يكشف تحليل بيانات التسلسل من الجيل التالي المشروحة جيدًا عن حالات متزايدة من الإصابة مرة أخرى بـ SARS-CoV-2 باستخدام Omicron

لقد تحور فيروس SARS-CoV-2 على نطاق واسع مما أدى إلى ظهور متغيرات مثيرة للقلق (VOC) مما أدى إلى زيادة كبيرة في العدوى على مستوى العالم. يعيد Omicron VOC إصابة الأفراد الذين تعرضوا لمتغيرات سابقة من SARS CoV-2 بتردد أعلى مما شوهد سابقًا بالنسبة للمركبات العضوية المتطايرة غير Omicron. يكشف تحليل السلالات الفرعية المرتبطة بعدوى Omicron الأولية وإعادة الإصابة بـ Omicron أن حدوث حالات الإصابة مرة أخرى بـ Omicron-Omicron يحدث خلال فترة زمنية أقصر مما شوهد بعد الإصابة الأولية بمركبات عضوية متطايرة غير Omicron. يشير تحليلنا إلى أن عدوى واحدة من SARS-CoV-2 قد لا تولد المناعة الوقائية المطلوبة للدفاع ضد حالات الإصابة مرة أخرى من سلالات أوميكرون الناشئة. أصبح هذا التحليل ممكنًا بفضل تسلسل الجيل التالي (NGS) لمجموعة دنماركية تحتوي على بيانات وصفية سريرية عن كلتا العدوى التي تحدث في نفس الفرد. نقترح أن استمرار فيروس كورونا المستجد (COVID-19 NGS وإدراج البيانات الوصفية السريرية أمر ضروري لضمان المراقبة الفعالة لجينوميات فيروس السارس CoV-2 والمساعدة في تطوير العلاج واللقاحات وتوجيه توصيات الصحة العامة.

cistanche tubulosa-تحسين الجهاز المناعي

حددت منظمة الصحة العالمية خمسة أنواع مثيرة للقلق (VOC) لـ SARS-CoV-2، وهو الفيروس الذي يسبب فيروس كورونا-19: Alpha، وBeta، وGamma، وDelta، وOmicron1. تظل هذه المركبات العضوية المتطايرة والمتغيرات الناشئة عقبة كبيرة في القضاء على جائحة السارس-CoV-2. لقد سمح استخدام تسلسل التوليد (NGS) والبيانات الوصفية المصاحبة بفهم أكبر لكيفية انتشار المركبات العضوية المتطايرة بين المضيفين. قامت المبادرة العالمية لمشاركة بيانات أنفلونزا الطيور (GISAID) بفهرسة أكثر من 12 مليون تسلسل لفيروس السارس-2 حتى الآن3. ويشير تحليل البيانات إلى أن كل مركبات عضوية متطايرة ترتبط بمستوى مختلف من العدوى والفوعة 4،5، وأن المتغيرات الجديدة، بما في ذلك المتغيرات المنتشرة حاليًا، لديها القدرة على إعادة إصابة المضيفين بالعدوى، على الرغم من جهود التطعيم العالمية 6،7. تم تصنيف البديل الأحدث، Omicron، أو B.1.1.529، في نوفمبر 2021 على أنه مركبات عضوية متطايرة بعد وقت قصير من تحديده الأولي في جنوب إفريقيا وبوتسوانا1. انتشرت سلالات أوميكرون الفرعية BA.1 وBA.2 وBA.3 في جميع أنحاء العالم منذ ذلك الحين، لتصبح متغيرات أوميكرون المهيمنة الأولية، تليها BA.4 وBA.5 في الأسابيع التالية 1،8. باستثناء لقاح خاص بـ Omicron تمت الموافقة عليه مؤخرًا للاستخدام في UK9 وUS10، فقد تم استخدام لقاحات DNA وRNA والبروتينات الكاملة المصممة باستخدام تسلسل السلالات الأصلية كجزء من الجهود المبذولة للسيطرة على الوباء. لقد فحصت الدراسات الحديثة حالات جديدة من عدوى أوميكرون التي أظهرت هروبًا من الأجسام المضادة المعادلة التي يسببها اللقاح، مما أدى إلى زيادة حالات العدوى الاختراقية 11،12. لقد تحور الفيروس بشكل كبير إلى المركبات العضوية المتطايرة منذ تفشي المرض الأولي في ديسمبر 2019. ويبدو أن الأجسام المضادة التي يسببها اللقاح والقادرة على الارتباط ببروتين سبايك الذي قام بتحييد المتغيرات السابقة أقل فعالية، وتتضاءل عيارات الأجسام المضادة بمرور الوقت. تم اعتبار المناعة المكتسبة بوساطة الأجسام المضادة الناتجة عن التعرض السابق للمركبات العضوية المتطايرة كافية لمنع عدوى أوميكرون، ومع ذلك، نظرًا لمزيج الأجسام المضادة المتضائلة والطفرات المتنوعة، لا توفر مناعة ما بعد فيروس كورونا -19 حماية كاملة ضد الإصابة مرة أخرى بواسطة Omicron15.

فوائد مكملات cistanche - زيادة المناعة

تستخدم دراستنا حول جينوميات العدوى الفيروسية والعدوى مرة أخرى من Omicron وسلالاتها الفرعية مجموعة بيانات مقرها الدنمارك تتألف من جينومات SARS-CoV-2 التي تم تحليلها عبر NGS. تم شرح كل إدخال بالبيانات الوصفية لحدوث الإصابة مرة أخرى. يوضح التحليل أن حالات الإصابة مرة أخرى عبر المركبات العضوية المتطايرة غير Omicron VOC تحدث بتردد أعلى مقارنةً بحالات الإصابة السابقة عبر المركبات العضوية المتطايرة غير Omicron. يكشف التحليل الإضافي للسلالات الفرعية أن إعادة الإصابة بـ Omicron-Omicron تحدث خلال فترة زمنية أقصر مقارنة بحالات إعادة الإصابة السابقة بـ Omicron-Omicron. يشير هذا إلى أن متغير Omicron أكثر قدرة وأسرع في إعادة إصابة المضيفين مما رأيناه حتى الآن في الوباء. سوف تحتاج الطفرة المحتملة التي تؤدي إلى تكوين المركبات العضوية المتطايرة الجديدة وبالتالي الإصابة مرة أخرى إلى المراقبة إلى الأبد لإبلاغ سياسة الصحة العامة المستمرة وتطوير الطرائق الصيدلانية. يعد التحليل المقدم هنا مثالاً للبحث الذي لن يكون ممكنًا بدون مجموعة البيانات القوية هذه والمراقبة الجينومية المستمرة. ستحتاج NGS للجينومات الفيروسية الناشئة إلى الاستمرار في جميع أنحاء العالم ببيانات وصفية أكثر تفصيلاً للسماح برؤية أفضل حول تطور SARS-CoV-2. إن اتحاد مجموعات البيانات المتميزة التي تنقل تسلسل الجينوم الفيروسي لكل فرد مصاب أو مصاب مرة أخرى، والبيانات الوصفية، والسجلات الصحية الطبية سيكون ضروريًا لتحقيق هذا الهدف.

نتائج

SARS-CoV-2 بيانات تسلسل الجيل التالي

فوائد ملحق cistanche-كيفية تقوية جهاز المناعة

انقر هنا لعرض منتجات Cistanche Enhance Immunity

【اطلب المزيد】 البريد الإلكتروني: cindy.xue@wecistanche.com / تطبيق Whats: 0086 18599088692 / Wechat: 18599088692

لقد أبلغنا عن تحليلنا لاتحاد جينوم فيروس كورونا الدنماركي-19 الذي يمكن الوصول إليه من خلال GISAID الذي فحص الحالات الفردية لعدوى المضيف مرة أخرى عبر المركبات العضوية المتطايرة، بما في ذلك السلالات الفرعية3. يوجد حاليًا 21,708 إدخالات متاحة لعودة العدوى تمتد من 1 مارس 2020 إلى 28 أغسطس 2022. أبلغ كل إدخال عن تاريخ التجميع الدقيق لكل من العدوى الأولية والعدوى مرة أخرى لنفس الفرد، إلى جانب تسلسل NGS للجينوم الفيروسي للعدوى الثانية. تم تسجيل نقاط الإصابة الأولية ووقت الإصابة مرة أخرى كبيانات وصفية للمضيف، مما يسمح بقياس الفترة بين الإصابات. أبلغ جزء أصغر من إدخالات مجموعة البيانات (7595) عن نسب بانجو الفيروسي لكلتا العدوى، بالإضافة إلى تاريخ التجميع، وبيانات NGS للعدوى الأولية وعينات الإصابة مرة أخرى من نفس الفرد. تستخدم تسميات نسب بانغو NGS لتصنيف الفيروس على أساس تكوينه الجينومي مما يؤدي إلى تحديد السلالات الفيروسية. لم تحتوي غالبية مجموعة البيانات على بيانات NGS للعدوى الأولية واعتمدت بدلاً من ذلك على اختبار تفاعل سلسلة البوليمر المنتسخ العكسي (rtPCR) لتحديد ما إذا كان الموضوع إيجابيًا لـ SARS-CoV-2 في التاريخ المبلغ عنه. لا يحدد اختبار rtPCR سلالة Pango الفيروسية، وبالتالي لم يتم تضمين تلك العينات في التحليل الموضح في الشكل 1. نظرًا لأن العينات لا تزال تحتوي على عدوى أولية مؤكدة، فقد تم تضمينها فقط في الشكل 2 أ، مثل NGS لـ قدمت الإصابة مرة أخرى تأكيدًا لنسب Pango المتغير المطلوب للتحليل. مجموعة فرعية صغيرة من الحالات، 70، (<1% of total cases) had identical Pango lineages for the initial infection and reinfection. These cases were removed from the dataset because they did not satisfy the strict Pango lineage filtering methodology. This threshold was chosen because even with small nucleotide or amino acid differences within the same Pango lineage, those entries could be consistent with persistent and unresolved infection rather than reinfection18.

النسبة المئوية لحالة الإصابة مرة أخرى والفواصل الزمنية حسب المتغير

بالنسبة لكل VOC يتميز بـ NGS تم اكتشافه والإبلاغ عنه باستخدام بيانات نسب Pango المرتبطة، وجدنا تكرارًا متزايدًا للإصابة مرة أخرى لصالح الإصابة مرة أخرى باستخدام Omicron VOC (p <0.0001، اختبار Chi التربيعي) (الشكل 1 أ). أظهر 26% من الأفراد المصابين بالسلالة الفيروسية الأصلية تكرارات أعلى للإصابة مرة أخرى مع المتغيرات اللاحقة. أولئك الذين أصيبوا في البداية بمتغير ألفا لم يكن لديهم أي حالات إصابة مرة أخرى بسبب ألفا؛ ومع ذلك، لوحظت زيادة في تكرار الإصابة مرة أخرى من دلتا (2.3٪، 169 حالة) وأوميكرون (25.1٪، 1875 حالة) (الشكل 1 أ). بالنسبة لأولئك الذين أصيبوا في البداية بمرض دلتا، كانت الإصابة مرة أخرى بسبب متغير دلتا محدودة (<1%, 18 cases), but 41% (3060 cases) were reported for Omicron variant reinfections. Thus far in the pandemic, reinfection within the same variant but different sub-lineages, other than for Omicron, was found to be small (0.3%, 24 cases), yet a higher number of individuals initially infected with Omicron report reinfection due to Omicron sublineages (4.6%, 340 cases). There is a high frequency of reinfection with Omicron among all those reinfected since March 2020, during which time a total of 93.2% reinfections were due to Omicron. These results suggest that primary infection with either the Original, Alpha, or Delta variant does not provide sufficient protection against reinfection, in particular for an Omicron reinfection.

فوائد ملحق cistanche-كيفية تقوية جهاز المناعة

من أجل إجراء مزيد من التحقيق في هذا الأمر، قمنا بتقسيم حالات إعادة العدوى من Omicron إلى Omicron حسب تصنيف النسب الفرعي الرئيسي (الشكل 1 ب). تشترك سلالات BA.2 وBA.4 وBA.5 بشكل وثيق في تسلسلات الأحماض الأمينية الشوكية مقارنة بسلالات Omicron الأخرى. لا يوجد سوى ثلاثة اختلافات طفرية في بروتين السنبلة بين BA.2 وكلا من BA.4 وBA.5: del69-70، وL452R، وF486V8. على الرغم من هذا التشابه، تم الإبلاغ عن ارتفاع وتيرة حالات الإصابة مرة أخرى من Omicron إلى Omicron مع وجود فرق كبير بين توزيع العد الملحوظ وتوزيع العد المتوقع، مما يدل على أن هناك علاقة بين سلالات Omicron الفرعية لإعادة الإصابة ولا ترجع إلى فرصة (ع < 0.0001، اختبار مربع كاي) (الشكل 1 ب). كان الأفراد المصابون في البداية بالسلالة الفرعية BA.1 يمثلون تكرارًا عاليًا لإجمالي حالات إعادة العدوى من Omicron إلى Omicron (62٪، 211 حالة) مع الإصابات الثانية التي تسببها في الغالب BA.2 (20٪، 68 حالة) أو BA .5 (30%، 102 حالة) (الشكل 1ب). وبالمثل، أظهر الأفراد المصابون في البداية بـ BA.2 تكرارات عالية نسبيًا للإصابة مرة أخرى (38٪، 129 حالة) مع BA.5 (26.2٪، 89 حالة) (الشكل 1 ب). لم يكن للعدوى التي تم تصنيفها على أنها "أخرى" في الشكل 1 ب تسمية مشتركة تحدد النسب. تشير التكرارات العالية للإصابة مرة أخرى إلى أن الاختلاف المميز في بروتين سبايك BA.1 أو BA.2 و BA.5 مرتفع بما يكفي لإعاقة قدرة الأجسام المضادة المعادلة بعد الإصابة من BA.1 أو BA.2 على الارتباط بـ BA. .5 بروتين سبايك12،16. كان لسلالات BA.1 وBA.4 وغيرها من متغيرات Omicron المشروحة الأقل مستويات أقل من إعادة العدوى مقارنة بـ BA.2 وBA.5.

الشكل 1: نسبة حالة الإصابة مرة أخرى والفترات الزمنية حسب المتغير. خريطة حرارية توضح تكرار إجمالي حالات الإصابة مرة أخرى بين متغيرين لكل من العدوى الأولية وإعادة الإصابة في الدنمارك. تظهر الأعداد الأولية أسفل قيمة التردد بين قوسين. لا توجد بيانات متاحة للمربعات البيضاء الفارغة. ن=7467 حالات الإصابة مرة أخرى. (ب) خريطة حرارية توضح تكرار الإصابة مرة أخرى بين عدوى أوميكرون الأولية وعدوى أوميكرون الثانية عن طريق السلالة الفرعية في الدنمارك. تظهر الأعداد الأولية أسفل قيمة التردد بين قوسين. لا توجد بيانات متاحة للمربعات البيضاء الفارغة. n=340 حالات إعادة العدوى من Omicron إلى Omicron. ج مخطط التشتت يوضح الوقت بين الحالات (أسابيع) للعدوى الأولى والثانية لمتغيرات مختلفة في الدنمارك. تظهر وسائل المجموعات بأشرطة سوداء. يسلط المربع الأحمر الضوء على عدد من حالات Omicron إلى Omicron المبكرة المذكورة في النص والتي حدثت قبل فترة 10- أسبوع. ن=7467 حالات الإصابة مرة أخرى. د مخطط التشتت للوقت بين الحالات (أسابيع) للعدوى من Omicron إلى Omicron حسب النسب في الدنمارك. تظهر وسائل المجموعات بأشرطة سوداء. يسلط المربع الأحمر الضوء على حالات Omicron إلى Omicron المبكرة المذكورة في النص والتي تحدث قبل فترة 10-أسبوع لسلالة فرعية محددة. n=340 حالات إعادة العدوى من أوميكرون إلى أوميكرون.

الشكل 2: النسب المئوية لإعادة العدوى وأعداد التسلسل. النسب المئوية للتسلسل في الدنمارك مع مرور الوقت مقسمة إلى طبقات حسب المتغير الذي يتم تمثيله على شكل مؤامرة خطية مع تراكب مؤامرة شريطية يمثل نسب الإصابة الثانية الطبقية بواسطة متغير يتضمن بيانات NGS وrtPCR. (ب) أعداد التسلسل العالمي طبقية حسب القارة على مدى فترات زمنية مدتها شهر واحد. تظهر البيانات أيضًا كنسبة مئوية من الحالات المتسلسلة على مدى شهر واحد في الشكل التكميلي 2.

إن انخفاض الأجسام المضادة المعادلة بعد الإصابة يثير نقطة قلق بشأن المدة التي ستستمر فيها المناعة الطبيعية لدى فرد معين. قدرت نماذج ما قبل أوميكرون فعالية أكثر من 90% من المناعة الأولية بعد الإصابة، لكن هذه التقديرات انخفضت إلى أقل من 10% بعد 108 أسابيع19. يوضح الشكلان 1 ج و د الوقت بين الإصابات بالمركبات العضوية المتطايرة الأولى والثانية التي شوهدت طوال فترة الوباء. يظهر اتجاه تدريجي لزيادة وقت الإصابة مرة أخرى بين المركبات العضوية المتطايرة المختلفة بسبب توقيت ظهورها وانتشارها وهيمنتها في الوباء (الشكل 1 ج). على وجه الخصوص، تظهر أحداث إعادة العدوى من Omicron إلى Omicron في أقل من 3 أسابيع بعد الإصابة الأولية، بمتوسط ​​22 أسبوعًا (الشكل 1 ج). من بين حالات الإصابة مرة أخرى بأوميكرون إلى أوميكرون، تحدث 50 حالة من إجمالي 340 حالة (14.7%) خلال 10 أسابيع من الإصابة الأولية؛ تم وضع علامة بمربع أحمر في الشكل 1 ج. تم إجراء اختبار t لأهمية الوقت بين حالات الإصابة مرة أخرى بأوميكرون إلى أوميكرون التي تحدث قبل وبعد 10 أسابيع. توضح هاتان المجموعتان الفرعيتان أهمية متوسط ​​أوقات الإصابة مرة أخرى (P <0.0001، 95٪ CI: 17.17-20.19). أدى هذا إلى مزيد من التحليل لتحديد السبب الذي يمكن أن يسبب هذا التوزيع الثنائي الهام داخل مجموعة إعادة الإصابة بـ Omicron-Omicron. يتم تقسيم هذه العدوى من الشكل 1 ج إلى طبقات حسب النسب الفرعية في الشكل 1 د. ويرتبط حدوث الإصابة مرة أخرى قبل 10 أسابيع، والذي يتميز بمربع أحمر في الشكل 1 د، في الغالب بـ BA.1 أولاً ثم الإصابة مرة أخرى بـ BA.2. تم إجراء تحليل التباين (ANOVA) (البيانات التكميلية 1) بين هذه المجموعات في الشكل 1 د يوضح الأهمية بين الفرق في الوسائل بالنسبة للأغلبية بسبب توفر بيانات NGS التي تمت معالجتها باستخدام المعلوماتية الحيوية للكشف عن نسب Pango للعينات في مجموعة البيانات .

حالة الإصابة مرة أخرى في المئة

باستخدام مجموعة بيانات مجمعة لكل من عينات NGS وrtPCR كما هو موضح سابقًا، تم الإبلاغ عن عدد أكبر من حالات الإصابة مرة أخرى في الأشهر الثمانية الماضية (من 20}21 ديسمبر إلى يوليو 2022) مقارنة بالمركبات العضوية المتطايرة الأخرى في العام الماضي (الشكل .2 أ). تم تفصيل نسبة سلالات Omicron الفرعية ضد إجمالي الإصابات في الدنمارك في الشكل التكميلي. 1. خلال موجة عدوى أوميكرون العالمية، سجلت الدنمارك نسبة ذروة لإعادة الإصابة مرة أخرى بنسبة 19.5% من إجمالي الحالات التي تم أخذ عينات منها في يوليو 2022. وبالمقارنة، تم الإبلاغ عن ذروة بلغت 1.4% من إجمالي الحالات خلال موجة دلتا على أنها حالات إصابة مرة أخرى. يسلط هذا الاختلاف الضوء على المستوى العالي من حالات الإصابة مرة أخرى التي لوحظت أثناء تطور الوباء إلى Omicron VOC. علاوة على ذلك، تظهر البيانات أنه عندما تم توزيع المتغير السائد للعدوى بالتساوي تقريبًا بنسبة 50% بين دلتا وأوميكرون، لم يكن هناك توزيع متساوٍ لحالات الإصابة مرة أخرى. وكانت حالات الإصابة مرة أخرى في ذلك الوقت، ديسمبر 2021، ناجمة عن دلتا في 0.6% من الحالات، وعن طريق أوميكرون في 1.6% من الحالات. يعد هذا اكتشافًا مهمًا بين شركتي دلتا وأوميكرون حيث أن احتمالية التعرض كانت متساوية تقريبًا، ولكن احتمالية الإصابة مرة أخرى لم تكن كذلك.

مناقشة

توضح نتائجنا ضمن هذه اللقطة من البيانات الإقليمية المتاحة مفهومين أساسيين. أولاً، تتم إصابة الأفراد مرة أخرى بفيروس SARS-COV-2، ويبدو أن حالات الإصابة مرة أخرى من Omicron إلى Omicron تحدث بشكل أقرب مع تكرار أعلى مما شوهد في حالات الإصابة مرة أخرى المرتبطة بالمركبات العضوية المتطايرة السابقة. يدرس عدد من الدراسات السابقة ترددات الإصابة مرة أخرى في SARS-CoV-2، بما في ذلك Omicron، وبينما توفر هذه الأنواع من الدراسات رؤى قيمة، فإنها غالبًا ما تقتصر على بيانات PCR فقط6،7،20، ولا تحدد سلالة Pango وبالتالي تقييد القدرة على الحصول على نظرة ثاقبة للوباء. ثانيًا، هناك حاجة مستمرة إلى NGS مع البيانات الوصفية السريرية المصاحبة للمريض لمراقبة التغيرات في معدلات الإصابة الفيروسية وفعالية اللقاح بشكل مستمر. يتيح لنا التتبع الجينومي الفعال فهم اتجاهات العدوى الفيروسية وتقييم مستوى التهديد الحالي للمركبات العضوية المتطايرة الناشئة. لقد شهدنا مستوى غير مسبوق من التعاون العلمي على مستوى العالم بهدف التقاط التسلسلات الفيروسية من الأفراد المصابين لبناء قاعدة بيانات عامة. لقد أتاح هذا التعاون بيانات قيمة للجمهور حتى نتمكن من مراقبة التغيرات في الجينوم الفيروسي، وإجراء دراسات وبائية، وتوجيه سياسات الصحة العامة، وتوجيه تصميم اللقاحات. على الرغم من أن GISAID لديه أكثر من 12 مليون تسلسل متاح في وقت هذا التحليل، إلا أن معدلات التسلسل الحالية آخذة في الانخفاض بشكل ملحوظ. يظهر تفصيل أعداد NGS حسب القارة مع الانخفاضات الأخيرة في أمريكا الشمالية وأوروبا (الشكل 2 ب). يؤثر هذا الانخفاض سلبًا على قدرة مجتمعنا العلمي على تحليل SARS-CoV-2 وCOVID-19 حيث لا يمكن إنشاء بيانات نسب Pango إلا من بيانات NGS. علاوة على ذلك، غالبًا ما يتم الإبلاغ عن التسلسل الجينومي المتوفر حاليًا على أنه إما عدوى أولية أو عدوى مرة أخرى، ولكن عادةً لا يتم الإبلاغ عن بيانات العدوى الأولية وإعادة العدوى معًا لنفس الفرد. توضح مجموعة بيانات الدنمارك أهمية الإبلاغ عن بيانات NGS لكل فرد، كوسيلة لتحليل مخاطر الإصابة مرة أخرى. هذه مجموعة فريدة من نوعها ضمن قاعدة بيانات GISAID حيث كان هناك 21708 جينومًا مشروحًا جيدًا من الدنمارك مستخدمة في هذه الدراسة. كان أقل من 2,000 جينومًا مشروحًا إضافيًا متاحًا حول العالم مع مستويات محدودة من تفاصيل عودة العدوى وغالبًا ما تكون روابط المريض غائبة. حجم هذه الدراسة، وكذلك الحجم النسبي للدنمارك والكثافة السكانية، يفسح المجال للمساعدة في تخفيف التحيزات في التحليلات. نظرًا لأن الإصابة مرة أخرى أصبحت أكثر شيوعًا ليس فقط بالنسبة للعدوى الثانية، بل أيضًا للعدوى الثالثة والرابعة، فإن البيانات المبلغ عنها في جميع أنحاء العالم يمكن أن توفر المزيد من المعرفة حول عودة العدوى. بالإضافة إلى ذلك، يمكن تحليل الالتهابات المزمنة عن كثب من خلال تحليلات NGS المتعددة على العينات مع مرور الوقت لفهم كيفية تطور الفيروس في مضيف معين.

يمكن أن تتأثر الإصابة مرة أخرى بالتحيزات الخارجية غير البيولوجية مثل فترات الإغلاق والتدابير الوقائية مثل الأقنعة واللقاحات والقيود المختلفة. تم فرض الإغلاق الوطني في الدنمارك في 11 مارس 2020، مع مرحلتين لإعادة الفتح بعد فترة وجيزة في 6 أبريل و27 مايو. تم فرض الإغلاق الوطني الثاني في 16 ديسمبر 2020، ثم تمت إعادة الفتح على مرحلتين في 16 فبراير و1 مارس 2021. وتمت إزالة جميع القيود، مثل متطلبات القناع، وحدود حجم التجمعات، وقيود العمليات التجارية في سبتمبر 2021. على الرغم من إعادة فرض هذه القيود للمساعدة في تخفيف انتشار الفيروس من ديسمبر 2021 إلى فبراير 2022، فإن حالات الإصابة مرة أخرى بالأوميكرون التي تم رصدها خلال هذه الفترة والتي بلغت 7084 حالة تمثل زيادة من 1.5 إلى 6%، وهو مستوى عودة العدوى لم يسبق له مثيل من قبل (الشكل 2 أ). أصبحت الدنمارك أول دولة في العالم توقف برنامج التطعيم الخاص بها، حيث أوقفت التطعيمات الأولية اعتبارًا من 15 مايو 2022. وكان السبب هو أن 81% من سكان البلاد قد تم تطعيمهم وأن 62% تلقوا جرعة معززة ثالثة اعتبارًا من فبراير 2022. من المحتمل أن يؤدي إنهاء برنامج التطعيم إلى زيادة معدلات الإصابة الأولية ومعدلات الإصابة مرة أخرى حيث لا يزال هناك جزء كبير من الأفراد غير المحصنين في الدنمارك 21-24. أحد المخاوف في جائحة كوفيد-19 هو أن العدوى الاختراقية ستحدث لدى الأفراد الذين تم تطعيمهم من المتغيرات وسلالاتهم الفرعية بسبب تضاؤل ​​عيارات الأجسام المضادة المعادلة 13,14. لم نتمكن من تحليل ذلك في دراستنا لأن البيانات الوصفية المصاحبة التي تنقل نوع اللقاح وعدد الجرعات المتلقاة وتاريخ الإدارة غير موجودة. يمكن أن تسمح البيانات الوصفية للتطعيم والمزيد، مثل العمر أو الظروف الصحية الموجودة مسبقًا، بتحليل الإصابة مرة أخرى على مستوى الحماية أو المخاطر بمزيد من التفصيل على أساس كل حالة على حدة. استخدمت الدراسات هذا النوع من البيانات الوصفية لتحليل عودة الإصابة بأوميكرون، لكن بيانات NGS التي تحدد نسب Pango غائبة بدلاً من rtPCR25،26. كان التحليل في قطر محدودًا بواسطة rtPCR لكنه خلص إلى أن ضد BA.4 أو BA.5 كان موجودًا بمستوى متواضع من عدوى سابقة غير أوميكرون ولكنه أقوى بعد الإصابة بأوميكرون. كان الأفراد لا يزالون قادرين على الإصابة مرة أخرى بغض النظر عن نوع العدوى الأول، ولكن من المثير للاهتمام أن هذا لم يتغير كثيرًا بالنسبة للأفراد الملقحين. واقترح أن يتمتع الأفراد الذين تم تطعيمهم بحماية أعلى قليلاً ضد الإصابة مرة أخرى. تم استخلاص نتائج الدراسة في قطر من خلال اختبار rtPCR الإيجابي المصمم لحذف بروتين سبايك الشائع المرتبط بتاريخ المتغير السائد، BA.4 أو BA.5. نظرًا لوجود هذا الحذف في سلالات فرعية متعددة من Omicron، BA.4 وBA.5، فلا يمكن فصلها للتحليل دون تأكيد نسب Pango بواسطة NGS20. نحن نؤمن بشدة أن تسلسل الجيل التالي من عينات SARS CoV-2 يجب أن يستمر مع إضافة البيانات الوصفية التي تصف المضيف. على الرغم من أن الانخفاض في التسلسل أمر مثير للقلق، فإن دمج بيانات إنسان واحد عبر مصادر متعددة يعد تطورًا أساسيًا نحو اكتشاف رؤى جديدة حول فيروس كورونا-19. على سبيل المثال، من المهم ربط تسلسل الجيل التالي لتحديد الجينوم الفيروسي، والسجلات الطبية لفحص العمر والظروف الموجودة مسبقًا، والبيانات الوصفية لتتبع الوقت وحالة الإصابة مرة أخرى.

نبات السيستانش - يعمل على زيادة جهاز المناعة

في حالة الإصابة مرة أخرى، تعد معلومات التسلسل التي تميز التوقيت بين العدوى وتكوين الجينوم الفيروسي لكل عدوى أمرًا بالغ الأهمية لتوجيه توصيات الصحة العامة الدقيقة وتصميم أدوية فعالة وطويلة الأمد. تشير دراستنا إلى أن حالات الإصابة مرة أخرى بالمركبات العضوية المتطايرة Omicron تحدث بتردد أعلى وعلى مدى فترة زمنية أقصر مما لوحظ في المركبات العضوية المتطايرة الأخرى في وقت سابق أثناء الوباء. وهذا له آثار كبيرة على واضعي سياسات الصحة العامة. يعد التحليل المقدم هنا مثالاً للبحث الذي لن يكون ممكنًا بدون مجموعة البيانات القوية هذه والتي ستحتاج إلى مواصلة NGS Worldwide وتحسينها بشكل أكبر من خلال اتحاد مجموعات البيانات التي تنقل تسلسل الجينوم الفيروسي لكل فرد مصاب أو مصاب مرة أخرى، والبيانات الوصفية، والصحة الطبية. السجلات.

تشير دراستنا إلى أن حالات الإصابة مرة أخرى بالمركبات العضوية المتطايرة Omicron تحدث بتردد أعلى وعلى مدى فترة زمنية أقصر مما لوحظ في المركبات العضوية المتطايرة الأخرى في وقت سابق أثناء الوباء؛ ومع ذلك، فإن قدرتنا على قياس وقياس انتشار الفيروس قد تضاءلت بشكل كبير بسبب انخفاض التمويل / القدرة / على تسلسل عينات المرضى بشكل مستمر.

مراجع

1. فيانا، ر. وآخرون. التوسع الوبائي السريع لمتغير SARS-CoV-2 Omicron في جنوب إفريقيا. طبيعة 603، 679-686 (2022).

2. أوليو بارتون، م. وآخرون. القضاء على فيروس SARS-CoV-2 مقابل التخفيف منه في ظل وجود لقاحات فعالة. لانسيت جلوب. الصحة 10، e142 – e147 (2022).

3. خير، س. وآخرون. دور GISAID في الاستجابة للوباء. الصين CDC Wkly. 3، 1049–1051 (2021).

4. Gómez, CE, Perdiguero, B. & Esteban, M. متغيرات SARS-CoV-2 الناشئة وتأثيرها في برامج التطعيم العالمية ضد SARS-CoV-2/COVID-19. اللقاحات 9، 243 (2021).

5. وو، H. وآخرون. تزيد طفرات القفيصة النووية R203K/G204R من العدوى واللياقة البدنية والفوعة لـ SARS-CoV-2. ميكروب مضيف الخلية 29، 1788-1801.e6 (2021).

6. الرحمن، س وآخرون. عودة الإصابة بفيروس كورونا-19 بين الأفراد المصابين طبيعيًا والذين تم تطعيمهم. الخيال العلمي. 12، 1438 (2022).

7. بوليام، جي آر سي وآخرون. زيادة خطر الإصابة مرة أخرى بـ SARS-CoV-2 المرتبط بظهور Omicron في جنوب إفريقيا. العلوم 376، eabn4947 (2022).

8. تيجلي، هـ. وآخرون. ظهور سلالات SARS-CoV-2 Omicron BA.4 وBA.5 في جنوب أفريقيا. نات. ميد. 28، 1785–1790 (2022).

9. Mahase, E. Covid-19: ستطرح المملكة المتحدة لقاح أوميكرون BA.1 الخاص بشركة Moderna كجزء من برنامج الخريف المعزز. بمج 378، o2038 (2022).

10. مركز السيطرة على الأمراض. يوصي مركز السيطرة على الأمراض (CDC) بأول معزز محدث لفيروس كورونا-19. https://www. cdc.gov/media/releases/2022/s0901-covid-19-booster.html (2022).

11. يو، J. وآخرون. تحييد متغيرات SARS-CoV-2 Omicron BA.1 وBA.2. ن. إنجل. جيه ميد. 386، 1579–1580 (2022).

12. تويكبراخون، أ. وآخرون. هروب الجسم المضاد لـ SARS-CoV-2 Omicron BA.4 وBA.5 من اللقاح ومصل BA.1. الخلية 185، 2422–2433.e13 (2022).

13. كورهادي، سي وآخرون. تحييد Omicron BA.1 وBA.2 وBA.3 SARS CoV-2 بواسطة 3 جرعات من لقاح BNT162b2. نات. مشترك. 13، 3602 (2022).

14. Woodbridge, Y., Amit, S., Huppert, A. & Kopelman, NM ديناميكيات الحمل الفيروسي لـ SARS-CoV-2 متغيرات Delta وOmicron بعد جرعات لقاح متعددة وعدوى سابقة. نات. مشترك. 13، 6706 (2022).

15. غولدبرغ، Y. وآخرون. الحماية وضعف المناعة الطبيعية والهجينة ضد السارس-CoV-2. ن. إنجل. جيه ميد. 386، 2201–2212 (2022).

16. رامبوت، أ. وآخرون. مقترح تسميات ديناميكي لسلالات SARS-CoV-2 لمساعدة علم الأوبئة الجينومية. نات. ميكروبيول. 5، 1403–1407 (2020).

17. أوتول، أ، وآخرون. تعيين الأنساب الوبائية في الوباء الناشئ باستخدام أداة Pangolin. تطور الفيروس. 7، veab064 (2021).

18. ويجانغ، S. وآخرون. التطور داخل المضيف لـ SARS-CoV-2 في مريض مصاب بكوفيد-19 يعاني من كبت المناعة كمصدر لمتغيرات الهروب المناعي. نات. مشترك. 12، 6405 (2021).

19. Prillaman, M. إحدى عدوى فيروسات التاجية تمنع الإصابة بأخرى – ولكن فقط إذا كانت متغيرة مماثلة. الطبيعة https://doi.org/10.1038/d41586-022-01914-6 (2022)

20. الطراونة، HN وآخرون. التأثير الوقائي لعدوى SARS-CoV-2 السابقة ضد المتغيرات الفرعية Omicron BA.4 وBA.5. ن. إنجل. ج. ميد 387، 1620–1622 (2022).

21. Danielsen, S., Joensen, A., Andersen, PK, Madsen, T. & Strandberg-Larsen, K. أعراض الإصابة الذاتية والانتحار واضطراب الأكل لدى الشباب البالغين بعد عمليات الإغلاق بسبب فيروس كورونا -19 في الدنمارك. نات. همم. بيهاف. https://doi. org/10.1038/s41562-022-01511-7. (2023)

22. بلتيير إي. الدنمارك، المليئة بحالات الإصابة بالفيروسات، تتبنى موقف "أحضرها". نيويورك تايمز https://www.nytimes.com/2022/02/08/world/europe/denmark-covid-infections.html (2022).

23. Elllyatt H. الدنمارك أصبحت أول دولة توقف برنامج التطعيم ضد فيروس كورونا-19. سي إن بي سي https://www.cnbc.com/2022/04/28/denmark-the-first Country-to-halt-its-covid-vaccination-program.html (2022).

24. رفع قيود كوفيد في الدنمارك على الرغم من زيادة الحالات. بي بي سي https://www. bbc.com/news/world-europe-60215200 (2022).

25. Eythorsson، E.، Runolfsdottir، HL، Ingvarsson، RF، Sigurdsson، MI & Palsson، R. معدل الإصابة مرة أخرى بـ SARS-CoV -2 خلال موجة Omicron في أيسلندا. جاما نت. مفتوح 5، e2225320 (2022).

26. كارازو، س. وآخرون. الحماية المقدرة لعدوى SARS-CoV-2 السابقة من الإصابة مرة أخرى بمتغير Omicron بين الأفراد الملقحين بالـ RNA المرسال وغير المطعمين في كيبيك، كندا. جاما نت. مفتوح 5، e2236670 (2022).

27. Falahi, S. & Kenarkoohi, A. الإصابة مرة أخرى بكوفيد-19: تساقط الشعر لفترة طويلة أم الإصابة مرة أخرى بالعدوى الحقيقية؟ ن. الميكروبات ن. تصيب. 38، 100812 (2020).

28. بورخولز، س. وآخرون. الكود الخاص بـ: زيادة حالات الإصابة بـ SARS-CoV-2 Omicron Reinfection يكشف عن مناعة غير فعالة بعد فيروس كورونا-19 في الدنمارك ويوضح الحاجة إلى استمرار تسلسل الجيل التالي. https://doi. org/10.5281/ZENODO.7659150. (2023).