الخصائص السريرية والتشخيص والنتائج وتحليل ميكروبيوم الرئة لداء الرشاشيات الرئوي الغازي في مرضى الالتهاب الرئوي المكتسب من المجتمع

خلاصة

خلفية

لا يزال داء الرشاشيات الرئوي الغازي أقل من الواقع في المرضى الذين يعانون من الالتهاب الرئوي المكتسب من المجتمع (CAP). تهدف هذه الدراسة إلى وصف الميزات والنتائج السريرية لـ IPA في مرضى CAP ، وتقييم الأداء التشخيصي لتسلسل الجيل التالي metagenomic (mNGS) لـ IPA وتحليل ميكروبيوم الرئة عبر بيانات mNGS.

في الآونة الأخيرة ، اجتذب وباء الالتهاب الرئوي الناجم عن فيروس كورونا الجديد اهتمامًا واسع النطاق في جميع أنحاء العالم. بدأ الكثير من الناس في الانتباه إلى ما إذا كانت مناعتهم قوية بما يكفي لأن المناعة هي خط دفاع الجسم الأول ضد الأمراض. في هذه المقالة ، نستكشف العلاقة بين الالتهاب الرئوي والمناعة.

الالتهاب الرئوي هو عدوى تنفسية خطيرة ومرض التهابي يسببه العديد من الأسباب. يمكن للفيروسات مثل نزلات البرد والإنفلونزا وفيروس كورونا الجديد أن تسبب الالتهاب الرئوي. ينصب تركيز هذا المرض على أنه يتسبب في أضرار لا رجعة فيها للجهاز التنفسي ويمكن أن يؤدي إلى فشل الجهاز التنفسي.

ومع ذلك ، إذا كانت مناعتك كافية ، فإن جسمك مجهز بشكل أفضل لمحاربة الفيروسات والبكتيريا. هذا يرجع بشكل أساسي إلى خلايا الدم البيضاء - وهي واحدة من أهم الخلايا المناعية في الجسم. يمكن لخلايا الدم البيضاء التعرف على مسببات الأمراض الغازية ومهاجمتها مباشرة ، ويمكنها أيضًا إفراز الأجسام المضادة للدفاع ضد غزو العوامل الممرضة.

بالإضافة إلى خلايا الدم البيضاء ، تشمل بعض المكونات الهامة الأخرى لجهاز المناعة الخلايا الليمفاوية والبلعمة. تنشط الخلايا الليمفاوية جهاز المناعة من خلال التعرف على مسببات الأمراض الغريبة ، بينما يحدث البلعمة عندما تبتلع أنواع معينة من خلايا الدم البيضاء مسببات الأمراض مثل البكتيريا الغازية وتحطمها.

لذا ، فإن الحفاظ على صحة الجهاز المناعي هو وسيلة فعالة للوقاية من التهابات الجهاز التنفسي مثل الالتهاب الرئوي. يمكنك تحسين مناعتك عن طريق تناول الأطعمة الغنية بالفيتامينات والبروتينات ومضادات الأكسدة ، مثل أسماك أعماق البحار والمكسرات والفاصوليا والفراولة والتوت وغيرها. بالإضافة إلى ذلك ، يعد الحفاظ على صحة جيدة أمرًا مهمًا أيضًا ، بما في ذلك الإقلاع عن التدخين وممارسة الرياضة بشكل أكبر والحفاظ على نوم جيد وتقليل التوتر.

باختصار ، لتجنب التهابات الجهاز التنفسي مثل الالتهاب الرئوي ، من الضروري الحفاظ على مناعة جيدة. نحن بحاجة إلى تحسين مناعة الجسم من خلال اتباع نظام غذائي صحي وممارسة الرياضة المناسبة وعادات النوم. خطط لنمط حياتك بشكل معقول بحيث يتمتع جسمك بآلية دفاع أفضل ويبقى بعيدًا عن الأمراض مثل الالتهاب الرئوي. من وجهة النظر هذه ، نحن بحاجة إلى تحسين مناعتنا. يمكن أن يحسن الكستانش المناعة بشكل كبير ، لأن رماد اللحوم يحتوي على مجموعة متنوعة من المكونات النشطة بيولوجيًا ، مثل السكريات ، واثنين من عيش الغراب ، وهوانغ لي ، وما إلى ذلك. يمكن لهذه المكونات أن تحفز جهاز المناعة أنواعًا مختلفة من الخلايا في النظام ، وتزيد من نشاطها المناعي.

انقر فوق الفوائد الصحية من cistanche

طُرق

شملت هذه الدراسة الأترابية بأثر رجعي مرضى CAP في الفترة من 22 أبريل 2019 إلى 30 سبتمبر 2021. تم تحليل البيانات السريرية والميكروبيولوجية. تمت مقارنة الأداء التشخيصي لـ mNGS مع طرق الكشف التقليدية. تم تمييز ميكروبيوم الرئة الذي تم اكتشافه بواسطة mNGS وتم تقييم ارتباطه بالسمات السريرية.

نتائج رئيسية

تم تشخيص IPA في 26 (23.4 بالمائة) من 111 مريضًا من CAP. أظهر المرضى الذين يعانون من IPA مناعة مكتئبة ، ومعدل وفيات أعلى في المستشفيات (30.8٪ مقابل 11.8٪) ، ووفيات وحدة العناية المركزة (42.1٪ مقابل 17.5٪) مقارنة بالمرضى الذين لا يعانون من IPA. كان اختبار مستضد galactomannan (GM) أعلى حساسية (57.7 بالمائة) في الكشف عن Aspergillus spp ، يليه mNGS (42.3 بالمائة) ، والثقافة (30.8 بالمائة) ، واللطاخة (7.7 بالمائة). كان للأكواب ، والثقافة ، والمسحوق خصوصية بنسبة 100٪ ، في حين أن اختبار GM كان له خصوصية بنسبة 92.9٪. اختلف التركيب الميكروبي لـ IPA اختلافًا كبيرًا عن المرضى الذين لا ينتمون إلى IPA (ص<0.001; Wilcoxon test). Nineteen different species were significantly correlated with clinical outcomes and laboratory biomarkers, particularly for Streptococcus salivarius, Prevotella timonensis, and Human betaherpesvirus 5.

الاستنتاجات

تكشف نتائجنا أن المرضى الذين يعانون من عدوى الرشاشيات يميلون إلى أن يكون لديهم معدل وفيات مبكرة أعلى. يمكن اقتراح NGS كمكمل للاختبارات الميكروبيولوجية الروتينية في تشخيص المرضى المعرضين لخطر الإصابة بعدوى الرشاشيات. ترتبط جراثيم الرئة بالظروف الالتهابية والمناعة والتمثيل الغذائي لـ IPA ، وبالتالي تؤثر على النتائج السريرية.

مقدمة

يعد داء الرشاشيات الرئوي الغازي سببًا مهمًا للمراضة والوفيات ، ويؤثر عادةً على المضيفين الذين يعانون من نقص المناعة ، مثل المرضى المصابين بعدوى فيروس العوز المناعي البشري وكذلك المرضى الذين يتلقون العلاج بالكورتيكوستيرويدات أو متلقي الزرع أو سرطان الدم. يتم الاستهانة فقط بتشخيص الجثة بعد الوفاة بسبب نقص الموارد الطبية وعوامل الخطر الجديدة. تؤدي عوامل المضيف التقليدية وغياب النتائج السريرية والإشعاعية النموذجية إلى تأخر التشخيص وفقدانه في مرضى IPA .4 تُبرز إرشادات الممارسة السريرية لجمعية الصدر الأمريكية المنشورة مؤخرًا لتشخيص العدوى الفطرية الاختبارات التشخيصية المستقلة عن الثقافة ، مع تقديم توصيات قوية إلى الكشف عن الحمض النووي للرشاشيات في سائل غسل القصبات الهوائية (BALF) عن طريق تفاعل البوليميراز المتسلسل.

في العقد الماضي ، سهّل تطوير الطرق الجزيئية لتقدير وتسلسل الحمض النووي الممرض بشكل كبير اكتشاف الكائنات الحية الدقيقة المختلفة. تم تطبيق تسلسل الجيل التالي من Metagenomic (NGS) الآن على نطاق واسع لتشخيص الأمراض المعدية في البيئات السريرية ، خاصة مع مسببات الأمراض المحددة أو غير المحددة أو المختلطة في نهج غير مستهدف .6 على سبيل المثال ، يمكن أن يزيد الجمع بين mNGS وطرق الكشف التقليدية معدل الكشف عن معقد المتفطرة السلية 7 وتسهيل اكتشاف مسببات الأمراض المختلطة في مرضى الالتهاب الرئوي الحاد المكتسب من المجتمع منقوص المناعة (CAP) .8 حتى الآن ، لم يكن الأداء التشخيصي لـ NGS للكشف عن عدوى داء الرشاشيات واضحًا.

في الآونة الأخيرة ، تم وصف الاختلافات في تكوين وتنوع ميكروبيومات الرئة عبر العديد من أمراض الجهاز التنفسي ، مما يوفر مشاهد جديدة للتشخيص الدقيق. أظهر المرضى المصابون بالسل المؤكدة جرثوميًا زيادة كبيرة في الأنواع البكتيرية مقارنة بمرضى السل السلبي .9 يرتبط اختلال التوازن في المجتمع الرئوي الناتج عن التخصيب مع العامل الممرض المحتمل بالنتائج في المرضى المنببين / الذين يخضعون للتهوية الميكانيكية. أظهرت وفرة تفاضلية من أصناف بكتيرية معينة

مع توفر تقنيات التشخيص الأحدث ، من الممكن تقييم الخصائص السريرية وميكروبيوم الرئة لـ IPA من منظور جديد لفهم شامل للمرض. تم تصميم هذه الدراسة لوصف الخصائص السريرية ونتائج IPA في مرضى CAP ، وتقييم الأداء التشخيصي لـ mNGS لـ IPA وكشف العلاقة بين الخصائص السريرية وميكروبيوم الرئة في IPA.

طُرق

تصميم الدراسة والمشاركين

كانت هذه دراسة جماعية بأثر رجعي تتألف من مرضى في المستشفى (أكبر من أو يساوي 18 عامًا) تم تشخيصهم على أنهم CAP في المستشفى الأول التابع لجامعة تشونغتشينغ الطبية بين 22 أبريل 2019 و 30 سبتمبر 2021. يجب أن يلتقي المرضى المسجلين في هذه الدراسة المعايير الشاملة التالية: (1) تم تشخيصه باستخدام CAP الذي يفي بإرشادات IDSA / ATS لعام 2007 ، (2) الخضوع لغسل القصبات الهوائية ، (3) عدم التعرض للمضادات الحيوية في آخر أسبوعين قبل جمع العينة و (4) إجراء اختبار galactomannan (GM) ، نتائج BALF تشويه والثقافة و BALF mNGS. تتطلب الحالات مع IPA المحتمل وجود عامل مضيف واحد على الأقل ، ومظهر سريري ، ودليل فطري في BALF ، وفقًا لمعايير 2019 من المنظمة الأوروبية لأبحاث وعلاج السرطان / مجموعة دراسة Mycoses (EORTIC / MSG). في هذه الدراسة ، كان التعديل في معايير التشخيص هو إضافة NGS كواحدة من طرق اختبار الفطريات بما في ذلك اختبار GM ، واللطاخة ، والثقافة. تضمنت الحالات التي لا تحتوي على IPA محتمل المرضى الذين لا يوجد دليل على وجود دليل إكلينيكي أو إشعاعي أو وجود Aspergillus spp في BALF. تمت متابعة جميع المرضى المسجلين عبر الهاتف للاستعلام عن البقاء على قيد الحياة أو تاريخ الوفاة.

جمع البيانات والاختبارات الميكروبيولوجية

تم استخراج المعلومات السريرية من السجلات الطبية الإلكترونية باستخدام استمارة موحدة لجمع البيانات ، والتي تضمنت المعلومات الديموغرافية ، والبيانات السريرية ، والنتائج المعملية ، والتصوير المقطعي للصدر ، والعلاجات المضادة للفطريات ، والنتائج. تمت مراجعة جميع البيانات من قبل اثنين من المحققين بشكل مستقل للتحقق من دقة البيانات. تم تعديل المقياس الترتيبي للفئة 7- بناءً على تصميم الدراسة ، والذي يتألف من فئات حصرية بشكل متبادل على النحو التالي: الفئة 7 ، الموت ؛ الفئة 6 ، التي تتطلب تهوية غازية ودعمًا إضافيًا للأعضاء (على سبيل المثال ، العلاج المستمر بالبدائل الكلوية أو أكسجة الغشاء خارج الجسم) ؛ الفئة 5 ، التي تتطلب تهوية ميكانيكية غازية ؛ الفئة 4 ، التي تتطلب تهوية غير غازية أو أكسجين عالي التدفق ؛ الفئة 3 ، التي تتطلب أكسجينًا إضافيًا عن طريق القناع أو الشوكات الأنفية ؛ الفئة 2 ، في المستشفى ، بدون أكسجين ؛ الفئة 1 ، مفرغة. تم تعريف التحسن في الحالة السريرية على أنه انخفاض في فئتين تم تقييمهما بواسطة المقياس الترتيبي للمستوى 7- في نقاط زمنية ثابتة (الأيام 1 و 7 و 14 و 21 و 28).
يتم إجراء اختبار مستضد GM في مصل الدم و GM في BALF بشكل عام في جميع المرضى المسجلين. تم اعتبار النتيجة موجبة عندما تكون قيم الفهرس البصري أكبر من أو تساوي 1. 0 في المصل أو أكبر من أو تساوي 1. 0 في BALF أو أكبر من أو تساوي 0 .7 في المصل وأكبر من أو يساوي 0. 8 في BALF. تم إخضاع عينات BALF إلى mNGS ، ولطاخة بالمجهر ، وثقافة فطرية عادية.

تسلسل الجيل القادم من Metagenomics

تم جمع 1.5 - 3 مل من BALF من كل مريض وفقًا للإجراءات القياسية. 14 أنبوب الطرد المركزي الصغير 1.5 مل يحتوي على 0. عينة 6 مل BALF ، إنزيم ، و 1 جم من 0. تم ​​تقليب حبات زجاجية 5 مم بواسطة خلاط دوامة ، و 0. تم ​​فصل عينة 3 مل في أنبوب طرد مركزي صغير بسعة 1.5 مل وتم استخلاص الحمض النووي باستخدام TIANamp Micro DNA Kit (DP316 ، Tiangen Biotech) باتباع دليل الشركة المصنعة ، وتم إنشاء 15 مكتبة DNA من خلال DNA تجزئة وإصلاح النهاية وربط المحول وتضخيم تفاعل البوليميراز المتسلسل. بعد ذلك ، تم ترتيب المكتبات ذات الجودة المؤكدة من خلال منصة Illumina NextSeq 550 بقراءات فردية تبلغ 75 نقطة أساس (Illumina ، سان دييغو ، كاليفورنيا ، الولايات المتحدة الأمريكية).

تمت إضافة عنصر التحكم الداخلي ، المسمى الفريدة الجزيئية المسننة (UMSI) ، إلى العينة قبل استخلاص الحمض النووي. تنوع تسلسل UMSI في عينات مختلفة. تضمن كل اختبار NGS تحكمًا سلبيًا خارجيًا يعمل بالتوازي مع العينات السريرية. أثناء التحليل ، يمكن العثور على التلوث بين العينات إذا كان تسلسل UMSI هو نفسه أو كانت قراءات بعض مسببات الأمراض في التحكم الخارجي عالية جدًا.

تم إنشاء بيانات التسلسل عالية الجودة عن طريق إزالة القراءات منخفضة الجودة ، متبوعة بالطرح الحسابي لتسلسل المضيف البشري المعين للجينوم المرجعي البشري (hg19) باستخدام محاذاة Burrows-Wheeler. تم تصنيف البيانات المتبقية عن طريق إزالة القراءات منخفضة التعقيد. من خلال المحاذاة في وقت واحد مع أربع قواعد بيانات للجينوم الميكروبي (البكتيريا والفطريات والفيروسات والطفيليات) ، والتي تم تنزيلها من المركز الوطني لمعلومات التكنولوجيا الحيوية (ftp: //ftp.ncbi. nlm.nih.gov/genomes/). يمكن رؤية تفسير نتائجي في الأساليب التكميلية عبر الإنترنت.

مشاركة المريض والعامة

لم يشارك المرضى والجمهور في تصميم وإجراء هذه الدراسة أو اختيار مقاييس النتائج أو التوظيف. لن يتم نشر نتائج هذه الدراسة على المشاركين والمجتمعات المرتبطة.

تحاليل احصائية

تم التعبير عن المتغيرات المستمرة كمتوسط ​​(IQR) ومقارنتها باختبار Mann-Whitney U. تم التعبير عن المتغيرات الفئوية كأرقام (نسبة مئوية) ومقارنتها باختبار χ2 أو اختبار فيشر الدقيق. تم إنشاء جداول 2 × 2 للطوارئ لتحديد الحساسية والنوعية والقيمة التنبؤية الإيجابية (PPV) والقيمة التنبؤية السلبية (NPV). على الوجهين من أقل من 0. 0 5 اعتبرت ذات دلالة إحصائية. أجريت التحليلات الإحصائية باستخدام IBM SPSS Statistics ، V.23.0 ما لم يذكر خلاف ذلك.

تم تعيين القراءات عالية الجودة أولاً على الجينوم المرجعي البشري (hg19) ثم تمت محاذاة القراءات غير البشرية مع أربع قواعد بيانات للجينوم الميكروبي (البكتيريا والفطريات والفيروسات والطفيليات). بعد إزالة الميكروبات الخلفية التي ظهرت في الضوابط السلبية (الجدول التكميلي 1 عبر الإنترنت) ، تم استخدام إعادة تقدير بايزي للوفرة لتقدير الوفرة النسبية للأنواع (الجدول الإضافي عبر الإنترنت 2). تم حساب مؤشر تنوع ألفا لكل عينة بناءً على فهارس شانون وسيمبسون ، وتم حساب تنوع بيتا بناءً على مسافة UniFrac الموزونة ومسافة Bray-Curtis. تم حساب قيم P لتحليل ألفا وبيتا باستخدام اختبار مجموع رتبة ويلكوكسون. تم استخدام حجم تأثير التحليل التمييزي الخطي (LDA) للعثور على أنواع مختلفة بشكل كبير بين المجموعات ، مع عتبات لوغاريتم 1 0 درجة LDA أكبر من أو تساوي 2 وقيمة p أقل من أو تساوي 0.05. تم تقييم العلاقة بين الكائنات الحية الدقيقة التمثيلية والبيانات السريرية بواسطة سبيرمان.

نتائج

تجنيد المرضى والخصائص السريرية

تمت مراجعة ما مجموعه 123 مريضا مع 128 عينة BALF وتم تسجيل 111 مريضا في هذه الدراسة.

تم تشخيص ستة وعشرين مريضا مع IPA محتمل (يسمى IPA) و 85 ضوابط بدون IPA (التحكم المسمى) (الشكل 1). تم تلخيص مقارنات الخصائص الديموغرافية والسريرية بين مجموعة IPA والمجموعة الضابطة في الجدول 1. كان متوسط ​​عمر مجتمع الدراسة 60 عامًا (معدل الذكاء ، 53-73) عامًا ، وكان 66.7 بالمائة من الرجال. بشكل عام ، كان لدى 33 مريضًا (29.7 بالمائة) تاريخ من التدخين. اثنان وعشرون مريضا (19.8 في المئة) يعانون من مرض الانسداد الرئوي المزمن. خمسة عشر مريضًا (13.5 بالمائة) تلقوا الكورتيكوستيرويدات واعتبر 36 مريضًا (32.4 بالمائة) يعانون من نقص المناعة (الجدول التكميلي عبر الإنترنت 3). كان لدى المرضى الذين يعانون من IPA المحتمل معدل أعلى بكثير من عوامل الخطر المعروفة للإصابة بداء الرشاشيات من أولئك الذين ليس لديهم IPA ، بما في ذلك العلاج بالكورتيكوستيرويدات لمدة تزيد عن 28 يومًا (38.5 بالمائة مقابل 5.9 بالمائة ، p =0. 000) والذين يعانون من نقص المناعة الحالة (53.8 بالمائة مقابل 25.9 بالمائة ، p =0. 008). لم يتم العثور على فروق ذات دلالة إحصائية في درجات التقييم المتسلسل لفشل الأعضاء والارتباك ، واليوريا ، ومعدل التنفس ، وضغط الدم ، وتسجيل 65 للمرضى بين المجموعتين عند القبول.

علم الأحياء الدقيقة وصور الأشعة المقطعية والنتائج المعملية

تم الحصول على عزلات Aspergillus fumigatus لـ 6 من 26 (23.1٪) من حالات IPA المحتملة ، تليها Aspergillus flavus لـ 3 من 26 (11.5٪) و Aspergillus ustus لـ 1 من 26 (3.8٪) (الجدول 2). تم عرض سماكة جدار الشعب الهوائية في الغالب على CT للصدر في IPA (44. 0 بالمائة مقابل 12.8 بالمائة ، ص =0. 000) (الجدول 2). لدى مرضى IPA مستويات أقل بشكل ملحوظ من إجمالي عدد الخلايا الليمفاوية (774.1 مقابل 1 0 88.9 ، ص =0. 0 09) والتجمعات السكانية الفرعية للخلايا الليمفاوية ، بما في ذلك CD3 بالإضافة إلى تعداد الخلايا اللمفاوية التائية (553.0 مقابل 782.6 ، p =0. 016) ، CD4 بالإضافة إلى عدد الخلايا اللمفاوية التائية (287.9 ​​مقابل 409.5 ، p =0. 031) وعدد الخلايا الليمفاوية التائية CD4− CD8− T (25.9 مقابل 45.0 ، ص =0. 007 ) من مرضى السيطرة (الجدول التكميلي 4 عبر الإنترنت) ، مما يشير إلى ضعف الوظيفة المناعية لمرضى IPA.

مقارنة الأداء التشخيصي

لمقارنة الأداء التشخيصي لـ BALF mNGS والاختبارات التقليدية لتمييز الحالات مع IPA المحتملة من الحالات التي لا تحتوي على IPA محتمل ، تم عرض النتائج في الشكل 2. كان اختبار GM (57.7 بالمائة) أعلى حساسية في اكتشاف Aspergillus spp ، متبوعًا بـ mNGS (42.3 بالمائة) ، ثقافة (3 0. 8 بالمائة) ، ومسحة (7.7 بالمائة). بالمقارنة مع اللطاخة ، كان لدى mNGS حساسية أعلى بشكل ملحوظ 42.3 بالمائة مقابل 7.7 بالمائة ، ص =0. {{3 0}} 1). كانت خصوصية mNGS ، والثقافة ، واللطاخة 1 0 0 في المائة من الخصوصية ، في حين أن اختبار GM كان له خصوصية 92.9 في المائة ، مع اختلاف كبير بين mNGS (أو الثقافة أو اللطاخة) واختبار GM (p { {18}}. 029). كان PPV لـ mNGS ، والثقافة ، والتلطيخ لتحديد Aspergillus spp 100 بالمائة ، بينما كان اختبار GM 71.4 بالمائة. تم تصنيف NPV على أنه اختبار GM (87.8 بالمائة) ، و mNGS (85.0 بالمائة) ، وزرع (82.5 بالمائة) ، ومسحة (78.0 بالمائة) ، مع عدم وجود فرق كبير بين هذه الطرق. لقد قمنا بتحليل الاختلافات في الحساسية / النوعية / PPV / NPV لـ GM على المصل مقابل BALF ، باستخدام مؤشر BAL للسوائل GM أكبر من أو يساوي 1.0 أو مؤشر GM في المصل أكبر من أو يساوي 1.0 كإيجابي ، وفقًا لـ 2019 EORTIC / MSG. كان أعلى بشكل ملحوظ في الحساسية ولكنه أقل في خصوصية GM BALF من مصل GM (57.7 بالمائة مقابل 26.9 بالمائة ، p =0. 048 ، 92.9 بالمائة مقابل 100 بالمائة ، 0.029 ، على التوالي) ، والذي تم عرضه في الجدول التكميلي عبر الإنترنت 5. لم تكن هناك فروق في PPV و NPV.

نتائج أبحاث سريريه

لم تكن هناك فروق ذات دلالة إحصائية في معدل الوفيات اليومي 28- و 60- يوم و 90- معدل الوفيات بين المجموعتين (الجدول 3). وفيات المستشفيات (30.8٪ مقابل 11.8٪ ، p {8}}. 021) ومعدلات وفيات وحدة العناية المركزة (42.1٪ مقابل 17.5٪ ، p =0. 029) كانت أعلى بشكل ملحوظ في مجموعة IPA مما كانت عليه في المجموعة الضابطة. أظهر توزيع المرضى الذين يقعون في كل فئة من مقياس فئة 7- فرقًا إحصائيًا بين المجموعتين حسب اليوم 28 (ص =0. 017) ؛ ومع ذلك ، لم يتم الوصول إلى الأهمية مع الاختبار الإحصائي في مقياس الفئة الترتيبي 7- حسب الأيام 1 و 7 و 14 (الشكل 3). تم إعطاء العديد من الأدوية المضادة للفطريات لـ 23.1 في المائة من المرضى الذين يعانون من IPA محتمل ، مقارنة بـ 5.9 في المائة من المرضى الذين ليس لديهم IPA محتمل (ص =0. 01). كانت نسبة المرضى الذين عولجوا مع voriconazole أعلى بشكل ملحوظ في حالات IPA المحتملة (53.9 بالمائة مقابل 8.2 بالمائة ، ف =0. 000). لم يكن هناك فرق كبير في استخدام الأمفوتريسين B و caspofungin بين المجموعتين (الجدول 3).

تحليل ميكروبيوم الرئة

لمقارنة التكوين العام والتنوع للتوقيع الميكروبي في الرئة في المرضى الذين يعانون من IPA والتحكم ، قمنا بتحليل عينات BALF التي تم جمعها من 109 مرضى CAP ، بما في ذلك 24 حالة (فقد مريضان بسبب فقدان بيانات mNGS) تم تشخيصها بـ IPA المحتمل (المسمى IPA) و 85 حالة بدون IPA محتمل (عنصر تحكم مسمى). قمنا بتقييم تنوع مجتمعات الرئة باستخدام مؤشر التنوع شانون وسيمبسون. كان هناك انخفاض في التنوع في كل من مؤشر التنوع في شانون وسيمبسون في مرضى IPA مقارنة بالمرضى من غير IPA على الرغم من الاختلافات المهمة (الشكل 4 أ ، ب). باستخدام مقياس UniFrac الموزون ومقياس Bray-Curtis ، لاحظنا أن تنوع مرضى IPA يختلف اختلافًا كبيرًا عن المرضى غير التابعين لـ IPA (p<0.001; Wilcoxon test), suggesting that lung community structure of patients diagnosed with probable IPA differed substantially from those without probable IPA (figure 4C, D). Based on the average relative abundance, we plotted the top 10 phyla, genera, and species among 2 groups. 

في المجموعة الكلية ، كانت الثباتات ، والبكتيريا المتولدة ، والبكتيريا الشعاعية ، والبكترويدات ، والأسكوميكوتا هي الأكثر وفرة ، في حين أن الأنواع الأكثر شيوعًا هي بريفوتيلا ، والمكورات العقدية ، والمكورات الرئوية ، والمتكيسات الرئوية (الشكل 5 أ ، ب). الوفرة النسبية لأفضل 10 أنواع في الأنواع المصنفة على أنها Pneumocystis jirovecii ، و Acinetobacter baumannii ، و Lautropia mirabilis ، و Streptococcus oralis ، و Corynebacterium striatum ، و Human betaherpesvirus 5 ، و Rothia mucilaginosa ، و melaphylococcus aureus ، و Farocherpes with herus ، فقط. ال تختلف اختلافًا كبيرًا بين مجموعتين (الشكل 5 ج). بالتركيز على الأنواع التفاضلية في IPA مقارنةً بالضوابط الخاصة بها ، وجدنا 21 نوعًا بدرجة LDA أكبر من أو تساوي 2 و p<0.05, which H. betaherpesvirus 5, A. fumigatus, Aspergillus niger, Citrobacter braakii, Bacillus thermoamylovorans, Helcococcus kunzite, Lactobacillus delbrueckii, Burkholderia dolosa, Marinobacter hydrocarbonoclasticus, Riemerella anatipestifer, Corynebacterium halotolerant, and Lactobacillus plantarum were significantly abundant in the cases diagnosed with probable IPA, and Streptococcus salivarius, Citrobacter freundii, Paraburkholderia fungorum, Dolosigranulum program, Prevotella timonensis, Sphingobium yanoikuyae, Serratia marcescens, and Corynebacterium oculi were enriched in cases without probable IPA (figure 5D, online supplemental figure 1).

لمزيد من التحقيق في العلاقة بين البيانات السريرية وميكروبات الرئة لـ IPA ، أجرينا اختبار الارتباط القائم على رتبة سبيرمان على 21 نوعًا مختلفًا بشكل كبير مع نتائج سريرية ونتائج معملية (الشكل 6 أ). لاحظنا أن 19 نوعًا مختلفًا كانت مرتبطة بشكل كبير مع 7 نتائج سريرية و 22 مؤشرًا حيويًا مختبريًا ، وخاصة S. salivarius ، P. Sinensis ، و H. betaherpesvirus 5. S. salivarius كان مرتبطًا بشكل إيجابي بثمانية مؤشرات حيوية معملية ، بما في ذلك خلايا الدم الحمراء ، المجموع. الخلايا الليمفاوية ، الخلايا الليمفاوية التائية ، الخلايا التائية المساعدة ، الخلايا الليمفاوية التائية السامة للخلايا ، الخلايا الليمفاوية ب ، مصل البوتاسيوم ، والألبومين ، والنسبية السلبية مع الأسبارتات أمينوترانسفيراز ، البيليروبين المباشر ، وديمر. حيث أن S. salivarius كان مرتبطًا بشكل سلبي بـ 11 نتيجة سريرية ، بما في ذلك معدل وفيات وحدة العناية المركزة ، ومدة الإقامة في وحدة العناية المركزة ، والوفيات في المستشفى ، والوفيات في اليوم 28 ، ووقت الاستقلال الإضافي للأكسجين في غضون 28 يومًا ، ويرتبط ارتباطًا إيجابيًا بمدة وفيات الإقامة في المستشفى. في اليوم 28 ، أيام خالية من جهاز التنفس الصناعي في غضون 28 يومًا ووقت التحسن في الحالة السريرية. على غرار S. اللعابية ، كان P. timonensis نسبيًا بشكل إيجابي بالنسبة لست مؤشرات حيوية معملية ، بما في ذلك الخلايا الليمفاوية الكلية ، والخلايا اللمفاوية التائية ، والخلايا التائية المساعدة ، والخلايا CD4- CD8− التائية ، والخلايا اللمفاوية البائية ، والبوتاسيوم في المصل ، وترتبط سلبًا بالبروكالسيتونين.

وبالمثل ، كان P. timonensis مرتبطًا بشكل سلبي بمدة الإقامة في وحدة العناية المركزة والوفيات في المستشفى ، ولكن بشكل إيجابي مع أيام خالية من جهاز التنفس الصناعي في غضون 28 يومًا. على عكس S. salivarius و P. Sinensis ، ارتبط فيروس هربس بيتا 5 بشكل سلبي مع ستة مؤشرات حيوية معملية ، بما في ذلك الخلايا الليمفاوية الكلية ، والخلايا اللمفاوية التائية ، والخلايا التائية المساعدة ، والخلايا التائية التائية CD4 زائد CD8 بالإضافة إلى الخلايا التائية ، والخلايا اللمفاوية البائية والبوتاسيوم في الدم ، والقريب الإيجابي مع الخلايا الليمفاوية التائية والخلايا التائية المساعدة. نيتروجين اليوريا في الدم. وفي الوقت نفسه ، ارتبط فيروس هربس بيتا 5 بشكل سلبي مع مدة الإقامة في وحدة العناية المركزة والوقت لاستقلال الأكسجين الإضافي في غضون 28 يومًا. تشير هذه الملاحظات إلى أن خلل التنسج في المجتمعات الميكروبية في الرئة يرتبط بالظروف الفيزيولوجية المرضية للمريض ، وبالتالي يمكن أن يؤثر على النتائج السريرية.

لمزيد من التحقيق في التأثير السريري لـ 21 نوعًا مختلفًا بشكل كبير ، أجرينا تحليل البقاء على قيد الحياة من خلال رسم منحنى الاحتمال التراكمي. كما هو موضح في الشكلين 6B و C ، فإن اكتشاف A. fumigatus و H. betaherpesvirus 5 كان تنبئًا بشكل كبير بنتائج أسوأ لوحدة العناية المركزة (ص =0. 0 45 ، 0. 032) . بينما في الشكل 6D ، E ، وجدنا أن اكتشاف S. salivarius و P. timonensis كان تنبئيًا بشكل كبير لنتائج وحدة العناية المركزة المحسنة (p =0. 0031 ، 0.0054). وهكذا توصلنا إلى أنه في الكائنات الحية الدقيقة للرئة في CAP ، يمكن توقع نتائج وحدة العناية المركزة من خلال تكوين المجتمع ، على وجه التحديد A. fumigatus و H. betaherpesvirus 5 و S. salivarius و P. Sinensis.

مناقشة

في هذه الدراسة الأتراب بأثر رجعي ، قمنا بفحص الخصائص السريرية لـ IPA. ومن المثير للاهتمام ، لاحظنا أن المرضى المصنفين على أنهم مصابون بعدوى الرشاشيات المحتملة لديهم معدل وفيات أعلى بكثير في المستشفى (30.8٪) ومعدل وفيات في وحدة العناية المركزة (42.1٪) مقارنةً بمجموعة التحكم. كانت الوفيات في اليوم 28 ، وإن لم تكن ذات دلالة إحصائية ، أعلى عدديًا في مرضى IPA منها في مجموعة التحكم. تشير هذه البيانات إلى أن المرضى الذين يعانون من عدوى الرشاشيات يميلون إلى أن يكون لديهم معدل وفيات مبكرة أعلى. أبلغت دراسة سابقة عن 45 بالمائة من وفيات وحدة العناية المركزة و 26 بالمائة من وفيات المستشفيات 18 بين داء الرشاشيات القصبي الغازي ، وهو كيان نادر من IPA ، كانت معدلات الوفيات 30- في اليوم {9}} يوميًا مرتفعة مثل 90 بالمائة. أفاد 19 Loughlin et al أن معدل الوفيات في وحدة العناية المركزة في المرضى الذين يعانون من عدوى الرشاشيات المحتملة لم يكن أعلى بكثير من أولئك الذين لا يعانون من عدوى الرشاشيات ، 4 والذي ربما يرجع إلى الحالة الحرجة بشكل عام في مجموعة مرضى الالتهاب الرئوي المرتبط بأجهزة التنفس الصناعي في وحدة العناية المركزة. في هذه الدراسة ، كانت الحالة العامة للمرضى المسجلين مع CAP خفيفة نسبيًا ، والتي يمكن أن تتفاقم بشكل ملحوظ بسبب عدوى Aspergillus وربما تهدد الحياة.

اقترح Cornillet وآخرون أن السمات السريرية غير المحددة وصعوبات التشخيص لمرضى IPA ، خاصةً عندما يؤدي المرضى الذين لا يعانون من قلة العدلات بسهولة إلى إدارة دون المستوى الأمثل وتأخير بدء العلاج ، مما يؤدي إلى ارتفاع معدلات الوفيات والمراضة. ويتم تسليط الضوء على التشخيص الدقيق والحاجة الماسة إلى علاج مضاد للفطريات فعال لتقليل معدل المراضة والوفيات. في العقد الماضي ، تم استخدام الكشف عن الكائنات المعدلة وراثيًا على نطاق واسع في تشخيص IPA.21 ومع ذلك ، فإن الاختبار المعدّل وراثيًا لعينات المصل لديه حساسية محدودة في تشخيص IPA في المضيفين غير العدلات. المعرضين لخطر IPA يتمتع بدقة تشخيصية ممتازة ، 23 24 لأن GM تم إطلاقه مبكرًا وبتركيزات أعلى في سائل BAL مقارنةً بالمصل .25 مؤخرًا ، يلعب mNGS دورًا متزايد الأهمية في تشخيص الأمراض الفطرية. أظهر Ding et al أن حساسية mNGS كانت أعلى بكثير من الثقافة في اكتشاف المبيضات البيض. 9 في هذه الدراسة ، تم جمع BALF مباشرة من الجهاز التنفسي السفلي ، مما تجنب التلوث من الميكروبات الفموية. تم الكشف عن الرشاشيات في BALF بواسطة اختبار mNGS ، الثقافة ، اللطاخة ، واختبار GM. أظهرت النتائج أن NGS لها خصوصية قابلة للمقارنة و PPV للثقافة في اكتشاف Aspergillus. على الرغم من أن حساسية mNGS كانت أقل من اختبار GM ، إلا أن mNGS أظهر حساسية أكثر من اللطاخة وخصوصية أكثر من اختبارات المصل و BALF GM. أشارت هذه النتائج إلى أن mNGS يعمل كاختبار مفيد غير قائم على الثقافة للكشف عن الرشاشيات ، مما يشير إلى تكملة الاختبارات الميكروبيولوجية الروتينية في تشخيص المرضى المعرضين لخطر IPA.

اكتشفت دراستنا أن مرضى CAP مع الرشاشيات كانوا أكثر عرضة للإصابة بالعدوى البكتيرية أو الفيروسية بسبب حالة نقص المناعة والعلاج بالكورتيكوستيرويد. تم الإبلاغ عن إصابة مرضى الإنفلونزا الذين يعانون من نقص المناعة بنسبة تصل إلى 32 بالمائة ، بينما في مجموعة حالات الإنفلونزا غير منقوصة المناعة ، كان معدل الإصابة 14 بالمائة .18 مع ظهور وباء COVID -19 واستخدام الكورتيكوستيرويدات في المرضى الذين يعانون من COVID الشديد -19 ، تم الإبلاغ عن 26 COVID -19- المرتبط بداء الرشاشيات الرئوي (CAPA) في العديد من تقارير الحالة .27-29 في التحليل التلوي ، تم الإبلاغ عن حدوث ووفيات CAPA في وحدة العناية المركزة بنحو 10.2 في المائة و 54.9 في المائة على التوالي

نظرًا للقراءات الميكروبية الهائلة في بيانات mNGS التي يمكن استخدامها لتحليل التوقيعات الميكروبية عبر العديد من الأمراض ، حاولت دراستنا استكشاف الاختلاف في بنية وتكوين الميكروبيوم بين مرضى IPA والمرضى من غير IPA CAP من خلال تحليل بيانات mNGS. تضمنت دراستنا الحالية ميكروبيوتا الرئة لـ 24 مريضًا من IPA و 85 مريضًا من غير IPA CAP. تم التحقيق في العلاقة بين الجراثيم المختلفة والبيانات السريرية لجميع مرضى CAP البالغ عددهم 109. بالنسبة لتنوع ألفا ، لم تكن هناك فروق ذات دلالة إحصائية في مؤشر شانون ومؤشر سيمبسون للميكروبات في مرضى IPA والمرضى الذين لا ينتمون إلى IPA CAP ، مما يدل على أن التنوع داخل العينة للمجتمعات كان متشابهًا بين مرضى IPA والمرضى من غير IPA.

بالنسبة لتنوع بيتا ، أظهرت نتائجنا اختلافًا كبيرًا في مسافة UniFrac الموزونة (p =2. 1 × 10−6) ومسافة Bray-Curtis (p =0. 033) بين IPA وغير IPA مرضى CAP ، مما يشير إلى وجود تأثير محتمل لـ Aspergillus spp على بنية ميكروبيوتا الرئة في المرضى الذين تم تشخيصهم بـ IPA. أظهرت دراسات مماثلة اختلافات كبيرة في تنوع بيتا من الميكروبات بين IPA والضوابط. مسببات الأمراض غير النمطية) باستثناء الرشاشيات. وهكذا كان عدم التجانس الجرثومي في الرئة في السيطرة أعلى من IPA. في غضون ذلك ، أوضحت هذه الدراسات أن Firmicutes ، و Proteobacteria ، و Actinobacteria ، و Bacteroidetes كانت الأكثر وفرة في مجموعة IPA. ومع ذلك ، بعد البكتيريا ، وجدت دراستنا أن الوفرة النسبية لـ Ascomycota كانت أيضًا عالية في مستوى الشعبة ، من أجل يمكن لعلم الجينات أن يحصد تقريبًا كل حمض نوى الجراثيم ، بما في ذلك البكتيريا والفطريات والفيروسات والطفيليات.

كانت الأنواع المختلفة بشكل كبير ، وخاصة S. salivarius و P. Sinensis و H. betaherpesvirus 5 مرتبطة بشدة بالبيانات السريرية. وقد ارتبطت S. salivarius و P. timonensis ارتباطًا إيجابيًا بالواصمات المختبرية الحيوية مثل الخلايا اللمفاوية التائية وترتبط سلبًا بالنتائج السريرية مثل الوفيات في المستشفى. في حين أن فيروس هربس بيتا 5 كان مرتبطًا بشكل سلبي بالواصمات المختبرية الحيوية مثل الخلايا اللمفاوية التائية وكان له علاقة إيجابية بالنتائج السريرية مثل الوفيات في المستشفى. أظهرت الدراسات السابقة أن S. salivarius هي بكتيريا بروبيوتيك يمكن أن تمنع التصاق المكورات الرئوية بالخلايا الظهارية البلعومية .31 أيضًا ، أثبتت دراسة أخرى أن عزلات S. salivarius لديها قدرة فائقة على تثبيط نمو المستدمية النزلية ، الموراكسيلا النزلية ، العقدية الرئوية ، Streptococcus pyogenes و Staphylococcus aureus. 32 تزامنت جميع هذه الدراسات مع دراستنا بأن S. اللعابية كانت مرتبطة بشكل إيجابي مع النتائج السريرية الأفضل للمرضى.

قد تكون الآلية المحتملة للبكتريا اللعابية المرتبطة بشكل إيجابي مع النتائج المحسنة للمرضى هي أنها يمكن أن تمنع نمو العامل الممرض المحتمل وتنشط الجهاز المناعي للمضيف. بالنسبة إلى P. Sinensis ، أظهرت دراسة سابقة أن P. timonensis يمكن أن يحفز بشكل كبير التعبير عن الغشاء المصاحب للغشاء في نموذج الخلية الظهارية ثلاثية الأبعاد لبطانة الرحم وتشكيل الغشاء الحيوي في السطح الظهاري ، والذي بدوره يؤثر على التصاق البكتيريا الأخرى. .33 قد يكون سبب الارتباط الإيجابي مع النتيجة السريرية الأفضل للمرضى هو مقاومة استعمار P. Sinensis في الرئة وتنشيط الجهاز المناعي للمضيف. في الظروف السريرية ، يمكن لفيروس هربس بيتا 5 أن يصيب الأشخاص الأصحاء بالعدوى الكامنة مدى الحياة. ومع ذلك ، بمجرد نقص المناعة ، يمكن إعادة تنشيط فيروس هربس بيتا 5 ، على سبيل المثال ، متلقي زرع الأعضاء الصلبة والمرضى المصابين بفيروس نقص المناعة البشرية .34 وبالتالي ، فإن إعادة تنشيط فيروس هربس بيتا 5 يشير إلى ضعف الجهاز المناعي والنتائج السريرية الضعيفة لمرضى IPA .

دراستنا لديها العديد من القيود. أولاً ، تم تصميم الدراسة بأثر رجعي لتحليل البيانات التي تم جمعها واقتصرت على حجم عينة صغير نسبيًا ، مما قد يهيئها لإدخال التحيز من المعلومات غير الكاملة. ثانيًا ، كانت هذه دراسة الملاحظة. على الرغم من أننا وجدنا بعض الارتباطات المثيرة للاهتمام بين ميكروبيوتا الرئة والبيانات السريرية ، إلا أن العلاقة السببية تحتاج إلى حل من خلال دراسة أترابية مستقبلية أو تجربة آلية ، مثل تجربة حيوانية ، والتي ستكون الخطوة التالية في دراستنا. بخلاف ذلك ، حددت الدراسة المرضى الذين يعانون من عدوى الرشاشيات المحتملة بناءً على معايير التشخيص الجديدة EORTIC / MSG 2019 ، لذلك لم تستطع بعض الحالات تلبية معايير التشخيص المحتمل IPA بسبب عدم وجود عوامل المضيف الكلاسيكية.

المساهمون

مفهوم الدراسة والتصميم: YL و ZA و HX. الحصول على البيانات: ZA و ML و HL و MD. تحليل وتفسير البيانات: ZA و HX. صياغة المخطوطة: ZA و HX و YL. مراجعة نقدية للمخطوطة للمحتوى الفكري المهم: HX و ZA و YL. التحليل الإحصائي: ZA و HL و HX. الدعم الإداري أو الفني أو المادي: HX و HL و YL. ساهم جميع المؤلفين في المقالة ووافقوا على النسخة المقدمة.

التمويل

مشروع البحث العلمي الطبي في تشونغتشينغ (مشروع مشترك بين لجنة الصحة في تشونغتشينغ ومكتب العلوم والتكنولوجيا (2022GDRC010)).

تضارب المصالح

لم يصرح بشيء.

مشاركة المريض والعامة

لم يشارك المرضى و / أو الجمهور في تصميم أو إجراء أو إعداد تقارير أو نشر خطط هذا البحث.

موافقة المريض للنشر

غير قابل للتطبيق.

موافقة الأخلاق

تتضمن هذه الدراسة مشاركين بشريين. تمت الموافقة على هذه الدراسة من قبل اللجنة الأخلاقية للمستشفى الأول التابع لمستشفى Chongqing الطبي (الرقم المعتمد 2021-301). أعطى المشاركون موافقة مستنيرة للمشاركة في الدراسة قبل المشاركة.

الأصل ومراجعة الأقران

غير مفوض خاضعة لاستعراض الأقران خارجيًا.

بيان توافر البيانات

يتم تضمين جميع البيانات ذات الصلة بالدراسة في المقالة أو تحميلها كمعلومات تكميلية عبر الإنترنت.

مواد تكميلية

تم توفير هذا المحتوى من قبل المؤلف (المؤلفين). لم يتم فحصها من قبل BMJ Publishing Group Limited (BMJ) وربما لم تخضع لمراجعة النظراء. أي آراء أو توصيات تمت مناقشتها هي فقط آراء المؤلف (المؤلفين) ولا يتم اعتمادها من قبل BMJ. BMJ تتنصل من جميع المسؤوليات والمسؤوليات الناشئة عن أي اعتماد على المحتوى. عندما يتضمن المحتوى أي مادة مترجمة ، لا تضمن BMJ دقة وموثوقية الترجمات (بما في ذلك على سبيل المثال لا الحصر اللوائح المحلية والإرشادات السريرية والمصطلحات وأسماء الأدوية وجرعات الأدوية) ، وليست مسؤولة عن أي خطأ و / أو الحذف الناشئ عن الترجمة والتكييف أو غير ذلك.

الوصول المفتوح

هذا مقال مفتوح الوصول تم توزيعه بواسطة ترخيص Creative Commons Attribution Non-Commercial (CC BY-NC 4. 0) ، والذي يسمح للآخرين بتوزيع هذا العمل وإعادة مزجه وتكييفه والبناء عليه بشكل غير تجاري و ترخيص الأعمال المشتقة الخاصة بهم بشروط مختلفة ، بشرط الاستشهاد بالعمل الأصلي بشكل صحيح ، ومنح الائتمان المناسب ، والإشارة إلى أي تغييرات يتم إجراؤها ، والاستخدام غير التجاري. راجع http://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/.

مراجع

1 Taccone FS ، Van den Abeele AM ​​، Bulpa P ، وآخرون. علم وبائيات داء الرشاشيات الغازية في المرضى ذوي الحالات الحرجة: العرض السريري ، والظروف الأساسية ، والنتائج. العناية الحرجة 2015 ؛ 19: 7.

2 Danion F و Rouzaud C و Duréault A et al. لماذا يتم إغفال العديد من حالات داء الرشاشيات الغازية؟ علم الفطريات الطبي 2019 ؛ 57: S94-103.

3 دونلي جي بي ، تشين إس سي ، كوفمان كاليفورنيا ، وآخرون. مراجعة وتحديث التعاريف الإجماعية للأمراض الفطرية الغازية من المنظمة الأوروبية لأبحاث وعلاج السرطان و Mycoses Study Group Education and Research Consortium. كلين إنفيكت ديس 2020 ؛ 71: 1367–76.

4 Loughlin L ، Hellyer TP ، White PL ، وآخرون. داء الرشاشيات الرئوي في المرضى الذين يشتبه في إصابتهم بالالتهاب الرئوي المرتبط بأجهزة التنفس الصناعي في وحدات العناية المركزة في المملكة المتحدة. آم J Respir Crit Care Med 2020 ؛ 202: 1125-1132.

5 Hage CA، Carmona EM، Evans SE، et al. ملخص للأطباء: الاختبارات المعملية الميكروبيولوجية في تشخيص الالتهابات الفطرية في ممارسة الرعاية الرئوية والحرجة. حوليات ATS 2019 ؛ 16: 1473-7.

6 ميتشل سي ، سيمنر بي جي. تسلسل الجيل التالي في علم الأحياء الدقيقة السريري: هل وصلنا إليه بعد؟ كلين لاب ميد 2019 ؛ 39: 405-18.

7 Liu X و Chen Y و Ouyang H وآخرون. تشخيص مرض السل عن طريق تسلسل الجيل التالي الميتاجينومي على سائل غسل القصبات الهوائية: تحليل مقطعي. إنت J إنفيكت ديس 2021 ؛ 104: 50-7.

8 صن تي ، وو إكس ، كاي واي ، وآخرون. تسلسل الجيل التالي من Metagenomic للتشخيص الممرض وإدارة المضادات الحيوية للالتهاب الرئوي الشديد المكتسب من المجتمع في البالغين الذين يعانون من نقص المناعة. الخلية الأمامية تصيب الميكروبيول 2021 ؛ 11: 661589.

9 دينغ إل ، ليو واي ، وو إكس ، وآخرون. تكشف علم الجينات الجينية الممرضة عن توقيعات ميكروبيوتا الرئة المميزة بين مرضى السل المؤكدين جرثوميًا والسلبيين. الخلية الأمامية تصيب ميكروبيول 2021 ؛ 11: 708827.

10 ديكسون RP ، شولتز مج ، فان دير بول تي ، وآخرون. تتنبأ جراثيم الرئة بالنتائج السريرية في المرضى المصابين بأمراض خطيرة. آم J Respir Crit Care Med 2020 ؛ 201: 555-63.

11 Hérivaux A و Willis JR و Mercier T وآخرون. تتنبأ جراثيم الرئة بداء الرشاشيات الرئوي الغازي ونتائجه في المرضى الذين يعانون من نقص المناعة. ثوراكس 2022 ؛ 77: 283-91.

12 ماندل إل إيه ، وونديرينك آر جي ، أنزويتو إيه وآخرون. جمعية الأمراض المعدية الأمريكية / جمعية الصدر الأمريكية توافق المبادئ التوجيهية بشأن إدارة الالتهاب الرئوي المكتسب من المجتمع عند البالغين. كلين إنفيكت ديس 200 ؛ 44 ملحق 2: S27-72.

13 وانج واي ، فان جي ، هوربي بي ، وآخرون. النتائج المقارنة للبالغين في المستشفى مصابين بعدوى فيروس الأنفلونزا الموسمية A أو B: تطبيق مقياس الفئة الترتيبي 7-. المنتدى المفتوح إنفيكت ديس 2019 ؛ 6: ofz053.

14 Chen X ، Ding S ، Lei C ، وآخرون. الدم وسوائل غسل القصبات الهوائية وتسلسل الجيل التالي من الجينوم في الالتهاب الرئوي. يمكن J تصيب Dis Med Microbiol 2020 ؛ 2020: 6839103.

15 Long Y و Zhang Y و Gong Y وآخرون. تشخيص تعفن الدم باستخدام الحمض النووي الخالي من الخلايا عن طريق الجيل التالي من تكنولوجيا التسلسل في مرضى وحدة العناية المركزة. أرش ميد ريس 2016 ؛ 47: 365–71.

For more information:1950477648nn@gmail.com