دراسة صيدلة الشبكة على التأثير الشبيه بالاستروجين من جليكوسيدات من Cistanche Deserticola

 

خلاصة

تستكشف هذه الدراسة الآلية المحتملة للآثار الشبيهة بالاستروجين منجليكوسيداتCistanche Deserticola(GCS)بناءً على صيدلة الشبكة مع البيانات النصية. مجموع40 مكونات نشطةمن GCs مع تأثيرات هرمون الاستروجين تم التنبؤ باستخدام قواعد البيانات مثلTCMSP, symmap, الخ, غرزة، وqsar.

تم استرداد المعلومات المستهدفة عن أمراض نقص الاستروجينGenecardsوأوممقواعد البيانات. تم فحص الأهداف الرئيسية ، وشبكة PPIشيد.اذهب إلى تحليل الإثراء الوظيفيوتحليل إثراء مسار KEGGأجريت لتحديد الأهداف الرئيسية والمسارات.

بالاقتران مع البيانات النصية الأولية ، تم إجراء تحليل الارتباط بين أهداف التنبؤ الدوائي للشبكة ومسار KEGG لزيادة الكشف عن آلية التأثير الشبيه بالاستروجين من GCs.

183 أهدافتم فحصها ، و1712 هدفتم اختيارها لأمراض نقص هرمون الاستروجين.

24 أهداف المفتاح الأساسيتم الحصول عليها.

أظهر Go Function و Kegg Treicment أن GCs تعمل بشكل رئيسي على العمليات البيولوجية مثل:

مستقبلات السيتوكين الربط

ملزمة مستقبلات هرمون الاستروجين

ملزمة لمستقبلات عامل النمو

نشاط المستقبلات النووية

ملزمة لمستقبلات الهرمونات النووية

نشاط مستقبلات هرمون الستيرويد

مستقبلات الهرمونات الربط

تشمل المسارات التنظيمية:

مسار إشارات عامل نخر الورم (TNF)

interleukin -17 (il -17) مسار الإشارة

عامل إظهار نقص الأكسجة -1 (HIF -1) مسار الإشارة

مسار إشارات هرمون الاستروجين

تم الكشف عن تغييرات التعبير الجيني في الكل24 أهداف أساسيةيستثنيMCL1وGCG. بما في ذلك الجينات المعبر عنها تفاضليًاAR, CASP8, ESR1, fos، وHMOX1. مجموع68 مسارات KEGGتم تحديدها ، معمسار إشارات هرمون الاستروجين, مسار إشارات المخيم، ومسار إشارات TNFكونه المسارات الرئيسية.

خاتمة

جليكوسيداتCistanche Deserticolaيمكن أن تمارس تأثيرات تشبه هرمون الاستروجين من خلال آلية "متعددة المكونات ، متعددة الأهداف ، متعددة المسارات". قد تكون هذه الآلية مرتبطة بتنظيم:

مسار إشارات هرمون الاستروجين

مسار إشارات المخيم

مسار إشارات TNF

 

 

 

حبوب استخراج cistanche الطبيعية بدلا مننفايات

whatsapp لنا لمزيد من التفاصيل

 

 

الكلمات الرئيسية

جليكوسيداتCistanche Deserticola

نفايات

علم الصيدلة الشبكة

transcriptomics

تحليل المفصل

 

هرمون الاستروجينهو هرمون أساسي في تطور الجهاز التناسلي للإناث والخصائص الجنسية الثانوية ، حيث يلعب دورًا مهمًا في تنظيم خصوبة المرأة والسمات الجنسانية [1]. بعد دخول انقطاع الطمث ، تعاني النساء من انخفاض في وظيفة المبيض ، مما يؤدي إلى انخفاض إنتاج هرمون الاستروجين ، والذي يسبب بدوره سلسلة من الحالات مثل هشاشة العظام ، تصلب الشرايين ، متلازمة انقطاع الطمث ، وأمراض القلب التاجية [2]. يمكن أن يخفف العلاج ببدائل الاستروجين التقليدية أو تقلل من الأعراض الناجمة عن نقص هرمون الاستروجين ، ولكن هذا العلاج قد يؤدي أيضًا إلى آثار جانبية محتملة [3]. وقد أظهرت الدراسات أن الاستخدام طويل الأجل للإستروجين قد يؤدي إلى تكاثر مفرط لبطانة الرحم ، الأورام الليفية الرحمية ، وتضخم الغدة الثديية ، من بين آثار ضارة أخرى. وبالتالي ، فإن البحث عن علاج فعال وآمن وعملي لتحسين مستويات هرمون الاستروجين المنخفض هو ذو أهمية كبيرة وقيمة [4].

الاستروجينات النباتية هي مواد قادرة على ممارسة نشاط شبيه بالإستروجين. إن بنيتها الجزيئية تشبه تلك التي يتمتع بها هرمون الاستروجين في الثدييات ، مما يمكّنهم من ربط مستقبلات هرمون الاستروجين على وجه التحديد وإنتاج آثار شبيهة بالاستروجين الخفيفة [5]. تشير الأبحاث إلى أن الاستروجينات النباتية لها تأثيرات دوائية مختلفة ، بما في ذلك مضادات الهضم وتغيير اضطرابات التمثيل الغذائي [6].

Cistanche Deserticolaهو جذع مجفف ، سمين مع أوراق متقشرة من مصنع orobanchaceaecistanche deserticola yc ma. إنه يحتوي على وظائف مثل تحديث الكلى يانغ ، وإثراء الجوهر والدم ، وترطيب الأمعاء لتخفيف الإمساك. ويستخدم عادة لعلاج نقص يانغ الكلى ، والجوهر ونقص الدم ، والعجز ، والعقم ، وجع وضعف الخصر والركبتين ، والإمساك الناجم عن جفاف الأمعاء [7]. أكدت الدراسات السابقة التي أجراها مجموعة الأبحاث أن إجمالي جليكوسيداتCistanche Deserticola(GCS) ، مع محتوى يزيد عن 60 ٪ من Echinacoside ، هي المكونات النشطة الرئيسية المسؤولة عن آثارها الشبيهة بالاستروجين. تزيد GCS بشكل كبير من معامل الرحم وارتفاع الخلايا الظهارية بطانة الرحم في الفئران غير الناضجة. أظهرت نتائج التحليل النسبي أن GCs تمارس آثارًا تشبه الاستروجين من خلال 2،953 جينات معبر عنها تفاضليًا ، تم تنظيم 1475 منها و 1،478 جينات تم تنظيمها. ترتبط هذه الجينات بشكل أساسي باستجابة هرمون الاستروجين ، والتنظيم الإيجابي لعمليات التمثيل الغذائي لمركب النيتروجين ، والعمليات التنموية ، وتنظيم العملية البيولوجية. يشاركون في المقام الأول فيمسار إشارات هرمون الاستروجين, مسار إشارات المخيم, مسار إشارات RAP1، ومسار إشارات MAPK [8-9].

يمكن لعلم صيدلة الشبكة التقليدي للطب الصيني (TCM) استكشاف آليات TCM في علاج المرض عن طريق فحص مكونات TCM ، والتنبؤ بالبروتينات المستهدفة للمكونات النشطة ، وتحليل مسارات الإشارة المشاركة في هذه البروتينات المستهدفة [10-12]. للكشف عن آلية التأثيرات الشبيهة بالاستروجين لـ GCS ، تستخدم هذه الدراسة تحليل المعلوماتية الحيوية بناءً على البيانات النصية السابقة للمجموعة للكشف عن الآلية الممكنة من خلالهاجليكوسيداتCistanche Deserticola تمارس آثار تشبه هرمون الاستروجين.

1. قواعد البيانات والبرامج التجريبية

TCMSP: http://lsp.nwu.edu.cn/tcmsp.php

symmap٪3a https٪3a٪2f٪2fwww.symmap.org

الخ: http://www.nrc.ac.cn:9090/etcm/

غرزة٪3a http٪3a٪2f٪2fstitch.embl.de٪2f

qsar: http://targetnet.scbdd.com٪ 2F

PubChem: https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov

uniprot٪3a http٪3a٪2f٪2fwww.uniprot.org٪2f

Genecards٪3a http٪3a٪2f٪2fwww.genecards.org٪2f

أومم٪3a https٪3a٪2f٪2fwww.omim.org٪2f

خيط٪3a https٪3a٪2f٪2fstring-db.org٪2f

كيج٪3a https٪3a٪2f٪2fwww.kegg.jp٪2f

يذهب٪3a http٪3a٪2f٪2fgeneontology.org٪2f

ص لغة: rx 64 3. 5.3 مع الحزم التالية:

فيندياجام

العد

clusterprofiler

org.hs.eg.db

رمز 2ID

بيرل سيناريو: addsymbol.pl

سيتوسكيب: الإصدار 3.7.1

 

2. الطرق التجريبية

2.1 التنبؤ الصيدلة الشبكة لآلية تشبه هرمون الاستروجين GCS

2.1.1 التنبؤ بأهداف المكونات النشطة الرئيسية لـ GCS

باستخدام تحليل UPLC/Q-TOF-MS ، تم تحديد 40 مركبًا مع نشاط دوائي يشبه الإستروجين [13]. تم البحث في هذه المركبات فيTCMSP, symmap، والخقواعد البيانات للعثور على أهداف جينية محتملة لكل مركب. بالإضافة إلى ذلك ، تم استيراد هياكل الابتسامات المركبة إلىغرزةوqsarقواعد البيانات لجمع الأهداف. تم دمج جميع الأهداف التي تم جمعها ، وتمت إزالة التكرارات للحصول على البروتينات المستهدفة المحتملة.

2.1.2 معلومات قاعدة البيانات المستهدفة تشبه هرمون الاستروجين

تم استخدام الكلمات الرئيسية "نقص هرمون الاستروجين" للبحث عن الأهداف ذات الصلة فيGenecardsوأوممقواعد البيانات.

2.1.3 بناء شبكة "المركب النشط - الهدف الأساسي - تشبه الإستروجين"

باستخدامفيندياجامحزمة في R ، تم رسم تقاطع الأهداف من كلا المصدرين كمخطط فين. تم استيراد بيانات تفاعل البروتين المرشح إلىCytoscape v3.9.1وتم تحديد الأهداف الأساسية. تم اختيار المركبات المقابلة للأهداف الأساسية ، وتم تحليل شبكة "المركب - الهدف الأساسي - تشبه الاستروجين" بصريًا وبناءها باستخدامCytoscape v3.9.1.

2.1.4 بناء شبكة PPI

تم استيراد المعلومات المستهدفة الأساسية إلىخيط database, selecting the species "Homo sapiens" and setting the confidence score to >0. 7 لبناء شبكة تفاعل البروتين البروتين (PPI). الالعدتم استخدام الحزمة في R لتحليل وتحديد أفضل 20 جينًا أساسيًا مع أعلى اتصال بين البروتينات المستهدفة الأساسية ، والتي تم تصورها.

2.1.5 GO GO تحليل الإثراء الوظيفي وتحليل إثراء مسار KEGG

بالنسبة للجينات المستهدفة الأساسية ، تم إجراء عمليات البحث عن قاعدة بيانات GO و KEGG باستخدام حزم Rorg.hs.eg.db, رمز 2ID، وclusterprofiler. تم تصور أفضل 20 مسارًا مع قيم P المصححة كرسومات بارية ، وتحليل التعليقات التوضيحية الوظيفية والمسارات المخصب من قبل الأهداف الأساسية لتأثيرات GCS التي تشبه هرمون الاستروجين.

2.2 التكامل مع البيانات النصية

2.2.1 تحليل الارتباط بين الأهداف المتوقعة والجينات النصية

نظرًا لأن الأنواع في تنبؤات صيدلة الشبكة هي إنسانية ، فقد تم تحويل الأهداف إلى جينات الفئران المتماثلة باستخدامHGNCعبر وظيفة "أدوات HCOP". تم تحليل مستويات التعبير للجينات التفاضلية بين مجموعة GCS ومجموعة التحكم في تسلسل transcriptomic [9].

 

2.2.2 تحليل الارتباط بين تنبؤات صيدلة الشبكة ومسارات KEGG transcriptomic

تم البحث في الجينات المستهدفة الأساسية التي تنبأت بها صيدلة الشبكة (تم تحويلها إلى جينات متماثلة الفئران) في قاعدة بيانات KEGG باستخدام حزم Rأشباه الموصلات الحيويةوclusterprofilerجنبا إلى جنب معid2symbol.plالسيناريو. تم تقييد الأنواع على "RNO" ، وتم فحص مسارات مع padjust <0. 05. تم إجراء تحليل Venn لتحديد مسارات متداخلة بين مسارات KEGG المخصب من خلال تنبؤات صيدلة الشبكة والتجارب النصية المتعلقة بتأثيرات GCS التي تشبه هرمون الاستروجين.