. ، 2007 ؛ Merico et al. ، 2010 ؛ Oesper et al. ، 2011).
بشكل عام ، كان للقشرة الدماغية والقشرة الفرعية موضوعات بيولوجية مميزة تم العثور عليها سابقًا مرتبطة بالذاكرة. للقشرةذاكرة، كشفت GSEA عن 28 إيجابيًا و 29 مجموعة جينات سلبية التخصيب بشكل كبير. أظهر التصور لشبكة الإثراء أن مجموعات الجينات هذه تم تجميعها في خمس مجموعات متميزة (الشكل 3 ؛ نتائج GSEA الكاملة موجودة في الشكل الموسع للبيانات 3-1) ، مع مجموعات الجينات داخل كل مجموعة تشارك الجينات المخصبة. تم العثور على مجموعات الجينات هذه لتكون مرتبطة بالذاكرة. احتوت المجموعة الإيجابية P1 على مجموعات جينية متورطة في الاستجابة المناعية وإشارات مستقبلات Fc (Fernandez- Vizarra et al. ، 2012 ؛ Marin and Kipnis ، 2013). كان P2 متورطًا في إشارات إنترفيرون جاما (Litteljohn et al. ، 2014) ، P3 في نقل أيون الكالسيوم عبر الغشاء و P4 في تجميع خيوط الأكتين (Krucker et al. ، 2000 ؛ Lamprecht ، 2011). احتوت المجموعة السلبية N2 على مجموعات الجينات المشاركة في ديناميكيات الكروماتين ، والتنظيم اللاجيني ، وتمايز الخلايا المناعية (Kim and Kaang ، 2017).
تحت القشرةذاكرة، كشفت GSEA عن 50 إيجابيًا و 14 مجموعة جينات مخصبة سلبية بشكل كبير. أظهر التصور لشبكة الإثراء أن مجموعات الجينات هذه تم تجميعها في ثلاث مجموعات متميزة (الشكل 4 ؛ نتائج GSEA الكاملة موجودة في الشكل الموسع للبيانات 4-1). وبالمثل ، تم العثور على مجموعات الجينات هذه لتكون مرتبطة بـذاكرة. تتورط المجموعة الإيجابية P1 في الإرسال المتشابك واللدونة المتشابكة. كما تضمنت مجموعات الجينات المشاركة في الالتقام الخلوي وإخراج الخلايا ، وإفراز الناقل العصبي ، والتقوية طويلة المدى (Stuchlik ، 2014) ، وإشارات مستقبلات الغلوتامات ، وتشكل إسقاط الخلايا العصبية (كاساي وآخرون ، 2010). ترتبط المجموعة السلبية N1 بعمليات النسخ والترجمة (Jarome and Helmstetter، 2014؛ Alberini and Kandel، 2015) والعنقود N2 إلى الخلايا الدبقية وتمايز الخلايا الدبقية قليلة التغصن (Hertz and Chen، 2016؛ Pepper et al.، 2018).
الشكل 2. مثال على ناتج تحليل التشابه المكاني. يتم تصور مستويات التعبير عن الجين القشري ذو الارتباط الأعلى ، GRB14 ، كدالة لعلاقة فوكسل لخريطة Neurosynthذاكرةوظيفة (درجة z). التعبير الجيني الطبيعي (المحور الصادي) تم رسمه مقابل نقاط z لخريطة التصوير العصبي (المحور السيني). يمثل كل خط انحدار ملون أفضل خط ملائم لكل من المتبرعين الستة (الألوان) ؛ يمثل النطاق شبه الشفاف حول كل سطر تقدير فترة الثقة 95 بالمائة.
لتحديد الاختلافات والتداخل في الملامح الجينية القشرية وتحت القشرية ، حددنا ووصف العمليات البيولوجية المختلفة والمشتركة (1) كما هو موضح في خرائط التخصيب ، و (2)ذاكرةالجينات (أي جميع الجينات الموجودة في مجموعة جينات واحدة غنية ؛ الشكل 1 د). وجدنا تداخلًا منخفضًا بنسبة 2.5 بالمائة من مجموعات الجينات (N 3) و 9.6 بالمائة من الجينات (N 135) بين المناطق القشرية وتحت القشرية (الشكل 5 ؛ القائمة الكاملة للجينات المتميزة والمتداخلة موجودة في Extended DataFig. {{9) }}). شاركت الجينات المتداخلة في العمليات المتعلقة بالذاكرة لنقل البروتين ، وتنظيم النسخ ، واللدونة المشبكية وإشارات مستقبلات الغلوتامات (Peng et al. ، 2011 ؛ Rosenberg et al. ، 2014 ؛ Alberini and Kandel ، 2015 ؛ الجدول 2 ؛ الناتج الكامل لـ مجموعات الجينات والجينات من Top- pGene في Extended DataTable 2-1). وتشمل هذه الجينات المشاركة في مجمع Arp2 / 3 ، وقنوات GABA و AMPA ذات البوابات الأيونية التي تعتبر بالغة الأهمية لوظيفة الذاكرة (Gasbarri and Pompili، 2014؛ Basu et al.، 2016؛ Takemoto et al.، 2017؛ Extended Data Table { {23}}). شاركت الجينات الخاصة بالقشرة في العمليات المرتبطة بالذاكرة مثل إصلاح الحمض النووي ، والتنظيم اللاجيني ، والمناعة ، وإشارات IFN (Marin and Kipnis ، 2013 ؛ Litteljohn et al. ، 2014 ؛ Kim and Kaang ، 2017 ؛ Hou et al. ، 2018 ؛ DataTable الموسعة 2-1). تشارك الجينات الخاصة بالقشرة الفرعية في تكوين الخلايا العصبية وتشكل التغصنات وتمايز الخلايا الدبقية وتكوين الميالين (Hertz and Chen ، 2016 ؛ Kao et al. ،
الشكل 3. تصور خريطة الإثراء للقشريةذاكرة. يتم تمييز المجموعات بـ P للإيجابية ، و N للسلبية. تم العثور على مجموعات مجموعة الجينات لتكون ذات صلةذاكرة. ارتبطت العناقيد الإيجابية بالإشارات المناعية ، ونقل الكالسيوم ، وتجميع خيوط الأكتين. احتوت الكتلة السلبية على مجموعات الجينات المشاركة في ديناميات الكروماتين وتنظيم الوراثة اللاجينية. راجع شكل البيانات الموسعة 3-1 للاطلاع على المخرجات الكاملة من GSEA المصنفة مسبقًا.
2018 ؛ بيبر وآخرون ، 2018 ؛ Extended DataTable 2-1). لاحظ أن نفس مجموعة الجينات يمكن أن تظهر في كل من العمليات البيولوجية الخاصة بالقشرة وتحت القشرية. على سبيل المثال ، ملفذاكرةيتم إثراء مجموعات الجينات في كلا المنطقتين ، ولكن في كل حالة ، يكون إثراء مجموعة الجينات مدفوعًا بجينات متميزة (Extended DataTable 2-1). وذلك لأن الجينات المختلفة يمكن أن تكون ذات صلة ، وبالتالي تزيد الإثراء لنفس مجموعة جينات العملية البيولوجية.
الجينات الأساسية المعبر عنها تفاضليًا المتعلقة بالقشرية وتحت القشريةذاكرة
لتحديد أعلى -10ذاكرةالجينات المرتبطة على الأرجح بالإنسانذاكرةوظيفةبالنسبة للتحقيقات التجريبية المستقبلية ، حددنا الجينات ذات الصلة بمجموعات الجينات المتعددة التي تم الحصول عليها أعلاه باستخدام LEA (الشكل 1E ؛ Subramanian et al. ، 2005 ؛ Darby et al. ، 2016 ؛ Fleming and Miller ، 2016). أظهر العمل السابق أن مثل هذه الجينات التي تدفع إثراء مجموعات الجينات المتعددة هي على الأرجح مرتبطة بالنمط الظاهري الذي تم تحليله ، أي وظيفة الذاكرة في هذه الحالة (Subramanian et al. ، 2005 ؛ Darby et al. ، 2016 ؛ Fleming and Miller ، 2016). كان الجمع بين GSEA و LEA فعالًا سابقًا في تحديد التوقيعات الجينية للوظائف المعرفية (Thomassen et al. ، 2008 ؛ Ersland et al. ، 2012 ؛ Lee et al. ، 2013) ، بما في ذلك الذاكرة العرضية والعاملة (Heck et al. ، 2014 ؛
لينكسيس وآخرون ، 2015). لقد طبقنا LEA على مجموعات الجينات ذات النتائج الإيجابية والسلبية أعلاه ، متبوعًا باختيار -10 الجينات التي تظهر بشكل متكرر عبر المجموعات الفرعية المتطورة لمجموعات الجينات. تم التحقق من صحة هذه الجينات بعد ذلك باستخدام أدبيات النماذج الحيوانية ، والتي تم تصنيفها كدليل قوي أو ضعيف يدعم الارتباط بين وظيفة الجين والذاكرة (الشكل 1F). كان الدليل القوي يتألف من التلاعب بالجينات أو دراسات العلاج بالعقاقير ، على سبيل المثال ، الضربة القاضية للجينات التي تؤدي إلى تغيير الذاكرة. تضمنت الأدلة الضعيفة الدراسات الارتباطية أو الحسابية ، مثل تنظيم الجينات المرتبط بالدراسات المعززة.ذاكرةأداء.
للقشرةذاكرة، تسعة من كل 10 جينات مرتبطة بشكل إيجابي كانت متورطة سابقًا فيذاكرةوظيفة(الجدول 3 ، القائمة الكاملة لجينات الذاكرة القشرية ومراجعة الأدبيات Extended DataTable 3-1 ، إخراج LEA الكامل في جدول البيانات الموسعة 3-2). الجينات PRKCD (Etcheberriga- ray et al.، 2004؛ Conboy et al.، 2009)، RAC1 (Haditsch et al.، 2009؛ Oh et al.، 2010)، LIMK1 (Todorovski et al.، 2015)، and CDC42 ( Kim et al.، 2014؛ Zhang et al.، 2016) كان لهما ارتباطات قوية بالذاكرة. بالنسبة للجينات المرشحة المرتبطة ارتباطًا سلبيًا ، كان لدى جميع الجينات العشرة دليل قوي يدعم دورها في الذاكرة. كانت كل هذه الجينات ترميز بروتين هيستون H4 ، والذي ارتبط بأداء الذاكرة (Peleg et al. ، 2010). ارتبط إلغاء تنظيم أستلة هيستون H4 في الفئران المسنة بضعف الذاكرة ، وعودة هذا التنظيم إلى تحسين ذاكرتهم.
الشكل 4. تصور خريطة الإثراء للذاكرة تحت القشرية. يتم تمييز المجموعات بـ P للإيجابية ، و N للسلبية. تم العثور على مجموعات مجموعات الجينات لتكون مرتبطة بالذاكرة. ارتبطت العناقيد الإيجابية بالنقل التشابكي ، واللدونة طويلة الأمد ، وإشارات الغلوتامات ، وتشكل النورت. تضمنت المجموعات السلبية مجموعات الجينات المشاركة في النسخ والترجمة وتمايز الخلايا الدبقية. راجع شكل البيانات الموسعة 4-1 للاطلاع على المخرجات الكاملة من GSEA المصنفة مسبقًا.
بالنسبة للذاكرة تحت القشرية ، كانت جميع الجينات العشرة المرتبطة إيجابيًا متورطة سابقًا في وظيفة الذاكرة (الجدول 4 ؛ القائمة الكاملة لجينات الذاكرة تحت القشرية ومراجعة الأدبيات في جدول البيانات الموسعة 4-1 ؛ نتائج LEA في Extended DataTable 4-2). تم ربط الجينات CDK5 و NLGN1 و RAB3A و STX1A و SNCA و SYT1 و UNC13A بقوة بالذاكرة (Fujiwara et al. ، 2006 ؛ Yang et al. ، 2007 ؛ Liu et al. ، 2009 ؛ Guan et al. ، 2011 ؛ Kokhan وآخرون ، 2012 ؛ Bie et al. ، 2014 ؛ Mishiba et al. ، 2014 ؛ Böhme et al. ، 2019). سبعة من كل 10 جينات مرشحة مرتبطة سلبًا لديها دليل ضعيف على تورطها في الذاكرة. كانت هذه الجينات ترميز الوحدات الفرعية الريبوسومية ، والتي تم التعبير عنها بشكل تفاضلي في القوارض التي تظهر بشكل أفضلذاكرةالأداء (Wang et al.، 2003؛ Kong et al.، 2009؛ Winbush et al.، 2012؛ Katz and Lamprecht، 2015؛ Oka et al.، 2016؛ Zhang et al.، 2018).
