متغير إطاري جديد في جين PCNT المرتبط بالقزامة البدائية لخلل التنسج العظمي (MOPD) من النوع الثاني والكلى الصغيرة
Nov 13, 2023
خلاصة
خلفية:القزامة البدائية لخلل التنسج العظمي (MOPD) من النوع الثاني هي حالة وراثية جسدية متنحية تشمل مجموعة غير متجانسة من الاضطرابات التي تتميز بـتأخر النمو المتماثلمما يؤدي إلى التقزم وصغر الرأس ومجموعة من المضاعفات الطبية المتعددة بما في ذلكأمراض الأوعية الدموية العصبية. المتغيرات المسببة للأمراض Bialelelicفي جين بيريسينترين (PCNT) متورط في التسبب في المرض.
عرض حالة:أجرينا تسلسل الإكسوم الكامل للتأكد من تشخيص طفل يبلغ من العمر عامين و6 أشهر أصيب بفشل شديد في النمو، وصغر الرأس، وجشطالت الوجه مما يوحي بـ MOPD Type II والذي تضمن ميزات مثلرجعي, آذان صغيرة,جذر أنفي بارز مع أنف كبير، صغر الأسنان، شعر فروة الرأس المتناثر، الإصبع الخامس الثنائي. كان لديه عيب صغير في الحاجز الأذيني بالفوهة الثانية وكلى صغيرة على الجانبين. تم تأكيد القزامة البدائية لخلل التنسج العظمي لصغر الرأس (MOPD) من النوع الثاني بناءً على مركب مُمْرِض متغاير الزيجوت متغير في جين PCNT c.5059_5060delAA|ص. Asn1687fs (متغير جديد) وc.9535dup (ص. Val3179fs). تم العثور على والديه ليكونا حاملين متخالفين للمتغيرات.
خاتمة:لقد أبلغنا عن متغير جديد لتغيير الإطار في جين PCNT ونمط ظاهري لم يتم الإبلاغ عنه سابقًا لمرض القزامة البدائية العظمية (MOPD) من النوع الثاني لصغر الرأس
خلفية
القزامة البدائية لخلل التنسج العظمي لصغر الرأس (MOPD) من النوع الثاني (OMIM #210720) هي مجموعة غير متجانسة سريريًا من الحالات التي تتميز بتأخر النمو قبل الولادة وبعدها مع صغر الرأس. تم وصف هذه الحالة لأول مرة في عام 1982 من قبل Majewski Ranke وSchinzel [1]. يوصف تحت مظلة القزامة البدائية (PD) التي تتكون من عدة أنواع فرعية: متلازمة سيكل، ومتلازمة راسل سيلفر، ومتلازمة ماير-جورلين، ومتلازمة ماجوسكي خلل التنسج العظمي البدائي (MOPD) I/III وIII. حاليًا، من المعروف أن MOPD Type II هو النوع الفرعي الأكثر شيوعًا. يتم توريثه كاضطراب جسمي متنحي ناجم عن فقدان البياليليك لطفرات الوظيفة في جين البيريسينترين (PCNT) [2، 3]. الأفراد الذين يعانون من هذه الحالة لديهم وجه مميز يتضمن أنفًا بارزًا وملامح غير متناسبة، وخلل التنسج الهيكلي، وضعف النمو المستمر طوال فترة ما بعد الولادة، حيث يصل إلى حجم البالغين المتقزم (متوسط الطول 40 سم بعد البلوغ وارتفاع البالغين أقل من 100 سم). ) ، أسنان غير طبيعية ومقاومة الأنسولين [4، 5]. لقد تطورت رعاية هؤلاء المرضى الآن بسبب زيادة إمكانية الوصول إلى تقنيات التسلسل عالية الإنتاجية مثل تسلسل الجيل التالي. ويمكن اتخاذ نهج أكثر استباقية لمعالجة مظاهر العظام، ومقاومة الأنسولين، والتشوهات الدموية، والقابلية للإصابة بأمراض الأوعية الدموية العصبية بما في ذلك ارتفاع ضغط الدم الجهازي والمضاعفات الكلوية. وبالتالي، ينبغي تشجيعهم على الخضوع لفحص منتظم للوقاية من أمراض الأوعية الدموية الدماغية ومراقبة النمو [2، 6]. على الرغم من أن MOPD Type II يرتبط بأحجام دماغ أصغر من المتوسط، إلا أن معدل الذكاء لديهم قريب من الطبيعي [7]. إن جين البيريسينترين (PCNT) الموجود على الكروموسوم 21q22.3 متورط في تكوين المغزل الانقسامي وفصل الكروموسومات [8]. بروتين البيريسينترين (~ 370 كيلو دالتون)، المشفر بواسطة هذا الجين هو بروتين تثبيت يرتبط بالهدودولين المعبر عنه في الجسيمات المركزية. بالإضافة إلى ذلك، فهو منظم دورة الخلية. يتكون البروتين من سلسلة من المجالات الملفوفة المحفوظة للغاية. تم حتى الآن الإبلاغ عن 41 متغيرًا مسببًا للأمراض و3 متغيرات مسببة للأمراض محتملة في Clinvar [9]. في هذه الدراسة، قمنا بوصف متغير مركب متخالف جديد في جين PCNT c.9535dup (ص. Val3179fs)، c.5059_5060delAA (ص. Asn1687fs) مما أدى إلى ظهور نمط ظاهري جديد في طفل من أصل سريلانكي.
عرض حالة
البرودباند ذكر عمره سنتين و6 أشهر. وهو الطفل الوحيد لأبوين أصحاء غير أقارب من أصل سريلانكي. تم ولادته عندما كانت والدته تبلغ من العمر 24 عامًا، في الأسبوع 35 من الحمل عن طريق عملية قيصرية طارئة للجزء السفلي بسبب قلة السائل السلوي الشديد وتقييد نمو الجنين بشكل ملحوظ. لم يكن هناك تاريخ لنزيف ما قبل الولادة، أو تباطؤ الجنين، أو أي حالات إجهاض قبل هذا الحمل. كانت درجات أبغار الخاصة به في الدقيقة الواحدة و5 دقائق هي 8 و10 على التوالي. عند ولادته، كانت معاييره القياسات البشرية على النحو التالي؛ الوزن عند الولادة 1080 جرام، طول الولادة 30 سم، محيط القذالي الجبهي 24 سم. وكانت جميع المعلمات أقل بكثير من 3SD في مخططات النمو القياسية لمنظمة الصحة العالمية. تم إدخاله إلى وحدة العناية الخاصة بالأطفال خلال الأسبوع الأول من الحياة بسبب انخفاض الوزن الشديد عند الولادة. منذ الولادة وحتى 6 أشهر، تم تقييمه على نطاق واسع بسبب ضعف زيادة الوزن. وكانت جميع التحقيقات البيوكيميائية المسجلة ضمن المعدل الطبيعي. ومع ذلك، لم يتم إجراء تقييمات الغدد الصماء المتعلقة بالنمو بسبب القيود المالية. تظهر معلمات النمو الحالية في الشكل 1A-C والتي تكون أيضًا أقل من 3SD. ظلت معالم نموه مناسبة لعمره منذ ولادته ولا توجد أي أعراض تشير إلى عدم تحمل الطعام أو متلازمات التمثيل الغذائي أو سوء الامتصاص. على الرغم من تناول السعرات الحرارية الأمثل، إلا أن سرعة نموه ثابتة. عند الفحص، لوحظت التشوهات التالية: رجعي، آذان صغيرة، جذر أنف بارز مع أنف كبير، صغر الأسنان، وشعر فروة الرأس المتناثر (الشكل 2 أ، ب). لديه أيضًا صوت مميز عالي النبرة. وقد لوحظت بقع ناقصة التصبغ في الأطراف العلوية، لكنها لم تتبع خطوط بلاشكو. كشف فحص الأطراف عن وجود إصبع خامس ثنائي الجانب. أثناء فحص الأنظمة الأخرى، كشف تخطيط صدى القلب عن وجود عيب صغير في الحاجز الأذيني بالفوهة الثانية. كشف الفحص بالموجات فوق الصوتية للبطن أن البرودباند كان لديه كلى أصغر بشكل ملحوظ تعمل بشكل طبيعي. يبلغ طول كليتيه اليمنى واليسرى 4.5 سم و 3.8 سم على التوالي. المعدل الطبيعي هو 7.1 (6.8-7.4) سم للكلية اليمنى و 7.0 (6.7-7.2) سم للكلية اليسرى [9]. ولذلك، فإن الكلى proband أقل من النسبة المئوية الأولى لطول الكلى بالسنتيمتر حسب العمر. أظهر الرسم البياني الشعاعي للورك حوضًا ضيقًا سيئ التكوين مع حق سمين.
كامل تسلسل exome وتحليل المعلومات الحيوية
قبل إجراء تسلسل Exome بالكامل، حصلنا على موافقة خطية مستنيرة من والدي proband بموجب بروتوكول وافقت عليه لجنة مراجعة الأخلاقيات بكلية الطب بجامعة كولومبو. تم استخراج الحمض النووي الجينومي من كريات الدم البيضاء باستخدام QIAamp DNA Mini Kit وفقًا لبروتوكول الشركة المصنعة. تم استخدام مجموعة Sure SelectXT® Human(Mouse) All Exon V6 5190-886 في جهاز تسلسل الجيل القادم من Illumina® NovaSeq® 6000 لتسلسل Exome بالكامل. تم استخدام خط أنابيب المعلوماتية الحيوية الداخلي لتحليل البيانات التي تم إنشاؤها. تم إجراء محاذاة بيانات التسلسل المزدوج مع الجينوم المرجعي البشري GrCh37 والاتصال المتغير باستخدام خوارزمية BWA-mem ومجموعة أدوات تحليل الجينوم (GATK). تم إجراء شرح توضيحي لملف تنسيق استدعاء المتغيرات التي تم إنشاؤها باستخدام SNP ‐ ef بمساعدة قواعد بيانات Refseq والسريرية والسكانية. تم استخدام عشرة لوحة جينية افتراضية تتكون من الجينات المعروفة بأنها تسبب خلل التنسج الهيكلي (الجدول 1) لتصفية المتغيرات ذات الصلة بالنمط الظاهري للنطاق. وفقًا لإرشادات ACMG القياسية (https://www.acgs.uk.com/media/ 11631/uk-practice-guidelines-for-variant-classifcation v4-01-2020.pdf)، تمت تصفية المتغيرات الحميدة. في أدوات التنبؤ الوظيفية silico (Mutation Taster، SIFT، PolyPhen2، وProvean) تم استخدامها للتنبؤ بالأهمية الوظيفية للمتغيرات المكتشفة. تم استخدام التأثير الوظيفي على بنية البروتين والحفاظ على المنطقة المقيمة لمزيد من التدقيق في المتغيرات. بعد الترشيح، كشفت النتائج عن وجود مركب مُمْرِض متغاير الزيجوت في جين PCNT c.5059_5060delAA|ص. Asn1687fs (متغير جديد) وc.9535dup (ص. Val3179fs). عند فحص والديه، وجد أن والدته وأبيه متغاير الزيجوت بالنسبة للمتغيرات (الشكل 3).
التحليل داخل السيليكو
للتحليل الجينومي للحالة الحالية، تم تنزيل تسلسل FASTA لـ homo sapiens pericentrin B (PCNT2) mRNA، وأقراص مضغوطة كاملة بمعرف GenBank: AF515282.1 بقيمة 10020 نقطة أساس من قاعدة بيانات النوكليوتيدات NCBI (https://www.ncbi. nlm.nih.gov/nuccore/ AF515282). في تسلسل النوع البري، كان هناك اثنين من نيوكليوتيدات الأدينين في موضعي [كدنا] 5059 و5060. تم إجراء الحذف اليدوي لزوج النوكليوتيدات هذا لإنشاء المتغير المطابق للنطاق proband c.5059_5060delAA. تم إرسال كلا تسلسل mRNA إلى أداة ORF لتقييم الاختلافات في الأحماض الأمينية المشفرة. لاحظنا تغيرا في تسلسل الأحماض الأمينية بسبب التحول في إطار القراءة. وهكذا، في البروتين المتحور في الموضع 1687، تم استبدال الحمض الأميني الأسباراجين "N" بالجلوتامين "Q". علاوة على ذلك، كان هناك ظهور TGA (أي كودون الإنهاء) خلفًا لـ 10 كودونات ثلاثية بعد التغيير الأولي للحمض الأميني. وقد أدى ذلك إلى الإنهاء المبكر لتخليق البروتين. يحتوي Te الذي تم تنزيله على تسلسل FASTA للبروتين من النوع البري (UniProtKB ID-O95613، PCNT_HUMAN) على 3336 بقايا من الأحماض الأمينية وتم تنفيذ النمذجة ثلاثية الأبعاد باستخدام برنامج SPDBV ofine. تم إجراء نمذجة النوع البري و PCNT المتحور من خلال نهج التماثل من خلال أخذ 1JQN كهيكل قالب. وفقا للنماذج ثلاثية الأبعاد للبروتينين، كانت أرقام الأحماض الأمينية 643 و615 على التوالي. قمنا بمقارنة عدد المخلفات غير الجليكاين وغير البرولين والتي كانت 600 و 576 على التوالي. ولوحظ أيضًا أنه في البروتين المتحور تم العثور على حمض أميني واحد في المنطقة غير المسموح بها مما يساهم في بنية ثالثية غير مستقرة (الشكل 4). كانت هناك أيضًا زيادة في عدد التجاويف من 4 في النوع البري إلى 5 في البروتين الطافر مع تكوينات الأحماض الأمينية المتغيرة حول هذه التجاويف (الشكل 5).
الخدمة الداعمة لشركة Wecistanche - أكبر مصدر للسيستانش في الصين:
البريد الإلكتروني:wallence.suen@wecistanche.com
واتساب/هاتف:+86 15292862950
تسوق لمزيد من تفاصيل المواصفات:
https٪3a٪2f٪2fwww.xjcistanche.com٪2fcistanche-shop
