الجزء 6: رسم خريطة للتفاعل اللاجينومي والترانسكريبتومي أثناء تكوين الذاكرة والاستدعاء في مجموعة إنغرام الحصينية

ali.ma@wecistanche.com

الرجاء النقر هنا للجزء 5

انقر ليمكن أن يحسن جذع القسطرة الذاكرة

مراجع

1. عوامل النسخ Alberini CM طويلة المدىذاكرةواللدونة متشابك. فيسيول. رؤيا 89 ، 1–46 (2014).

2. Josselyn SA، Köhler S & Frankland PW Finding the engram. نات. القس نيوروسسي 16 ، 521-534 (2015). [PubMed: 26289572]

3. الإثارة Albo Z & GräffJ Engram. الخلايا العصبية 101 ، 198-200 (2019). [PubMed: 30653932]

4. بو مينغ وآخرون. ما هوذاكرة؟ الوضع الحالي لـ engram. BMC Biol (2016). دوى: 10.1186 / ث 12915-016-0261-6

5. Guenthner CJ ، Miyamichi K ، Yang HH ، Heller HC & Luo L الوصول الجيني الدائم إلى الخلايا العصبية النشطة عابرًا عبر TRAP: إعادة التركيب المستهدفة غير النشطة. العصبون 78 ، 773-784 (2013). [PubMed: 23764283]

6. ديني كا وآخرون. حصينذاكرةيتم تعديل الآثار بشكل تفاضلي من خلال الخبرة والوقت وتكوين الخلايا العصبية للبالغين. نيورون 83 ، 189 - 201 (2014). [في النشر: 24991962]

7. راميريز إس وآخرون. خلق خطأذاكرةفي الحصين. علوم (80-.). 341 ، 819-824 (2013).

8. خلف يا وآخرون. إن إعادة تنشيط الخلايا العصبية التي يسببها الاستدعاء يساهم في الخوف البعيدذاكرةتوهين. علوم (80-.). 1242 ، 1239-1242 (2018).

9. Levenson JM & Sweatt JD آليات الوراثة اللاجينية فيذاكرةتشكيل - تكوين. نات. القس نيوروسسي 6 ، 108-118 (2005). [PubMed: 15654323]

10. Gräff J et al. التهيئة اللاجينية لـذاكرةالتحديث أثناء إعادة التوحيد لتخفيف ذكريات الخوف البعيدة. الخلية 156 ، 261-276 (2014). [PubMed: 24439381]

11. نجوين تا وآخرون. مقارنة وظيفية عالية الإنتاجية لأنشطة المروج والمعزز. جينوم ريس 26 ، 1023-1033 (2016). [PubMed: 27311442]

12. مالك آن وآخرون. تحديد الجينوم وتوصيف المعززات الوظيفية المعتمدة على النشاط العصبي. Nat Neurosci 17 ، 1330-1339 (2015).

13. Su Y et al. يعدل النشاط العصبي مشهد إمكانية الوصول إلى الكروماتين في دماغ البالغين. نات نيوروسسي 20 ، 476-483 (2017). [في النشر: 28166220]

14. Rajarajan P ، Gil SE ، Brennand KJ & Akbarian S تنظيم الجينوم المكاني والإدراك. نات. القس نيوروسسي 17 ، 681-691 (2016). [PubMed: 27708356]

15. ليبرمان - أيدن إي وآخرون. يكشف رسم الخرائط الشامل للتفاعلات طويلة المدى عن مبادئ قابلة للطي للجينوم البشري. علوم (80-.). (2009). دوى: 10.1126 / العلوم .1181369

16. Dekker J et al. مشروع النواة رباعية الأبعاد. طبيعة (2017). دوى: 10.1038 / nature23884

17. Yu M & Ren B المنظمة ثلاثية الأبعاد لجينوم الثدييات. Annu. القس الخلية ديف. بيول (2017). دوى: 10.1146 / annurevcellbio -100616-060531

18. Shlyueva D ، Stampfel G & Stark A معززات النسخ: من الخصائص إلى التنبؤات على مستوى الجينوم. نات. القس جينيه 15 ، 272-286 (2014). [في النشر: 24614317]

19. Nader K و Schafe GE و Le Doux JE تتطلب ذكريات الخوف تخليق البروتين في اللوزة من أجل إعادة التجميع بعد الاسترجاع. الطبيعة (2000). دوى: 10.1038 / 35021052

20. Rao-Ruiz P et al. التنميط النصي الخاص بـ Engram الخاص بالسياقذاكرةالدمج. نات. كومون (2019). دوى: 10.1038 / ثانية 41467-019-09960- x

21. هالدر آر وآخرون. تصاحب تغيرات مثيلة الحمض النووي في جينات اللدونة تكوين الذاكرة والحفاظ عليها. نات. نيوروسسي. 19 ، 102-110 (2015). [PubMed: 26656643]

22. Park CS ، Rehrauer H & Mansuy IM التحليل الشامل للجينوم لأسيتيل H4K5 المرتبط بالخوفذاكرةفي الفئران. علم الجينوم BMC (2013). دوى: 10.1186 / 1471-2164-14-539

23. Kim T et al. نسخ واسع النطاق في معززات تنظيم النشاط العصبي. طبيعة 465 ، 182-187 (2010). [PubMed: 20393465]

24. Vierbuchen T et al. AP -1 عوامل النسخ وتحديد محسن BAF المركب الوسيط المعتمد على الإشارة. مول. الخلية 68 ، 1134-1146 هـ 6 (2017). [PubMed: 29225033]

25. Weintraub AS et al. YY1 عبارة عن منظم هيكلي لحلقات المحسن والمروج. الخلية 171 ، 1573-1588 / 28 (2017). [في النشر: 29224777]

26. Bonev B et al. إعادة توصيلات الجينوم متعدد النطاقات ثلاثية الأبعاد أثناء التطوير العصبي للماوس. الخلية 171 ، 557-572.e24 (2017). [في النشر: 29053968]

يمكن أن يحسن cistanche الذاكرة

27. Fernandez-Albert J et al. التواقيع اللاجينومية الفورية والمؤجلة للتنشيط العصبي في الجسم الحي في قرن آمون الماوس. نات. نيوروسسي (2019). دوى: 10.1038 / ثانية 41593-019-0476-2

28. Yamada T et al. التجربة الحسية تعيد تشكيل بنية الجينوم في الدائرة العصبية لدفع التعلم الحركي. الطبيعة (2019). دوى: 10.1038 / ثانية 41586-019-1190-7

29. Schoenfelder S et al. الدوائر التنظيمية متعددة القدرات التي تربط المروجين بعناصرها المتفاعلة بعيدة المدى. الدقة الجينوم. 25 ، 582-597 (2015). [في النشر: 25752748]

30. Sanyal A، Lajoie BR، Jain G & Dekker J مشهد التفاعل بعيد المدى للمروجين الجيني. طبيعة (2012). دوى: 10.1038 / nature11279

31. Joo JY ، Schaukowitch K ، Farbiak L ، Kilaru G & Kim TK وظيفة اندماجية خاصة بمحفزات c-fos العصبية. نات. نيوروسسي (2015). دوى: 10.1038 / nn.4170

32. Jaeger BN et al. يتنبأ توقيع نسخي جديد مستحث بالبيئة بالتفاعل في الخلايا العصبية الحبيبية المسننة المفردة. نات. كومون (2018). دوى: 10.1038 / ثانية 41467-018-05418-8

33. Tyssowski KM et al. تحفز أنماط النشاط العصبي المختلفة برامج التعبير الجيني المختلفة. نيورون (2018). دوى: 10.1016 / j.neuron.2018.04.001

34. Gaidatzis D ، Burger L ، Florescu M & Stadler MB تحليل القراءات intronic و exonic في بيانات RNA- seq يميز التنظيم النسخي وما بعد النسخ. نات. Biotechnol (2015). دوى: 10.1038 / nbt.3269

35. Chandra D et al. مستقبلات GABAA 4 تتوسط تثبيط خارج المشبكي في المهاد والتلفيف المسنن وعمل الجابوكسادول. بروك. ناتل. أكاد. علوم (2006). دوى: 10.1073 / المقالي .0604304103

36. Pignatelli M et al. تحدد حالة استثارة خلية Engram فعالية استرجاع الذاكرة. Neuron 101 ، 274-284.e5 (2019). [PubMed: 30551997]

37. صن إكس وآخرون. مجموعات عصبية مميزة وظيفيًا داخل ذاكرة Engram. سيل (2020). دوى: 10.1016 / j.cell.2020.02.055

38. Yuan A & Nixon RA الأدوار المتخصصة لبروتينات الخيوط العصبية في نقاط الاشتباك العصبي: الصلة بالاضطرابات العصبية والنفسية. نشرة أبحاث الدماغ (2016). دوى: 10.1016 / j.brainresbull.2016.09.002

39. Bramham CR & Wells DG Dendritic mRNA: النقل والترجمة والوظيفة. نات. القس نيوروسسي 8 ، 776-789 (2007). [في النشر: 17848965]

40. Choi JH et al. تكمن وراء الخرائط المتشابكة الأقاليمية بين خلايا engramذاكرةتشكيل - تكوين. علوم (80-.). (2018). دوى: 10.1126 / science.aas9204

41. شي SH وآخرون. توصيل سريع للعمود الفقري وإعادة توزيع مستقبلات AMPA بعد تنشيط مستقبلات NMDA المشبكية. علوم (80-.). (1999). دوى: 10.1126 / العلوم .284.5421.1811

42. Ostroff LE و Fiala JC و Allwardt B & Harris KM Polyribosomes يعيدون التوزيع من مهاوي شجيري إلى أشواك مع مشابك متضخمة أثناء LTP في تطوير شرائح حصين الفئران. نيورون (2002). دوى: 10.1016 / جنوب 0896-6273 (02) 00785-7

43. Chung SH et al. يلعب Zac1 دورًا رئيسيًا في تطوير مجموعات فرعية معينة من الخلايا العصبية في مخيخ الفأر. ديف العصبية (2011). دوى: 10.1186 / 1749-8104-6-25

44. رافاسي تي وآخرون. أطلس لتنظيم النسخ الاندماجي في الفأر والرجل. الخلية (2010). دوى: 10.1016 / j.cell.2010.01.044

45. Schlisio S ، Halperin T ، Vidal M & Nevins JR Interaction ofYY1 مع E2Fs ، بوساطة RYBP ، يوفر آلية لخصوصية وظيفة E2F. EMBO J 21 ، 5775-5786 (2002). [في النشر: 12411495]

46. ​​Korb E ، Wilkinson CL ، Delgado RN ، Lovero KL & Finkbeiner S Arc في النواة ينظم نسخ GluA1 المعتمد على PML واللدونة المتجانسة. نات. نيوروسسي (2013). دوى: 10.1038 / nn.3429.00

47. بريكيت إيه آر وآخرون. يكشف التحليل على مستوى الجينوم والأليل الأبوي الخاص بـ CTCF وربط الحمض النووي المترابط في دماغ الفأر عن نمط ربط خاص بالأنسجة وعلاقة مع مناطق ميثلة تفاضلية مطبوعة. جينوم ريس 23 ، 1624–1635 (2013). [PubMed: 23804403]

48. Kinde B و Wu DY و Greenberg ME و Gabel HW مثيلة الحمض النووي في جسم الجين تؤثر على MeCP 2- الوسيط في قمع الجينات. بروك. ناتل. أكاد. الخيال 113 ، 15114-15119 (2016). [PubMed: 27965390]

49. Buenrostro JD و Giresi PG و Zaba LC و Chang HY و Greenleaf WJ تبديل الكروماتين الأصلي من أجل التنميط اللايجيني السريع والحساس للكروماتين المفتوح والبروتينات المرتبطة بالحمض النووي وموضع الجسيم النووي. نات. الطرق 10 ، 1213-1218 (2013). [في النشر: 24097267]

50. Langmead B & Salzberg SL محاذاة سريعة للقراءة مع Bowtie 2. Nat. الطرق (2012). دوى: 10.1038 / نميث 1923

51. Li H et al. تنسيق محاذاة التسلسل / الخريطة وأدوات SAMtools. المعلوماتية الحيوية (2009). دوى: 10.1093 / المعلوماتية الحيوية / btp352

52. Zhang Y et al. التحليل القائم على النموذج لـ ChIP-Seq (MACS). جينوم بيول (2008). دوى: 10.1186 / غيغابايت -2008-9-9- r137

53. Stark R & Brown G DiffBind: تحليل الربط التفاضلي لبيانات ذروة ChIP-Seq. الدقة السرطان (2011). دوى: 10.1093 / nar / gkv1191

54. Robinson MD & Oshlack AA طريقة تطبيع القياس لتحليل التعبير التفاضلي لبيانات RNA-seq. جينوم بيول (2010). دوى: 10.1186 / غيغابايت -2010-11-3- r25

55. Thorvaldsdóttir H، Robinson JT & Mesirov JP Integrative Genomics Viewer (IGV): تصوير واستكشاف بيانات الجينوميات عالية الأداء. مختصر. Bioinform (2013). دوى: 10.1093 / مريلة / bbs017

56. اكتشاف حالة الكروماتين Ernst J & Kellis M وشرح الجينوم باستخدام ChromHMM. نات. بروتوك 12 ، 2478 - 2492 (2017). [في النشر: 29120462]

57. Benner C، Heinz S & Glass CK HOMER - برنامج لاكتشاف الحوافز والجيل التالي من تحليل التسلسل. http://Homer.Ucsd.Edu/ (2017).

58. Schep AN et al. تتيح بصمات النيوكليوزوم المهيكلة رسم خرائط عالية الدقة لبنية الكروماتين داخل المناطق التنظيمية. جينوم ريس (2015). دوى: 10.1101 / غرام .192294.115

59. Heinz S et al. مجموعات بسيطة من عوامل النسخ المحددة للنسب العناصر التنظيمية الأساسية لرابطة الدول المستقلة المطلوبة للبلاعم وهويات الخلايا البائية. مول. الخلية (2010). دوى: 10.1016 / j.molcel.2010.05.004

60. Trapnell C et al. تحليل التعبير الجيني والنسخ التفاضلي لتجارب RNA-seq مع TopHat و Cufflinks. نات. بروتوك (2012). دوى: 10.1038 / nprot.2012.016

61. Robinson MD ، McCarthy DJ & Smyth GK edgeR: حزمة Bioconductor لتحليل التعبير التفاضلي لبيانات التعبير الجيني الرقمي. المعلوماتية الحيوية (2009). دوى: 10.1093 / المعلوماتية الحيوية / btp616

62. Nagano T et al. خلية مفردة Hi-C للكشف على مستوى الجينوم عن تفاعلات الكروماتين التي تحدث في وقت واحد في خلية واحدة. نات. بروتوكول 10 ، 1986-2003 (2015). [PubMed: 26540590]

63. Wingett SW et al. HiCUP: خط أنابيب لرسم خرائط ومعالجة بيانات Hi-C. F1000Research (2015). دوى: 10.12688 / f1000research.7334.1

64. كيرنز جيه وآخرون. شيكاغو: اكتشاف قوي لتفاعلات حلقات الحمض النووي في بيانات Capture Hi-C. جينوم بيول 17 ، 1-17 (2016). [PubMed: 26753840]

65. Kagey MH et al. يربط الوسيط و cohesin التعبير الجيني وعمارة الكروماتين. الطبيعة (2010). دوى: 10.1038 / nature09380

التين. 1. التحديد الزماني والمكاني لخلايا engram المنشطة والمعاد تنشيطها.

(أ) تمثيل تخطيطي للتصميم التجريبي. تعرضت فئران TRAP في البداية إلى تدريب تم فيه إقران محفز مشروط (سياق) وغير مشروط (صدمة القدم ، FS) معًا خلال نافذة قصيرة من 4- تعرض هيدروكسيتاموكسيفين (TAM). تم فرز أربعة مجموعات عصبية مختلفة (Basal ، المنشط - مبكرًا ، المنشط - المتأخر ، وإعادة التنشيط) بواسطة مقياس التدفق الخلوي وخضعت لإعداد مكتبة لـ nRNA-seq و ATAC- seq و Hi-C و pc-HiC.

(ب) الصور التمثيلية (DG) وتقديرات الحصين الكاملة لـ eYFP بالإضافة إلى الخلايا العصبية بعد علاج TAM في القفص المنزلي (ساذج ،=4 الفئران / 6 شرائح لكل حيوان) ، 1.5 ساعة (منشط - مبكر ، ن {4 }} الفئران / 4 شرائح لكل حيوان) و 5 أيام (نشط – متأخر ، عدد=4 الفئران / 8 شرائح لكل حيوان) بعد التعرض بعد FS. يمثل شريط المقياس 200 ميكرومتر. يشير الرسم النقطي إلى أشرطة المتوسط ​​والخطأ (SEM) ، ANOVA أحادي الاتجاه (حدودي ، غير مزدوج) ، F (2 ، 70)=240. 3 ، P<0.0001. bonferroni's="" multiple="" comparisons="" test;="" hc="" vs.="" early="" ***p="0.0007," hc="" vs.="" late****p="" <="" 0.0001,="" early="" vs.="" late="" ****p="" <="">

(ج) تحديد كمية الخلايا العصبية المتأخرة والمنشطة في الحُصين في مجموعتين تجريبيتين ؛ CFC مع (CFC plus TAM ، n 0} الفئران / 8 شرائح لكل حيوان) أو بدون (CFC NO-TAM ، n=4 فئران / 6 شرائح لكل حيوان) عقار تاموكسيفين. يشير الرسم النقطي إلى أشرطة المتوسط ​​والخطأ (SEM) ، اختبار t للطالب غير المزاوج على الوجهين ، المنشط - متأخر ؛ t =25. 65، df =47 ، مُعاد تنشيطه ؛ t =11. 00 ، df =52 ، **** P <>

(د) الصور التمثيلية والقياسات الكمية من مناطق مختلفة من الحصين. تم تحليل عدد النوى الإيجابية باستخدام IMARIS (انظر الطرق) من DG و CA1 و CA3. يمثل شريط المقياس 1 0 0 ميكرومتر. عدد=5 الفئران / المُنشَّط - مبكرًا: 6 شرائح لكل حيوان ، عدد=6 الفئران / المتأخرة المُفعَّلة: 6 معاد التنشيط: 6 شرائح لكل حيوان. يشير الرسم النقطي إلى أشرطة المتوسط ​​والخطأ (SEM) ، ANOVA أحادي الاتجاه (حدودي ، غير مزدوج) ، مبكر ؛ ف (2 ، 42)=13 .46. متأخر؛ ف (2 ، 95)=556 .3. منشط ف (2 ، 89)=83 .53. كل Ps <0.0001. اختبار="" المقارنات="" المتعددة="" من="" bonferroni="" ،="" *="" p="0." 029،="" **="" p="0." 0075،="" ***="" p="0." 0009،="" ****="">< 0.0001.="" (e)="" valuation="" of="" context="" effects="" on="" the="" number="" and="" the="" distribution="" of="" hippocampal="">ذاكرةآثار.

(و) الكميات من الخلايا العصبية المتأخرة والمنشطة المعاد تنشيطها في AB (عدد=6 الفئران / 6 شرائح لكل حيوان) ، مقارنة بمجموعة AA (عدد=5 الفئران / 6 شرائح لكل حيوان). يشير الرسم النقطي إلى أشرطة المتوسط ​​والخطأ (SEM) ، واختبار t غير المزاوج للطالب على الوجهين ، و Activated –late ؛ t =0. 08292، df =59، P=0. 9342. منشط ر =8. 385 ، مدافع =57 ، **** ص< 0.0001.n.s="">

الشكل 2. مشهد إمكانية الوصول إلى الكروماتين أثناء تكوين الذاكرة والاستدعاء.

(أ) تظهر المناطق التفاضلية التي يمكن الوصول إليها (DAR) في مخطط بركان (مقارنات زوجية ، FDR <0. 01="" ؛="" أضعاف="" التغييرات=""> 1.5) ، ن=3 عينات مستقلة بيولوجيًا. (ب) تحليل المنطقة المشتركة المكتسبة - التي يمكن الوصول إليها (المستقرة) ، المكتسبة بعد 90 دقيقة من الخدمة الثابتة (المنشط - مبكرًا) ، والتي تظل متاحة في حالة التوحيد المتأخرة (المنشط - اللاحق) والاستدعاء (معاد التنشيط). لم يتم النظر في DARs المستقرة المتداخلة إلا إذا ظهرت في نسختين بيولوجيتين على الأقل في حالة معينة.

(ج) مسارات مستعرض الجينوم IGV التمثيلية لموضع القوس.

(د) تحليل الشروح (أدوات هومر) لجميع التوصيات. تشير الأرقام الموجودة على المحور y إلى قيم نسبة Log2 للمواضع المرصودة (عدد DARs) فوق المتوقع (الحجم الإجمالي (bp)) لـ TTS والإكسونات والإنترونات والجينات والمروجين. تم حساب القيمة P بواسطة HOMER

أدوات؛ القاعدي مقابل المنشط - مبكرًا (Intergenic * P=1. 73 × 10−103) ، تم تنشيطه مبكرًا مقابل التنشيط -late (TTS * P=0. 0339 ، المروج * P {{9} } .48 × 10−39) ، تنشيط -late مقابل معاد تنشيطه (المروج * P=2. 48 × 10−6) ، مستقر (Intergenic * P=0. 0358).

(هـ) حالات انبعاث تعديل هيستون (يسار) وعروض تحليل التخصيب على الانبعاثات باستخدام ChromHMM. مقياس إثراء الطي (FE) {{0}} - 30. تم تحديد قيمة p و p بواسطة قيمة z -score (كما تم حسابه في Extended Data Figure. 2c) ، تم الإبلاغ عن التحليل الكامل في الجدول الإضافي 3. * P <0.00001 ،="" تم="" الإبلاغ="" عنها="" فقط="" للقيم="" المخصبة="" (غير="">

(و) رقاقة- qPCR. تم ترسيب العينات بأجسام مضادة ضد H3K27ac أو H3K4me1 وتعرضت لـ PCR في الوقت الحقيقي مع مجموعتين من البادئات لمحسنات مفترضة محددة. H3K27ac: n=4 ، H3K4me1 n=3 ، يشير الرسم النقطي إلى أشرطة المتوسط ​​والخطأ (SEM) ، ANOVA أحادي الاتجاه (حدودي ، غير مقترن) مع اختبار مقارنات Dunnett المتعددة ، المحسن 1 ؛ H3K27ac - F (3، 12)=4. 664، P=0. 0 2 ، (Basal vs Activated-late * P=0. 0246 ، Basal مقابل معاد تنشيطه * P=0. 0232) ، H3K4me 1 - ف (3 ، 8)=0. 845 ، صفحة=0. 506. محسن 2 ؛ H3K27ac - F (3، 12)=5. 221، P=0. 0155، (Basal vs. Activated -late ** P=0. 0059)، H3K4me 1 - ف (3 ، 8)=1. 719 ، ص=0 .24. محسن 3؛ H3K27ac - F (3، 12)=29. 91، P <0.0001، h3k4me="" 1="" -="" f="" (3،="" 8)="10." 39،="" p="0." 0039،="" (="" تم="" تنشيط="" basal="" مقابل="" التنشيط="" -="" مبكرًا="" *="" p="0." 0298،="" basal="" vs.="" activated="" -late="" **="" p="0." 0021="" ،="" basal="" مقابل="" مُعاد="" تنشيطه="" **="" p="0." 0063).="" محسن="" 4="" ؛="" h3k27ac="" -="" f="" (3،="" 12)="6." 273،="" p="0." 0083،="" (basal="" vs.="" activated="" -late="" **="" p="0." 007،="" basal="" vs.="" إعادة="" تنشيط="" *="" p="" {="" {102}.="" 0152)="" ،="" h3k4me="" 1="" -="" f="" (3،="" 8)="9." 901،="" p="0." 0045="" ،="" (basal="" vs.="" المعاد="" تنشيط="" **="" p="0">

الشكل 3. حجرة فرعية التبديل عبر مراحل مختلفة منذاكرةالتشكيل والاستدعاء.

(أ) تمثل خريطة حرارة الارتباط Hi-C تجزئة chr6 للخلايا القاعدية ، المنشَّطة - المبكرة والمفعَّلة - الصفيحة. تم حساب المقصورات بواسطة Juicer بدقة 500 كيلو بايت (تمت ملاحظتها - طبيعية طبيعية).

المنشط - اللاحق). تم التفكير في تبديل المقصورة فقط إذا تم تحويل قيمة سالبة إلى قيمة موجبة والعكس صحيح.

(ج) الصور التمثيلية من متصفح IGV التي تعرض تبديلًا ثابتًا للمقصورة من A إلى B (اللوحة العلوية) ومن B إلى A (اللوحة السفلية) عبر مختلفذاكرةالمراحل.

(د) تحليل التداخل بين DARs في المرحلة المبكرة (القاعدية مقابل المنشط - مبكرًا) ومقصورة التبديل الثابتة. يُظهر مخطط Venn الأيسر DARs المكتسبة والمقصورة الثابتة التي تم تبديلها من B إلى A.

(هـ) رسم توضيحي لمفتاح المقصورة الناجم عن النشاط وتفاعلات معززات محددة.

الشكل 4. المروجين يتفاعلون بشكل متكرر أكثر مع مجموعة فرعية مميزة من المعززات أثناء كل منها

(أ) تمثل Heatmap درجة التفاعل كما حددتها شيكاغو ، لكل مجموعة سكانية. القاعدية: n=3 ، مُنشَّط-مبكرًا ، مُنشَّط -لته مُعاد تنشيطه: n=4 عينات مستقلة بيولوجيًا.

(ب) تُظهر مخططات الكمان التوزيع والشدة (مقياس log1 0) للتفاعل الذي كان فريدًا أو مشتركًا من قبل 3 مجموعات على الأقل (مشتركة). ANOVA أحادي الاتجاه (حدودي ، غير مزدوج) ، F (4 ، 57922)=2364 ، P <0. 0001.="" اختبار="" المقارنات="" المتعددة="" من="" bonferroni="" ،="" ns="غير" مهم="" (p="0." 7659)="" ،="" *="" p=""><>

(ج) تواتر تفاعل المروج-المحسن كما تم قياسه بواسطة 3C-qPCR للمواقع المختارة. أربع مجموعات من البادئات تشمل التفاعل بين محسن المروج (P / E) ، وثلاث مواضع عشوائية داخل الحلقة (P / Ein) ، خارج الحلقة (P / Eout) ، وعلى المروج (P / Pin).

تم تطبيع القراءات لقيم تفاعل المروج-المحسن لجين التدبير المنزلي أكتين. n=3 عينات مستقلة بيولوجيًا. يتم تقديم البيانات على أنها قيم متوسطة مع أشرطة خطأ تشير إلى SEM ، ANOVA ثنائي الاتجاه. Eif3d. السكان × موقع التفاعل (F

(9، 32)=1. 917، P =0. 0 851) ، تأثير موقع التفاعل فقط (F (3 ، 32)=22. 64، P < 0.0001).="" grik3.="" عدد="" السكان="" ×="" موقع="" التفاعل="" f="" (9="" ،="" 32)="0" .1716.="" اختبار="" المقارنات="" المتعددة="" لـ="" bonferroni="" ،="" p="" e="" basal="" مقابل="" المعاد="" تنشيطه="" **="" p="0.">

(د) أحداث فتيلة تمثيلية لموضع Eif5a. يتتبع متصفح IGV Genome الذي يعرض ديناميكيات إمكانية الوصول إلى الكروماتين (المسارات الملونة) على المروج (المستطيل الرمادي) والمحسنات (المستطيل الأزرق). تقدم مسارات متصفح WashU تفاعلًا معززًا ومُحسِّنًا كبيرًا عبر الأقواس (أرجواني - قاعدي ، أخضر فاتح - نشط - مبكرًا ، أخضر داكن - مُنشَّط - متأخر ، وبرتقالي - مُعاد تنشيطه).

التين. 5. توقيع نسخي لخلايا انجرام المعاد تنشيطها

(أ) يظهر التحليل الزوجي لـ DEGs من فئران مصيدة الحصين التي تعرضت لمركبات الكربون الكلورية فلورية في مخطط بركان (FDR<0.01; log2fc="" >="" 2).="" n="3" biologically="" independent="">

unpaired) ، متبوعًا باختبار Bonferroni للمقارنة المتعددة. Dw – Late؛ F (3، 1 0 32)=42. 19، Up-Late ؛ F (3 ، 28 0)=752. 5 ، مستقر ؛ F (3 ، 764)=92. 28 ، إعادة التنشيط ؛ ف (3 ، 1744) =597 .4. كل Ps <0.0001. اختبار="" المقارنات="" المتعددة="" ،="" ns="غير" مهم="" ،="" ***="" p=""><0.0001. (د)="" تحليل="" علم="" الجينات="" (go)="" (toppfun)="" لـ="" degs="" التي="" تم="" تحديدها="" في="" كل="" مجموعة.="" (هـ)="" degs="" التمثيلية="" من="" كل="" مجموعة.="" يتم="" تقديم="" log2fc="" من="" الحالة="" القاعدية="" في="" ثلاث="" مكررات="" بيولوجية.="" يمثل="" الخط="" المتوسط="" ​​المحسوب.="" n="3" عينات="" مستقلة="" بيولوجيًا="" ،="" anova="" أحادية="" الاتجاه="" (حدودي="" ،="" غير="" مقترنة)="" مع="" اختبار="" مقارنات="" دنيت="" المتعددة="" ،="" ns="غير" مهم.="" جاد="" 1="" ف="" (3="" ،="" 8)="4." 387="" ،="" ص="0." 04.="" *="" p="0." 0268.="" جبرب="" 3="" ؛="" ف="" (3="" ،="" 8)="6." 184="" ،="" ص="0." 0177.="" *="" p="0." 0441.="" راحة؛="" ف="" (3="" ،="" 8)="23." 23="" ،="" ف="0." 0003.="" ***="" p="0." 0268.="" map4k4="" ؛="" ف="" (3="" ،="" 8)="6." 244="" ،="" ص="0." 0172.="" *="" p="0." 0151.="" nefl؛="" f="" (3،="" 8)="12." 06،="" p="0." 0024.="" **="" p="0." 0059،="" **="" p="0." 0014.="" نفح.="" ف="" (3="" ،="" 8)="21." 50="" ،="" ف="0." 0003.="" *="" p="0." 016="" ،="" ***="" p="0." 0008="" ،="" ***="" p="0." 0002.="" عيف="" 5="" أ.="" ف="" (3="" ،="" 8)="8." 482="" ،="" ص="0." 0072.="" **="" p="0." 004.="" eif4h.="" ف="" (3="" ،="" 8)="26." 58="" ،="" p="0." 0002.="" ***="" p="0.">

يمكن أن يحسن cistanche الذاكرة

(و) الصور التمثيلية والتقدير الكمي لمستويات بروتين Eif4e من المنشط -في وقت مبكر ، والنشّط -النشط ، والمعاد تنشيطه. للتقدير الكمي ، تم بناء سطحين منفصلين على نظام IMARIS ؛ خلية سوما ورمح شجيري. تم قياس عدد نقاط Eif4e فقط في حدود تلك الأسطح. يتم تقديم بيانات العمود الشجيري كنسبة بين الرقم والطول (ميكرومتر). يمثل شريط المقياس 10 ميكرومتر. n=4 الفئران / 5 أقسام لكل حيوان ، يشير boxplot إلى المتوسط ​​والمدى الربيعي والحد الأدنى والحد الأقصى ، ANOVA أحادي الاتجاه (حدودي ، غير مزدوج) ، رمح ؛ ف (2 ، 28)=5. 113 ، ص =0. 0128. سوما. ف (2 ، 43)=3. 026 ، ص =0. 0589. اختبار المقارنات المتعددة Bonferroni ؛ الفتحة؛ مُنشَّط - مُبكرًا مقابل مُعاد تنشيطه * P=0. 0324 ، مُنشَّط-متأخر مقابل مُعاد تنشيطه * P=0. 0324

(ز) الصور التمثيلية (اللوحة اليسرى) والقياس الكمي (اللوحة اليمنى) لمستويات بروتين Gria1 ، خلال مراحل مختلفة منذاكرة. تم تحليل ثلاث مجموعات من الخلايا العصبية (المنشط - مبكرًا ، النشط - اللوح ، والمعاد تنشيطه) ، بناءً على النشاط المناعي لـ eYFP والقوس الداخلي. للتقدير الكمي ، تم بناء أسطح MARIS على العمود التغصني وتم قياس عدد GRIA1 نقطة فقط في حدود السطح (<1μm threshold).="" data="" is="" presented="" as="" a="" ratio="" between="" several="" puncta="" and="" the="" shaft="" length.="" the="" scale="" bar="" represents="" 10="" μm.="" n="4" mice="" section="" per="" animal,="" boxplot="" indicates="" the="" mean,="" interquartile="" range,="" and="" the="" minimum="" and="" maximum,="" one-way="" anova,="" f="" (2,="" 16)="15.22," p="0.0002." bonferroni's="" multiple="" comparisons="" test,="" **p="0.002," ***p="">

الشكل 6. إعادة البرمجة المتسلسلة لإمكانية الوصول إلى الكروماتين ، والتفاعلات المُحسِّن والمُحسِّن و

تُظهر الرسوم البيانية الخطية لكل مجموعة K-mean متوسط ​​(مقياس السجل 2) لـ (أ) التغييرات النسخية (القيم p كما ورد في الشكل 5 ج ، يعني n=3 عينات مستقلة بيولوجيًا) (ب) إمكانية الوصول إلى الكروماتين ( قيم RPKM الطبيعية ، متوسط ​​عدد n=3 من العينات المستقلة بيولوجيًا) و (ج) درجات تفاعل المُحسِّن-المُحسِّن (وفقًا لحساب شيكاغو ، يعني الأساسي: n=3 ، مُنشَّط مبكرًا ، مُنشَّط - متأخِّر ومُعاد تنشيطه : n=4 عينات مستقلة بيولوجيًا) مقاييس متكررة ANOVA أحادية الاتجاه (بين المجموعات).

638.7. مستقر؛ ف (2.437، 45 0 4)=717 .9. تنشيط [عامة] ف (2.434 ، 8481) {{1 0}. جميع Ps <0. 0001.="" درجات="" التفاعل="" dw-="" متأخر="" ف="" (2.833="" ،="" 7054)="46." 86.="" حتى="" وقت="" متأخر؛="" ف="" (2.94="" ،="" 5442)="14" .87.="" مستقر؛="" ف="" (2.91="" ،="" 5702)="21" .5.="" تنشيط="" [عامة]="" ف="" (2.="" 86="" ،="" 11188)="44" .94.="" كل="" ps=""><0.0001. اختبار="" المقارنات="" المتعددة="" من="" bonferroni="" ،="" ***="" p=""><>

(دي) توصيف إثراء الحافز على المعززات المتفاعلة ، في كل مجموعة. تم استخدام ChromHMM لبناء حالات الانبعاث باستخدام قاعدة بيانات HOEMR الخاصة بالعناصر (Egr1 ، Ap1 ، Slug ، Plagl1 ، Hic2 ، Rest ، CTCF ، Yy1 ، Mecp2) وبيانات ChIP-seq المنشورة مسبقًا (Ap 1- Junb12 ، CTCF47 ، Mecp248). تم تحديد أربع حالات على أنها 1) تحكم - أخذ عينات عشوائية من الجينوم ، 2) مثبطات قوية 3) ثنائية التكافؤ 4) منشط قوي. مقياس التخصيب المطوي (FE)

0.15–20.