آليات الآثار الشبيهة بالاستروجين ل glycosides cistanche deferticola: رؤى من صيدلة الشبكة وعلم transcriptomics

3. النتائج التجريبية

3.1 نتائج تحليل صيدلة الشبكة

3.1.1 تحليل شبكة التأثيرات الشبيهة بالاستروجين للمكونات النشطة لـ GCS

تم تحليل ما مجموعه 40 مركبة في GCS (الجدول 1) باستخدامTCMSP, symmap, الخ, غرزة، وqsarقواعد البيانات. بعد إزالة التكرارات ، تم جمع 183 هدفا. منGenecardsوأوممتم استخدام قواعد البيانات ، "نقص هرمون الاستروجين" أو "مستويات الاستروجين المنخفضة" ككلمات رئيسية لاسترداد الأهداف المتعلقة بالأمراض. أدى الجمع بين الأهداف من كلا المصدرين وإزالة التكرارات إلى 1712 هدفًا للمرض.

استخدامCytoscape v3.9.1، تم تصور شبكة "المركب - الهدف" (CT) (الشكل 1). تضمنت الشبكة 223 عقدًا: 40 عقدًا تمثل المكونات النشطة لـ GCS و 183 عقد تمثل الأهداف ، متصلة بحواف 253. باستخدام منصة Venn Diagram Online ، أسفر تقاطع الجينات المستهدفة الخاصة بـ 40 GCS والجينات المستهدفة التي تشبه الاستروجين عن 72 جينات مستهدفة متداخلة "GCS-estrogen" (الشكل 2).

 

مكملات cistanche لخلل الجنسي الذكور

whatsapp لنا لمزيد من التفاصيل

 

 

 

 

 

 

 

3.1.2 فحص الأهداف الأساسية وتحليل شبكة PPI

تم تحليل المعلمات الطوبولوجية للشبكة (درجة ، مركزية بين ، والمركزية القريبة). واستخدمت القيم المتوسطة لهذه المعلمات كعتبات. تم اختيار الأهداف التي تلبي جميع معايير العتبة الثلاثة كأهداف أساسية للتأثيرات الشبيهة بالاستروجين من GCS. تم تحديد ما مجموعه 24 هدفا أساسيا. استخدامCytoscape v3.9.1، تم تصور شبكة "المركب - الهدف الأساسي - تشبه الاستروجين" (الشكل 3). بالإضافة إلى ذلك ، تم إنشاء شبكة PPI للأهداف الأساسية (الشكل 4).

 

3.1.3 GO GO FONFIRAL و KEGG PATH TRINERACTENT

من التحليل الوظيفي GO ، تم تحديد 35 إدخالات مهمة. استنادًا إلى القيم P المصححة ، تم اختيار أفضل 20 مسارًا (الشكل 6). وتشمل هذه الوظائف الجزيئية في المقام الأول مثل ربط مستقبلات السيتوكينات ، وربط مستقبلات هرمون الاستروجين ، وربط مستقبلات عامل النمو ، ونشاط المستقبلات النووية.

حدد تحليل إثراء مسار KEGG 83 مسارات إشارات كبيرة. تم تصور أفضل 20 مسارات ، تصنفها القيم p المصححة ، (الشكل 7). وشملت المسارات الرئيسية المتعلقة بالإستروجين:

مسار إشارات عامل نخر الورم (TNF)

interleukin -17 (il -17) مسار الإشارة

عامل إظهار نقص الأكسجة -1 (HIF -1) مسار الإشارة

مسار إشارات هرمون الاستروجين

تلعب هذه المسارات أدوارًا حرجة في الآثار الشبيهة بالاستروجين من GCS.

3.2 التكامل مع البيانات النصية

3.2.1 تحليل الارتباط بين الأهداف المتوقعة والبيانات النصية

باستخدامHGNCقاعدة البيانات ، تم تحويل الجينات المستهدفة 24 الأساسية التي تنبأت بها صيدلة الشبكة إلى جينات الفئران المتماثلة ، مما أدى إلى 31 جينًا. بعد إزالة التكرارات ، بقي 29 جينًا. بمقارنة البيانات النصية ، جميع الأهداف الأساسية الـ 29 (باستثناءMCL1وGCG) أظهرت تغييرات التعبير الجيني. وتظهر النتائج في الجدول 2.

3.2.2 تحليل الارتباط بين مسارات KEGG من علم صيدلة الشبكة وعلم النصوص

بعد تحويل الجينات المستهدفة الأساسية إلى جينات الفئران المتماثلة ، تم إجراء تحليل إثراء مسار KEGG. تم تحديد ما مجموعه 1 0 8 (مع padjust <0. 05) للجينات المستهدفة الأساسية. تم تحديد تحليل إثراء KEGG لبيانات التسلسل النصفي 107 مسارات (مع padjust <0.05). تظهر نتائج تحليل الارتباط بين صيدلة الشبكة وعلم النصوص في الشكل 8.

كان هناك 68 مسارًا متداخلًا ، بما في ذلك:

مسار إشارات هرمون الاستروجين

مسار إشارات المخيم

مسار إشارات TNF

شكلت المسارات المتداخلة أكثر من 60 ٪ من إجمالي المسارات.